3月7日，布爾什維克政府開始攻擊喀琅施塔得。60,000名軍隊在米哈伊爾·圖哈切夫斯基的率領下參加了戰鬥。彼得格勒全城戒嚴。[11]有一個催促要求在海灣解凍以前取得對要塞的控製權，該要塞對於陸軍來說是堅不可摧的。
3月17日，布爾什維克軍隊付出了10,000人死亡的代價進入了喀琅施塔得城中。3月19日，布爾什維克軍隊付出527至1,412人死亡的代價，完全控製了整座城市（若加入第一次圍城死亡更高）。喀琅施塔得投降的次日，布爾什維克舉行巴黎公社五十周年的紀念。
雖然沒有起義軍損失的可靠數字，但曆史學家們估計有1,200至2,168人在叛亂結束後被處決，被投入監獄的數量與之相似，許多被關押入索洛夫基集中營（位於索洛韋茨基群島上）。蘇聯官方數據宣稱大約1,000名叛軍被殺、2,000人受傷、2,300至6,528人被俘，其中6,000至8,000人投奔芬蘭；而紅軍陣亡527人、受傷3,285人。後來1,050至1,272名犯人獲得釋放，750至1,486人被判處五年的勞動改造。更幸運的叛軍就是逃往芬蘭的那些，他們人數之多成為這個新成立的獨立國家最大的難民問題。
蘇維埃政府後來給這些逃亡芬蘭的難民進行特赦，其中包括斯捷潘·彼得裏琴科，他生活在芬蘭，後來成為國家政治保衛局的間諜。[13]1941年，彼得裏琴科被芬蘭政府逮捕，並於1944年遣返蘇聯。回國後數月，他被指控從事間諜活動，判處入獄十年，1947年死於弗拉基米爾監獄。
雖然紅軍鎮壓了此次起義，但國內的不滿事件不可能被更強有力地鎮壓。列寧聲明喀琅施塔得“被點亮如同一道閃電”。麵對抵抗反對的背景，列寧得出世界革命並非迫在眉睫的結論。1921年春天，他廢除戰時共產主義，以新經濟政策取而代之。
蘇聯時代官方將此次事件定性為“反革命叛亂”。然而，這隻是鎮壓的借口，實際上並非如此。很多勝利一方的布爾什維克都認為自己所做的隻是保衛了一個專製政權。當時紅軍總指揮列夫·托洛茨基的命令稱：“要無情地鎮壓叛亂者，無需任何憐憫之心，槍殺他們，俘虜也包括在內。”圖哈切夫斯基發出命令：“不遲於明天要用窒息性毒氣彈向戰列艦‘彼得羅巴甫洛夫斯克’號和‘塞瓦斯托波爾’號發起攻擊。”
