在太平洋戰爭結束後的印度尼西亞，有一段日軍撤離和荷蘭委托英軍重新占領印尼之間的權力真空。長期致力於印尼獨立曾被荷蘭殖民當局關押，並在日占時期與占領軍合作而做大的蘇加諾，抓住了這個瞬間即逝的曆史機遇，於1945年8月17日宣布印度尼西亞獨立，印尼獨立戰爭爆發。最先到達的英軍處境很尷尬，因為其部隊都是印度士兵組成的，他們認同過去日本人和眼下印尼獨立運動的亞洲是亞洲人的宣傳。後來登島的荷蘭軍隊倒是控製了主要城市，但荷蘭那點軍隊沒有力量統治廣大的農村。當地人的武裝與荷蘭軍隊之間展開了殘酷的戰爭，史稱Bershiap (當地語“準備好”)。聯想起我們小時候的少先隊經曆：紅領巾由鮮血染成，口號是“時刻準備著”，不寒而栗。
大量史料證明，印尼獨立戰爭的雙方都犯下了令人發指的戰爭罪。印尼武裝人員以反革命，親荷賣國的罪名屠殺了數萬平民，除了歐洲白人，歐亞混血人（早期的荷蘭殖民者沒有帶女人，他們在印尼生活繁衍了300年），還包括大量的華人。蘇加諾宣布印尼獨立後，經濟地位處於白人和原住民之間的華人，與原住民之間的矛盾加劇。在那以後的印尼曆史上還發生了多起反華、排華流血事件，
印尼華人的萬人坑。
蘇加諾早年接觸過費邊主義，馬克思主義，康德、黑格爾和盧梭的西方學說，但對他影響最大的是亞洲以“三民主義”為標誌的孫中山學說和以“不合作主義”為特征的甘地思想。孫中山早年鼓吹所謂“大亞洲主義”，甘地提出排斥一切西方文明，返樸歸真的社會理想，這些對蘇加諾有影響，形成了他的有地域色彩的民族主義思想，認為西方帝國主義是全亞洲人民的共同敵人，反殖民主義就是反西方，而對日本帝國主義喪失警惕和缺乏認識。加上蘇加諾長期受到荷蘭殖民當局的監禁和迫害，很容易與日本占領軍的反西方宣傳產生共鳴，與他們合作。
蘇加諾的領袖地位是在日占時期奠定起來的，印尼有公認的領袖人物也起源於日占時期。蘇加諾力爭讓日本占領當局更多地放權給印尼官員，讓印尼人管理印尼人的事務。蘇加諾利用他的職務“合法”地做了大量的工作，包括在日軍的監督下組織和指揮印尼人的行政係統和軍事係統；溝通各島嶼之間的聯係，減少地方獨立性；維持戰時經濟，在滿足日軍所需的情況下盡其所能維持印尼的民生；在日軍的允許下進行語言改革，推行和普及統一的印尼語；建立初、中、高一體化的國民教育係統，廢除荷印時代的種族隔離和民族歧視政策，確立國民受教育機會均等原則，等等。許多工作，蘇加諾等是借助日本占領軍所訂出的“鏟除西化”的旗號進行的，因而破除了一些荷蘭殖民統治的舊製度，確立了一些帶印尼色彩的新製度，在一定程度上增進了印尼民族經濟文化的發展，促進了印尼人民民族意識的覺醒和國家意識的複蘇，為印尼的獨立奠定了思想基礎。
日占時期印尼人建立了自己的行政和軍事係統，為日後獨立國家的建立做了組織準備。日軍為了籌款籌糧需要有一個自上而下的政府機關，起用了以蘇加諾為首的能幹而有經驗的印尼公務員來填補荷蘭人留下的空缺。雖然有日軍監督，但使行政機構順利運轉主要依賴印尼官員。到日本投降前夕，除了少數最高職位仍掌握在日本人手中，印尼人基本上自己控製了各級行政部門，為過渡到獨立的印尼國家運作創造了條件。
另外一個不得不提的史實是，荷蘭是在美國的壓力下，最終放棄武力，承認印尼獨立的。
