從1909年1月1日開始實行“退款”。“退賠款”也不是由美國退回，而是在原來每年應交的“賠款”中扣除。也就是說這筆款項每年仍必須由中國政府從各項捐稅攤派中征收，交給美國花旗銀行後，不受中國政府支配，而是另立“助學基金”由美國政府監督使用。為紀念羅斯福總統對清華立校的貢獻，清華西體育館被命名為“羅斯福紀念體育館”（Roosevelt Memorial Gymnasium），並在麵牆上鑄其雕像，1950年代被作為“帝國主義侵略”象征被鏟除。從長計議，中國人出錢建了所美國學校也好過老佛爺拿著錢在頤和園吃月餅揮霍
美國政府國會先後兩次決定退還「中美庚子賠款」的餘額，第一次在光緒開四年（1908）5月25日、經國會通過，同年28日由老羅斯福總統以行政命令實施，將超索的款項約美金1，200萬元連同利息，逐年退還中國。美國與清政府協議，將該款項用派遣學生赴美留學及創清華學校（後改為立清華大兩國政府並議定，由中國教育部長、外交部長及美國駐華公使共同組織「清華大學基金保管委員會」經管這筆經費。美國政府訂定「先賠後退」之還款辦法，乃按年按月由中國政府，將庚款交與美國政府後，再由美國政府將此款項撥付該會。
民國13年（1924）美國總統柯立芝（Calvin Coolidge）獲得兩院同意，於5月21日批第二次庚子賠款餘額，將陸續退還自民國6年（1917）10月1日以後到期之賠款，連同利息，約美金1254萬元，逐年撥付。同年6月14日由美國務卿將此決定正式照會國美公使。此次退款，由兩國政府協議，設立「中華教育文化基金董事會」來經管。民國13年（1924）9月17日我國政府以大總統命令指派中美董事14人，特別設立財團法人，負責保管美國第二次退還之庚款餘額。隨後又補派中國董事一人，共15人。
