經汪精衛國民政府的教育部長趙正平提議，1940年4月成立複校籌備委員會；身在重慶的第三次蔣中正內閣不認可其校名而稱“偽”中央大學。起初複校校址設在南京建鄴路的中央政治學校舊址。1942年8月，因器材圖書短缺老舊，學校遷至南京金陵大學校址（此時金陵大學遷至四川成都）。
1940年7月成立招生委員會，在日本軍事占領的南京、北平、上海、蘇州、杭州、武漢、廣州等七個城市招生，首屆錄取674位學生，所有錄取生一律免收學雜費、住宿費，二年製師專及農專生免收膳食費。1944年統計全校學生總數為940人，其中文學院70人，法商學院290人，教育學院75人，理工學院205人，農學院150人，醫學院150人。
1945年8月汪精衛國民政府倒台，宋子文內閣教育部長朱家驊於9月下令解散“偽”中央大學，將包括交大在內的上海6所院校學生劃為“偽學生”，頒布《淪陷區專科以上學校學生、畢業生甄審辦法》（或稱《偽專科以上學校學生畢業生甄審辦法》），並於10月中旬，在北平、天津、上海、南京設立臨時大學補習班，令原淪陷區在校生先補習再進行考試，至於已畢業的學生則需補交論文以及蔣介石所著的《中國之命運》閱讀心得報告，經審核通過方獲合格證書。此舉被認為有歧視淪陷區學生之意，引起淪陷區民眾極大反彈，認為未能隨國民政府西遷的平民、學生，於淪陷區生活學習，緣於國民政府潰敗所致的無奈之舉，提出“人民無偽，學生無偽”。最後教育部取消甄審考試，改臨時大學補習班為臨時大學，以收容尚未畢業的在校學生。汪精衛國民政府國立中央大學的學生分至南京臨時大學、上海臨時大學。1946年6月，教育部撤消臨時大學，應屆畢業生發給畢業證書授予學位，在校學生則按原學校院係與地區，分發至中央大學、安徽大學、交通大學、江蘇醫學院、浙江大學等校繼續就讀[1]。
抗戰勝利後，中央大學於1946年遷回南京。經與金陵大學協商，汪精衛國民政府國立中央大學校址和圖書雜誌歸金陵大學，儀器設備和檔案由中央大學接收。
學生來源
學生絕大多數家境貧困，沒有生活來源者靠在校外兼職做教員甚至拉黃包車糊口，轉學或輟學現象嚴重。各學院教師甚至院長很不穩定，例如，五年間醫學院院長一職十易其人，教育學院院長七易其人，校長也四易其人。
盡管辦學條件差，該校仍造就一批人才，如中國科學院院士胡聿賢 、鐵道兵總工程師潘田、台灣大學教授趙榮澄、台灣實業钜子鄒祖焜（新亞建設創辦人）、程誌新（前國際青商總會會長，推動台灣十大傑出青年選拔活動）等人。前中國共產黨中央委員會總書記江澤民也曾就讀於此。
學生社團
參加清毒運動的學生搬運抄出的鴉片（王嘉猷提供）
中央大學的學生自發秘密組織抗日群體，包括群社、中華青年救國會。中共地下黨則在學生中成立多個外圍組織，包括青年救國社、團結救國社、民社。這些組織出版的刊物有《新知識》、《炬火》、《螢光》。[2]
青年救國社
主條目：青年救國社
1941年11月，青年救國社在中央大學成立[3]，是中國共產黨的外圍組織。1943年12月，該社發起清毒運動，吸引3000人參加[4]。1944年7月停止活動[5]，成員多加入中國共產黨。
“學術無偽”、“學生無偽”——我們不是漢奸
1945年8月，日本無條件投降，汪偽政府也隨之垮台。國民政府教育部於9月下令解散“偽中央大學”，將包括交大在內的上海6所院校學生劃為“偽學生”，頒布《淪陷區專科以上學校學生、畢業生甄審辦法》（或稱《偽專科以上學校學生畢業生甄審辦法》），並於10月中旬，在北平、天津、上海、南京設立臨時大學補習班，令原淪陷區在校生先補習再進行考試，至於已畢業的學生則需補交論文以及蔣介石所著的《中國之命運》閱讀心得報告，經審核通過方獲合格證書。
此舉被認為有歧視淪陷區學生之意，引起淪陷區民眾極大反彈，認為未能隨國民政府西遷的平民、學生，於淪陷區生活學習，緣於國民政府潰敗所致的無奈之舉，提出“學校無偽”、“學術無偽”、“學生無偽”，反對歧視，反對甄審，認為學校不同於政府，不能把當時淪陷區的學校稱作“偽學校”，更不能把學生稱作“偽學生”。最後教育部取消甄審考試，改由學生自己按原來年級程序，選擇相應的院係到臨時大學就讀，改臨時大學補習班為臨時大學，以收容尚未畢業的在校學生。“偽中央大學”的學生分至南京臨時大學、上海臨時大學。
南京臨時大學設在金陵大學內。南京中央大學的文、法商、教育、理工學院一、二年級，農學院及醫學院學生按原在班級，分配到南京臨時大學各院係學習。理工學院三、四年級學生，以南京師資不足為由，分配到上海臨時大學，在上海交通大學學習。醫學院高年級與上海東南醫學院高年級合並，在軍政部第一臨時醫院上課。
