從1930年代，抗日戰爭成為國民政府的頭等大事，對外蒙問題隻能暫時擱置。
時光荏苒，鬥轉星移，1945年初，二戰進入尾聲，美國等世界主要大國開始著手建立戰後秩序，劃分利益範圍。
1945年2月，美英兩國在未通知中華民國情況下，與蘇聯簽定涉及外蒙古以及中國主權的《雅爾塔協定》。
條約除了將中國旅大和東北鐵路權益轉讓給蘇聯，還約定外蒙古（蒙古人民共和國）現狀須予維持。
這是基於英美對國民政府百萬大軍在1944年豫湘桂大潰敗糟糕表現的失望，這讓美國認為結束太平洋戰爭已無法指望中國，隻能寄希望於蘇聯，為了換取蘇聯出兵，便把外蒙古主權利益讓渡出去。
1945年6月，中蘇就外蒙古問題舉行談判，國民政府派出規格較高的代表團趕赴莫斯科，行政院院長宋子文為代表團長，蔣經國為主要代表。
談判開始時，中方堅拒承認外蒙獨立，斯大林態度強硬，寸步不讓，蔣經國對斯大林說:
“我們的國民一定不會原諒我們，在這樣情形之下，國民一定會起來反對政府。”
斯大林輕蔑的回答:
“倘使你本國有力量，自己可以打日本，我自然不會提出要求。今天你沒有這個力量，還要講這些話，就等於廢話。”
同時斯大林還透露出，索要外蒙古是站在軍事的戰略觀點，因為一旦從外蒙古向蘇聯進攻，西伯利亞鐵路將被切斷，俄國就完了。
此時的蘇聯已是僅次於美國的超級大國，中國無任何與蘇叫板的底氣。
與此同時，蔣介石接見蘇聯駐華大使彼得洛夫，表達進一步退讓的態度，即中國為外蒙古的宗主國，賦予其高度自治權，外交、軍事皆可獨立自主。
但蘇聯依然不為所動，另外，宋子文等與蘇聯高層多次談判，但雙方互不退讓，皆不歡而散，另一邊美國也在暗示蔣介石放棄外蒙古。
因為外蒙在近二十多年時間裏，無論政治、法律還是文化均被俄國化，與中國形同二國，蘇聯也暗中答應蔣介石不援助中共及不幹涉新疆等。
蔣介石出於日後內戰需要，於1945年8月指示宋子文按照蘇聯的意思，以全民公投的方式決定是否承認蒙古人民共和國。
這樣的安排無非在推動外蒙獨立披上一層合法的外衣。
其實質與清末割地賠款並無差別，這樣的曆史責任宋子文不願意背，並拒絕簽字，甚至辭掉外交部長一職，最後該條約由副代表王世傑簽字。
條約簽訂不久，蘇聯出兵東北，以摧枯拉朽之勢消滅日本關東軍。
日本投降兩個月後，外蒙古於1945年10月20日開始舉行公民投票，中國政府派員前去參觀，結果毫無意外，幾乎全票同意外蒙古從中國獨立出去。
1946年1月5日，中華民國正式承認蒙古人民共和國獨立，至此貫穿民國近四十年曆史的外蒙古獨立運動終於落下帷幕。
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