1. 桃園縣大溪大燒殺
1895 年7 月22 日，日本人下令焚燒大溪的街道，連續燒了3 天，總共燒毀房屋1500 多戶，台灣人死傷260 人。
——《杉浦和作『明治二十八年台灣平定記』台北、1896年、頁71;日本參謀本部編『明治二十七八年日清戰史』，許佩賢譯『攻台戰紀──日清戰史、台灣篇』台北、遠流、1995年、頁184-193;
2. 嘉義縣大林對婦女的暴行(大莆林大屠村)
1895 年9 月2 日，日本人到達大林，大林的人決定放棄抵抗，清掃道路，提供食物歡迎日軍。沒想到日本人要求獻出200 名婦女，在被拒絕之後，日本人竟然奸殺婦女60 多人，多名婦女生殖器遭削尖的竹片貫穿，連腸子都拉出體外。
——《攻台戰紀』頁248-253;『攻台見聞』頁294;『讓台記』頁60、頁63、頁64-65;『瀛海偕亡記』頁11、頁15;姚錫光「東方兵事紀略、台灣篇上」、收入『台海思慟錄』頁61;洪棄生『瀛海偕亡記』台北，台灣銀行經濟研究室，1959年，頁24-25。》
3. 台南縣佳裏鎮大屠殺
1895 年10 月10 日，日本人從嘉義布袋嘴登陸，到達台南縣佳裏鎮的時候，有將近一萬名的村民躲到溪邊，因為嬰兒的哭聲被發現，結果日本人對村民連續開槍，包括大人、小孩、嬰兒通通被打死。
——《『攻台見聞』頁422;『讓台記』頁69-70。》
4. 雲林大屠殺
1896 年6 月16 日，日本人進攻雲林地區，總共大屠殺了七天，在連續所謂的「掃蕩」七天之中，到處施展毫無人性的報複屠殺，在山區中遇人殺人，見屋則燒屋，婦女幼兒也在殘殺之列，日軍更將嬰兒屍體串掛刺槍上示威炫燿武力，村民屍體殘肢四散任由野狗啃食。共有4295 戶民宅被燒毀，殘殺民眾6000 人。
——《台灣總督府『陸軍幕僚歷史草案』卷一，6月21日條;台灣總督府警務局編『台灣總督府警察沿革誌』第二編，上卷(東京、綠蔭書房、1986年、復刻版)，頁432、頁436。苫地治叁郎『高野孟矩』1897年、頁252-253。『台灣總督府警察沿革誌』第二編，上卷，頁436;『公爵桂太郎傳』乾卷，頁735。》
5. 阿公店大屠殺
1898 年11 月12 日，日本人展開對台灣中南部抗日份子的大規模攻擊，日本人稱為「大討伐」，總共殺害了2,053 人，燒毀民宅2,783 戶。
———《『台灣總督府警察沿革誌』第二編，上卷，頁512。》
6. 雲林歸順大誘殺與噍吧哖大屠殺
1902 年5 月25 日，日本人欺騙抗日份子265 人，說明隻要他們歸順不再抗日，就可以無罪赦免。結果在南投縣竹山，雲林縣林內、鬥六、古坑、鬥南、西螺等6 個地方的歸順典禮中，以機關槍掃射，將所有歸順的人都殺死。1915 年，抗日烈士餘清芳在台南縣玉井鄉(噍吧哖)的西來庵推展抗日運動，日本人同樣以歸順來誘殺玉井附近的20 幾個村莊的居民3200 人，不分男女老幼，通通殺死。
——《『南投縣革命誌稿』，頁176-181。[28] 秋澤次郎『台灣匪誌』台北、杉田書店、1923年、頁295。》
7. 霧社事件
1930 年11月5 日，日本人使用大炮、機關槍和戰鬥機對躲藏在樹林中的原住民掃射、炮擊，最後還用飛機投擲「毒氣彈」殘殺原住民，這種沒有人性的戰爭手段，已經嚴重違反國際公約，引起世界各國的強烈譴責。最後，霧社原住民經過50 幾天的抵抗還是失敗了，原來1400 個人口，隻剩下500 人活著。
8.大嵙崁大燒殺
1895年馬關條約後，日軍登陸台灣。在台北與新竹之間的大嵙崁溪沿岸地方，有大嵙崁武生汪國輝、叁角湧樟腦製造業者蘇力、樹林地主王振輝等人，各自率領「住民自警團」自衛。7月12日，日軍進軍到該地方，汪等人抵抗。7月16日以後，日軍的援軍到來，便展開屠殺。日軍設定大嵙崁以東至叁角湧之間的所有村莊，都是抗日的義軍，就下令焚燒大嵙崁街，於是4萬人左右的繁華市街，從7月22日連燒3天，火焰遠遠連燒到叁角湧街，20多裏不絕，變成滿目淒涼的焦土，共燒毀房屋1500多戶，人民死傷260人。抗日領袖汪國輝，則被日軍以武士道手法斬殺。
9、蕭壟街慘殺
1895年10月10日，日軍混成第四旅團登陸布袋嘴(嘉義地方)，當地義軍領袖林崑岡，以敢死隊之勢捍衛鄉裏。然而武器窳劣不敵，退據蕭壟街(今台南縣佳裏鎮)。於是日軍大肆搜索，近千名村民躲到溪邊雜樹林的天然溝壑中，因嬰兒哭聲而被發現後，日軍竟派兵分別截住長坑的頭尾兩端，然後亂槍齊放，對著坑內猛烈射擊了近20分鍾。一時淒厲慘叫，呼喊哀號如人間地獄，躲到坑裏避難的台灣人無一幸免，嬰兒、婦女也無一人得活，真是殘酷到極點 。
據1981 年台北市文獻委員會副主任委員王國璠編著的《台灣抗日史》中記載，被日本人屠殺的台灣人約有四十萬多人。
