清軍進占浙東，朱以海逃亡舟山一帶海島，魯監國政權滅亡。博洛隨即部署清軍乘勝入閩。早在這年三月間，清廷就派出招降使者秘密到達福建，招撫鄭芝龍，鄭芝龍決定降清。鄭芝龍秘密降清後，下令仙霞關守將放棄天險，自動撤退。接著又謊報海盜進犯其家鄉安平，徑自帶領隊伍返回安平。
八月十三日，貝勒博洛，閩浙總督張存仁，巡撫佟國鼎帶領滿，漢大軍從衢州出發，收取福建。數日後，因鄭芝龍已經命令部將放棄仙霞關，清軍未遇任何抵抗，兵不血刃就越過了仙霞嶺。不久前降清的阮大铖跟隨清軍入閩，行至仙霞嶺時忽然頭麵腫脹，其他官員勸他暫時休息，不要過關。阮大铖唯恐失去“立功”機會，堅持隨軍越嶺。為顯示自己身體強健，他爭先步行登山，對落在後麵的人吹噓道：你們這些年輕人爬山還不如我這個六十歲的老頭。攀登到頂，疾病突發，死於嶺上。其他官員氣喘籲籲到達嶺上時，見到他坐在大石上一動不動，呼之不應，用馬鞭撥他辮子毫無反應，仔細一看，才發現他已經死了。跟隨的家人上嶺，下嶺，幾經周折，才在附近居民家中找到幾扇門板，勉強收斂。清軍過嶺後，隨即占領浦城，明巡按禦史鄭為虹不屈被殺。當時有民謠曰：峻峭仙霞路，逍遙軍馬過，將軍愛百姓，拱手奉山河。對鄭芝龍的不戰而降做出辛辣諷刺。
鄭芝龍的的背叛並不是個別的行為，當清軍占領浙東時，隆武朝廷的許多官員眼看大軍進逼，為自己身家性命計，紛紛暗中派人前往浙江向清軍投遞降表。
八月二十一日，隆武帝從延平行在起程前往江西贛州。他在並無多少軍隊護送的情況下，帶了大批書籍和宗室，隨駕官員，沒有輕裝前行。不久，得知清軍迫近，隆武君臣大驚狂奔，隨駕大學士何吾騶墜馬垂死，從小路返回原籍廣東。從行的宮人有三人共騎一馬的，窘迫狼狽至此。二十七日到達汀州（今福建長汀），隨行的隻剩下忠誠伯周之藩，給事中熊偉和他們所帶領的五百多名士卒。長汀知縣吳德操迎接隆武帝到管轄地區，該地區的百姓卻因知道清軍將至而紛紛逃離。次日（二十八日），清軍就追到了汀州，在趙家塘活捉了隆武帝，曾皇後，沈嬪，陳嬪等人。周之藩，熊偉被殺。隆武帝，曾皇後等在被俘之後當日也遇害被殺。隆武帝等被殺後，百姓收群屍葬於羅漢嶺，豎碑曰：“隆武並其母光華太妃諱英忠烈徐娘娘之墓”。
九月十九日，清軍在貝勒博洛統率下長驅進至福州。城中百姓紛紛逃竄，留下的人剃發留辯。隆武朝廷工部尚書鄭瑄投降，禮部尚書曹學佺不屈自縊而死。曾任崇禎，隆武兩朝大學士的傅冠被門人江亨龍捆綁獻給清軍，清軍勸降於他，不從，被害。至此，隆武朝廷覆滅。（待續）
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