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保衛戰的決定
11月，對於首都防衛，白崇禧一開始便表示：“現部隊已殘破不全，也沒有後續部隊可調度，建議宣布南京為不設防城市。”張群則說：“如我軍自動退出南京，將來和談時，日軍就不能以武力攻占南京的戰勝者自居。”陳誠當時也反對守南京。
劉斐回憶：“戰局的演變，使蔣介石籌建了多年的吳福線和錫澄線國防工事，絲毫沒有起到阻止敵人前進的作用，出乎意外地迫使他急於解決南京防守的問題。”11月中旬連續在蔣中正的中山陵園官邸召開了三次高級幕僚會議。
11月12日，蔣中正召開第一次防衛會議，何應欽、白崇禧、徐永昌和作戰組組長劉斐等幾個人參加，蔣公說：“說南京是國際觀瞻所係，守是應該守一下的，至於如何守法，值得再加考慮。”劉斐建議：“日軍擁有海陸空優勢，國軍將處在立體包圍之下，加上上海會戰損失太大，國軍未經整訓，無法恢複戰力。建議用12至18個團象征性的適當抵抗後主動撤退。”與會的何應欽、白崇禧、徐永昌均表示支持。蔣中正並沒有馬上作出決定，但在會議之後曾一度有不守南京的念頭。
11月17日第二防衛會議有何應欽、白崇禧、徐永昌、劉斐，以及唐生智（時任軍法執行總監部總監）、王俊（時任第一部次長）、穀正倫（時任南京警衛司令）參加，蔣公在這次會上既沒有作肯定的決定，也沒有改變以前的部署。唐支持蔣公守的意見，白、劉堅持應付守一下的原意，其他人沒有明確表態。然唐雖然主張守，卻認為應由穀正倫、桂永清為城防正、副司令，或再加上羅卓英為總司令就可以了，這一點同蔣公設想不符，再次休會。
11月18日一整天，蔣找唐生智溝通，帶領唐到了南京複廓一帶看桂永清所指揮的教導總隊的陣地。蔣希望由唐來守，在唐應允後，11月18日召開第三次防衛會議，會議上蔣問：“誰負責固守南京為好?”這時沒有一個人做聲。最後唐生智打破了一時的沉寂，堅決地說：“委員長，若沒有別人負責，我願意勉為其難，我一定堅決死守，與南京城共存亡!”“現在敵人已迫近首都，首都是國父陵寢所在地。值此大敵當前，在南京如不犧牲一二員大將，我們不特對不起總理在天之靈，更對不起我們的最高統帥。本人主張死守南京，和敵人拚到底！”蔣說：“很好，就由孟瀟負責。”蔣並望著何應欽說：“就這麽辦，有什麽要準備的，馬上辦，可讓孟瀟先行視事，命令隨即發表。”何應欽表示唐生智擔負這個責任很適當，蔣中正也認為，南京為首都所在，總理陵寢所在，不可不作重大犧牲，期望固守南京三個月至一年[26]。白崇禧回憶參加第三次作戰會議：
“淞滬會戰轉移陣地之前，對南京防守事宜，蔣委員長曾經召開高級將領會議。出席之高級將領有參謀總長何敬之將軍，訓練總監唐生智將軍，第一部副部長王俊將軍與我等人。委員長在會場宣稱南京是我們之首都，國父陵寢之所在地，必須防守。會中詢問誰願擔任防守責任，唐生智立起發言，慷慨陳詞，自願防守。他批評自抗戰以來中下級士官犧牲甚多，但未見有高級軍官犧牲者，他願擔任防守責任與城共存亡。委員長嘉獎其壯誌，但與會人多為唐擔心。因為參加南京保衛戰的部隊，多是甫由淞滬戰場撤下，有的部隊傷亡過半，至少也在三分之一以上，而沿途撤退，上有敵機，後有追兵，士氣非常低落。以久戰疲敝之師來保衛南京，這是我們為唐擔心的最大原因。
宋希濂回憶：
“我於二十三、二十四兩日先後會見了唐、白崇禧、張群、王俊（第一部次長）、錢大鈞（蔣之侍從室主任）、蕭自誠（蔣之秘書）等人，大體了解到關於守衛南京的會議經過及計劃。自敵軍在金山衛登陸，上海戰局急轉直下之後，“守不守南京”成為當時軍事上的中心問題。蔣介石於十七、十八兩日曾三次遨集何應欽、白崇禧、唐生智、徐永昌、王俊，劉斐、穀正倫等人開會。……由於意見分歧，在頭兩次會議上未作出決定。到十八日晚最後的一次會議，蔣介石說：“南京是我國的首都，為國際觀瞻聽係，對全國人心也有重大影響，完全不守是不可以的。應較十二個團的兵力酌量增加。”隨著蔣介石就問：“守南京問題就這樣奐定，大家看誰來負責好？”當時都沒有人作聲，沉默了一會兒。唐生智自告奮勇說軍人以身許國，當此危難之際，何能畏難以求荀安。如果委員長還沒有預定人來擔任，我願負此責。”
據這些人回憶，李宗仁未參加保衛南京的三次作戰會議。但有說法李宗仁也參加了防守南京三次作戰會議，主張棄守南京：“南京在戰術上是個絕地，敵人可三麵合圍，而北麵又阻於長江，無路可退，以新受挫折的部隊來坐困孤城，實難望久守。”蔣中正詢問德國軍事顧問亞曆山大·馮·法肯豪森，他以軍事觀點讚成李宗仁的論點，並竭力主張“不作無謂的犧牲[27]。”
11月20日，蔣中正任命唐生智為南京衛戍司令官。11月21日，蔣中正在日記中留下：“文人老朽，以軍事失利，皆倡和議，而高級將領，亦有喪膽落魄而望和者。嗚呼！若輩竟無革命精神若此，究不知其昔日倡言抗戰之為何也。”[28]11月23日，日軍至無錫，無錫一失南京屏障已去[11]:81。宋希濂回憶：“截至11月25日止，國民政府所屬各機關都已遷移到武漢或重慶去了。在八一三上海戰爭未爆發以前，南京人口約為100萬，至此所剩僅30餘萬。”11月26日，日記：“南京孤城不能守，然不能不守，對國對民殊難為懷也。”11月27日日記：“餘能多留京一日，則國家與人民及前方軍隊多一日之益，總理與陣亡將士亦多得一日之安。”11月27日，蔣巡視南京城防工事。11月28日，另一路日軍進犯宜興[11]:82。12月1日，蔣下令將沿海工廠、企業等陸續遷入內地複工生產。
