日軍的暴行
國軍可恥的潰敗與瓦解以及隨之而來的焚燒搶劫騷擾，使得許多南京居民惶惶不可終日。他們在日軍剛進城時，曾由衷地表示寬慰，以為和平和秩序很快就能得到恢複。不料日軍在占領南京最初幾個星期裏的瘋狂野蠻，難以言狀，令人發指，罄竹難書，遠遠超出了所有人的想象。南京成了不折不扣的人間煉獄，以致拉貝他們那些洋人懷疑那些日本兵都是從監獄裏剛釋放出來的嗜殺成性的凶犯。日本政府在國際舞台上一直要求與西方強國並起並坐，然而他們部分士兵醜惡的本性一旦得到縱容，卻極其殘暴獸性、令人不寒而栗、毛骨悚然，以致南京市民久久不能克服對日軍的近於歇斯底裏的恐懼。
那些日本兵痞不分晝夜在大街小巷流竄，闖進住宅和難民所，肆意調戲和侮辱婦女。年紀大或長得一般的婦女，白天被拉去幹活，晚上被輪奸十～二十次，而比較漂亮的年輕女子一晚被輪奸多達四十餘次。他們連已經有六個半月身孕的十九歲的女孩、十一二歲的女孩、七十多歲的老太婆和庵裏的尼姑都不放過。那個十九歲的女孩因為掙紮反抗，臉上被割了七刀，腿上被刺了八處，肚子上兩英寸的一處刀傷導致了流產。好幾個婦女被奸死後陰道裏又被插了竹竿、木棍或酒瓶。有時日本兵實在找不到女孩，就拿男孩子發泄。
在英美煙草（British American Tobacco）公司職員帕森（Parson）的住宅裏，人們發現一個中國婦女的陰道裏插進了整根高爾夫球棒。
日本兵還曾強迫中國老頭與互不認識的老婦性交，而自己在旁觀看，哈哈大笑。
有個日本兵闖進一家，發現一個母親帶著兩個女兒，他企圖強奸其中一個女兒，被堅拒後惱羞成怒，將三個婦女鎖入屋內，然後縱火，把一個女孩燒成了焦炭。
有個八十一歲的老嫗被要求脫光衣服，她拒絕說自己太老了，當即被殺。
一個日本兵在強奸一個婦女時，因為五個月大的嬰兒在旁邊啼哭不止，獸性大發的他竟蒙住嬰兒的嘴和鼻子，把嬰兒活活悶死了。
日本兵的獸行還導致了南京城裏一時性病泛濫。
因為鼓樓醫院的那些傳教士醫生護士出於信仰而堅決拒絕為被日本兵強奸的婦女墮胎，那些婦女和他們的家人不得不用各種土辦法墮胎，造成了嚴重的健康問題甚至生命危險。
八九個月後，城裏還出現了許多日本兵作孽以後留下的棄嬰。
華裔美國人張純如（Iris Shun-Ru Chang）根據《拉貝日記》和《魏特琳日記》等大量資料撰寫並在一九九七年出版了《南京之強奸：二戰中被遺忘的種族滅絕》（The Rape of Nanking：The Forgotten Holocaust of World War II）一書。孫英春等翻譯的中文本《南京暴行：被遺忘的大屠殺》於次年出版。二00四年又出版了由馬誌行、田懷濱和唐乃穎翻譯的《南京大屠殺》。該書分三部分：1）日本軍方、中國受害者和西方目擊者的陳述；2）戰後世界輿論、主要是歐美輿論的反應；3）南京大屠殺的曆史被掩蓋的原因。
張純如在書中把拉貝稱作“中國的辛德勒”。
張純如的書出版以後，引起了社會轟動，長達十星期被列於《紐約時報》的暢銷書單上。她的研究受到不少專家的讚譽，不過也受到另外一些專家的質疑（比如張純如人雲亦雲，估計南京被強奸的婦女人數在二萬至八萬之間，那上下幅度未免太大，而且恐怕不太可靠。因為當時在南京的全部成年婦女隻有八九萬，沒有任何曆史學家說過幾乎每個婦女都遭到過被強奸的厄運），同時張純如受到了日本極右翼勢力的攻擊和威脅。
除了《南京之強奸》以外，張純如的第一部著作是Thread of the Silkworm（蠶絲），台灣中文版題為《中國導彈之父—錢學森之謎》，大陸中文版題為《蠶絲：錢學森傳》。
（張純如在一九九一年采訪了畢業以後留在美國工作的錢學森的兒子錢永剛。她寫道：“永剛告訴我的第一件事，就是他父親對於五十年代美國政府虧待他的往事，仍耿耿於懷。他說：‘就像先把人家請來作客，然後一腳踢他出門。如果我父親在這個國家犯了罪，當然無話可說。可是他奉獻了二十年青春為美國賣命，對這個國家的科技有莫大貢獻，得到的報酬卻是被趕出去。’”她還說：“永剛告訴我，要他父親重返美國，隻有一種可能：就是美國政府公開道歉──對一九五Ｏ年代把錢學森當作罪犯囚禁，以及在把他遞解回中國之前，讓他過了五年悲慘生活的錯誤，多少表示歉意。”）
張純如的另一部著作是The Chinese in America: A Narrative History（美國華人史），台灣中文版題為《美國華人史：十九世紀至二十一世紀初，一百五十年華人史詩》。
二00四年八月，在為她的第四本著作、記錄在一九四二年四—七月那三個月間發生的“巴丹死亡行軍”（Bataan Death March）的過程中日本皇軍虐待七萬五千個美軍和菲律賓戰俘的罪行收集素材時，張純如患了嚴重的神經衰弱和抑鬱症。她的家人、朋友和醫生們都懷疑那部分歸因於她睡眠嚴重不足、胡亂大量服用五花八門的中草藥以及對心理健康有副作用的藥物。隨著抑鬱症每況愈下，張純如被診斷為患有“反應性精神病”，而醫生給她的藥物同樣於事無補。據說她研究的題目如南京大屠殺、在美華人的遭遇和“巴丹死亡行軍”，都使她感到壓抑和悲涼。
十一月九日上午，張純如在自己的車內飲彈自盡，年僅三十六歲。她的身邊有用於鎮靜神經的藥物。她在前一天留下了三張紙條，其中一張上寫道：“我無法甩掉那種念頭，即某個比我能夠想象的更強大的力量，不管是中央情報局還是其他什麽我永遠不知道的組織，先是招募了我，然後是迫害我。隻要我活著，那些力量決不會放過我”，“我突然意識到對我的生命的威脅：我驚恐地感覺到自己在街上被人跟蹤，有一輛白色麵包車停在我家的外麵，送到我的郵箱的信件被損壞。我相信我被關進諾頓病院是因為政府在企圖破壞我的名譽”。
張純如被埋葬在加州洛思阿圖斯（Los Altos）的天堂之門（Gate of Heaven）天主教公墓裏。
南京市為張純如製作了兩尊雕塑，一座陳列在侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館，另一座放在美國斯坦福大學的胡佛研究院。
張純如的祖籍江蘇淮安在二0一七年建立了一個張純如紀念館。
張純如的研究嚴肅認真，取材豐富，然而她的《南京之強奸》被引進中國後並不暢銷。與之相反的是張藝謀根據嚴歌苓的小說《金陵十三釵》改編的同名電影，盡管純屬充滿雞血意淫的天馬行空胡編亂造，卻贏得了票房的巨大成功，觀眾近千萬。嚴歌苓的全部曆史根據是魏特琳一九三七年十二月二十四日的日記裏的一段話：
“聖誕節前的一天！大約在十點鍾，我被叫去辦公室見XX師團的一個高級參謀。幸虧他帶著一個使館裏的年紀很大的中國翻譯。他要求允許他們從我們的一萬多個難民中挑選妓女，他說他們要一百個。他們覺得如果讓他們開辦一個正規的有執照的場所，那麽士兵們就不會去強奸無辜清白的婦女了。在他們答應絕不帶走良家婦女之後，我們就讓他們自己去挑選。在那期間，那參謀就坐在我的辦公室裏。過了很久，他們找到了二十一個。他們說其中一些婦女是聽說在找妓女而主動站出來的，同時他們認為還有一些妓女躲著。事後，一群又一群的姑娘來問我日本人是否還會來選另外的七十九個。我能夠回答她們的就是，如果我能做到，我絕不會讓他們那麽做”。
在嚴歌苓的筆下和張藝謀的鏡頭下，魏特琳的那段記錄卻被演義成了李教官的殊死抵抗、殺敵無數，美國浪子米勒的智勇雙全、見義勇為以及一群風塵女子的愛國情懷、舍身相救！
在夫子廟那一帶建立的大型士兵妓院裏不僅有中國女子，還有日本和韓國的慰安婦。
沒有人確切知道日軍在南京到底殘殺了多少中國人。在拉貝日記及其所附的文件中都沒有提及死亡人數。拉貝在德國的演講中曾說到他們歐洲人估計在五～六萬人之間。他顯然大大低估了被日軍集體屠殺的國軍士兵的數量。不過侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館進口處那“3”後麵五個“0”的數字恐怕也未必靠譜，因為當時南京隻有平民二十五萬，其中絕大多數在國際安全區裏得以存活，其他約有不到十萬的軍隊，他們中的一部分在抵抗中犧牲，比如孫元良在他的“戰鬥詳報”裏就說，在保衛紫金山和雨花台的戰鬥中，“全部官兵六千餘皆英勇壯烈殉國”（當然那樣的數字也不宜全信），還有一部分國軍成功撤退或突圍，如從下關全員撤退到浦口的宋希濂的三十六師和從南京東北方的棲霞山衝出日軍包圍圈的粵軍葉肇的六十六軍和鄧龍光的八十三軍。守軍在投降被俘後一部分被迫當勞工，大部分被日軍屠殺，但他們遠遠沒有三十萬之眾。
紅卍字會的大約六百個義工每天平均埋葬二百具上下的死屍，他們往死屍撒上石灰消毒，用草席裹住，然後運到下關和上新河地區的萬人義塚埋葬。根據最後的統計，他們一共埋葬了四萬三千零七十一具屍體，其中在安全區外如燕子磯、下關和三汊河等地收殮的近四萬屍體中絕大多數是戰俘，他們中許多人的雙手被鐵絲綁在身後，而在安全區內收殮的百分之八十是平民。還有許多屍體是由其他慈善團體或親友埋葬的。
日本兵往往把許多屍體塞進空屋裏，然後點火焚屍滅跡，那同時也燒掉了日本兵洗劫掠奪的痕跡。
當初意圖阻擋日軍坦克而挖掘的壕溝裏曾一度填滿了屍體。
日軍在一九三七年十二月在古林寺槍殺了許多僧侶。
下關有五十四個發電廠的工人，被安排住在和記洋行。為了幫助電廠恢複發電，拉貝應日本人的要求把他們派去電廠，他們中的四十三人卻被日軍捆綁著帶到江邊，用機槍射殺了，因為日本人誣指他們是國營企業的員工，而實際上發電廠是個私營企業。
任何日本兵都有處死中國人的權利。老百姓在日本兵麵前不及時鞠躬行禮就有被刺殺的危險。許多人因為一時不明白日本兵要什麽而被殺。隻要稍有反抗或不順從，更會立刻被槍擊或刺刀捅戳。許多中國人被日本兵用作練習刺殺的靶子。那些見到日本兵而驚恐逃跑的人，都會被從背後射殺。在許多西方人看來，日本兵殺中國人“就像在野外殺兔子一樣”。
在很長的一段時間裏，南京的街道邊到處可見屍體，池塘溝渠更是填滿了屍體，惡臭熏天。在開始的二十多天裏，日本人不準紅卍字會收屍埋葬，以致許多屍體被野狗啃咬，而市場上有人在賣狗肉。
從一九三七年十二月十三日起，一具被捆綁在竹床上的中國士兵的屍體出現在離拉貝的住宅不遠處，他無數次向日本人要求將其埋葬或他自己安排人將其埋葬，卻莫名其妙地總也不得允許，直到幾乎五十天後的一九三八年一月三十一日才被準殮屍。
一個日本兵要一個男孩抓住一頭豬，孩子勁不夠而沒抓住，日本人就開槍打碎了他的顎部。
另一個男孩沒法給日本兵找到豬，被破腹後扔進了池塘。
據說南京每四個家庭至少有一人被殺。
中國軍人先以抵抗為名燒了南京市郊，日軍後以防止中國軍人抵抗為名燒了市區。日軍有組織的縱火是從一九三七年十二月二十日開始的。夫子廟連同其周圍的茶館和大市場、主要商業區如太平路、新街口廣場、中山東路、國府路和珠江路等都變成了垃圾場瓦礫堆。被燒的還有國立大劇場、高爾夫俱樂部、江蘇省主席顧祝同、中央財政部長孔祥熙和中央地質研究所所長、國家資源委員會秘書長翁文灝的住宅等等（翁文灝的住宅最後隻剩下了一堵牆的一小截）。中央研究院的五幢主要建築中，三幢被燒毀，裏麵經營多年的生物標本室被徹底燒焦。
日本人毀掉了一大半城市。在那些天裏，晚上天空被大火照得通亮，白天濃煙滾滾。
南京基督教青年會的建築被燒，保險櫃被砸開，裏麵的錢被偷走。
德國人克勒格爾寫道：“令人多少感到有點安慰的是，這次破壞的程度不如太平天國進城的那一次”（其實上一次的南京大屠殺並不是太平天國進城時發生的，而是曾國藩的弟弟曾國荃率領的湘軍在一八六四年攻陷天京後縱火殺掠，造成了二～三十萬平民的死亡）。但是在其他西方人的眼裏，日本人無異於當年破壞一切、摧毀一切的成吉思汗（即某些人極端推崇的“一代天驕”！）。也有人將之比擬為一九一五—一七年間土耳其人對亞美尼亞人的種族滅絕。
日本兵經常無視住宅大門上張貼的日本大使館簽發的告示，他們甚至公然撕下日本憲兵頒發和張貼的布告。
他們對美國星條旗和美國大使館的告示更是沒有絲毫敬畏之心，許多星條旗被扯下撕毀或踩在腳底。總計有一百五十八所美國人的住宅被搶。貝茨的住宅四次被劫掠。美國大使館的十一輛汽車和兩輛卡車被搶。美國大使住宅的汽車被偷。留守美國使館的中國職員及其家屬全部被劫掠。美國使館三秘的住宅（馬合街29號）裏兩個傭人被殺，屍體一具在車庫裏，另一具在床底下。
三十八所德國人的住宅被搶，其中包括德國使館的參讚、行政官員和秘書的住宅。留守在那裏的中國仆人被打。連大使陶德曼在薩家灣九號的住宅也曾被搶，裏麵牆上掛著的中國畫被偷走，過道裏的壁櫥被打壞。四棟德國商人的住宅被徹底燒毀。不過大約有二十幢德國人（大都是軍事顧問）的住宅基本無損。
德國哈普羅（Hapro）公司的五處房產中，一處遭劫被焚，全損，三處被劫，隻有一處無損（Hapro是一家工業製品公司的“馬甲”，直接聽命於德國戰爭部（後來是戈林（H. W.Goring）），曾秘密為中國軍隊提供武器）。
英國使館也被搶走了十一輛汽車。
那些往往喝醉的毫無節製的日本兵日以繼夜地搶劫，他們什麽都搶，連人們身上的幾個銅板也不放過。鼓樓醫院的美國護士海因茲的手表也被他們搶走了。
有時日軍先把商店的貨物庫存搬運一空，然後將房屋付之一炬。
日軍用搶來的各種運輸工具如卡車、汽車、自行車、手推車、童車、驢子和騾子運走他們搶來的財物。有時他們讓中國人扛著抬著他們搶來的東西，然後拍照製造中國人搶劫的偽證。
日本兵更是什麽都偷，小到火柴、蠟燭、碗盆、銅壺，大到馬匹、水牛、汽車、鋼琴，以及戒指、耳環、手表、相機、被褥、鞋子、衣服、床、床墊、地毯、家具、餐具、自行車、字畫、縫紉機、醃菜、酒、香煙、車胎和汽油等等。
一個中國工人替日本人幹了一天活，回到家裏，一家六口正要吃飯，一個日本兵路過，朝桌子上放著的幾碗稀粥裏撒了一泡尿，然後獰笑著揚長而去。
偶爾有胡作非為的散兵遊勇被日本憲兵或軍官當場逮住，往往隻是扇幾個耳光，痛罵幾句了事，再沒有其他懲處（後來據說有日本兵因此而受到嚴重懲罰的，比如被立即送往前線）。
不過在占領期間，日本人基本上沒有觸動中山陵寢所在的國家陵園和靈穀寺地區，譚延闓墓也大致沒有受到破壞（墓前珍貴的白色大理石石甕和瓷罐被砸壞了）。蔣介石的住宅同樣沒有遭劫。日本人還把孔廟修葺一新（莫非他們也想過辦些“孔子學校”？）。
據說那時在揚子江上的日本海軍紀律比較嚴明，幾乎沒有水兵施暴的事件。
日本宣傳機構在為他們的士兵在南京的暴行辯護時經常引用的例子是“通州事件”，說一些士兵實在是義憤填膺，報複心切。一九三七年七月二十九日，冀東防共自治政府下屬的通州保安隊約五千士兵嘩變，他們攻擊了居住在通州城內的約四百二十個日韓官兵、浪人和僑民，至少二百餘個日本人和韓國人，大多是老弱婦孺，被搶劫、強奸、淩辱和殺戮（日方稱二百三十五人被殺。一九七0年代公開的蔣介石日記裏記載有一百零四個日本人和一百零八個韓國人被殺）（次日，日軍殺回，屠殺中國軍民七百餘人。嘩變士兵曾希望駐在附近的宋哲元的二十九軍能施以援手，但二十九軍紋絲不動）。
南京淪陷期間一部分國人的醜行
緊隨著日軍，國人入室偷盜非常普遍。秩序稍微恢複以後，安全區裏上海路和寧海路一帶雨後春筍般冒出來的用蘆席木板搭成的極其簡陋的店鋪裏出售的絕大多數東西如衣服、布匹、床具、餐具、花瓶和銅器等等，一看即知是偷來搶來的贓物。那裏摩肩接踵，生意興隆，仿佛成了以前新年裏的夫子廟廟會。而那些市場越興旺，店鋪越多，偷盜的行為就越普遍。原本拯救生命的安全區一度變成了窩藏和銷售贓物的巨大黑市。除了商店，那裏還有不少茶館和飯鋪（日本當局在一九三八年一月底清除了安全區裏的店鋪，於是那些店鋪轉移去了莫愁路那一帶）。
隻要家裏沒人，桌椅、木床、窗框、門和地板等都會變成他人取暖的木柴。到後期，為非作歹的多數是中國人。為了減少損失，許多老百姓不得不先下手為強，砍下了自家土地上的樹木。
一九四0年一月二十四日，美國大使館的保險庫被竊，五萬美元不翼而飛。
國人中的癮君子賭棍偷盜更是不擇手段、不計後果。他們拆房賣磚，偷農民種的菜，甚至挖棺材當木柴賣。在“潘多拉魔盒”被打開以後，一切妖魔鬼怪垃圾渣滓都浮了出來。
盡管始終沒有離開南京，索恩家的門也被拆掉了，他的家在安全區外麵，但離安全區很近。何應欽的住宅開始時作為日軍秋山支隊的司令部，毫發無損，秋山支隊司令部轉移以後，那房子失去了保護，到後來幾乎完全消失了，日本兵用裏麵的家具燒火取暖，老百姓又把它一片片拆得精光。
在拉貝的日記裏還記錄著四個中國強盜認定一個同鄉家裏藏有錢財，於是把同鄉的四肢捆綁起來，吊掛在火堆上烤，逼他供出藏錢的地方。
拉貝曾提到，帕特南·威爾（Putnam Wheale，真名Bertram Lenox Simpson，漢名辛博森，出生於中國，早年加入中國海關，後因報道義和團事件成名後改行專任駐華記者。他曾在北洋政府中擔任政府顧問，一九三0年受閻錫山委任掌管天津海關，任內遭遇暗殺不治身亡）在他記錄一九00年北京圍困期間經曆的書《北京信劄》（Letters from Peking）中承認，他和其他一些歐洲人也幹過搶劫的勾當。拉貝坦白：我們也好不到哪兒去。他的仆人張國珍曾用一塊二毛錢買回了一台價值三十八元的台式風扇，另外用兩塊錢買回了兩個明代花瓶（當時昂貴的是食物，一隻雞就要兩塊錢）。
程瑞芳在她的日記中有一段敘述：幾個中年婦女難民互相咒罵撕打，爭奪來訪的日本婦女國防組織輔助協會的三個老太扔下的幾個爛蘋果和幾顆糖果。程瑞芳說她被“氣死了。……那些女人毫無羞恥心，她們是人渣。她們哪怕餓死，也不該吃日本人的東西。”
難民們經常爭吵不休，甚至向日本人互相舉報揭發告狀。不少人狐假虎威，借日本人之手挾私報複，而被舉報者往往大禍臨頭。
有人從偽政府找來警察，然後當麵無端指控別人賣槍給遊擊隊，迫使那人掏錢消災。
更有無賴為日本人當奸細，出賣當過兵的同胞，或出賣婦女的藏身之地。
在日本人的脅迫下，一些中國人願意證明搶劫、搶劫和焚燒是中國人而非日本人所為。
金陵女子文理學院的一些難民婦女不肯待在屋子裏，愚蠢地走到大門附近閑逛招搖，以致惹來日本兵的騷擾。
補遺
在南京淪陷前後的那段非常時間裏，人們看到國府、國軍、日軍、日本當局、日本外交官、偽政權官員、列強外交官、洋傳教士、洋商、洋醫生護士以及形形色色的中國百姓的種種表現，不過似乎沒有看到“中流砥柱”的絲毫蹤影，他們好像並不存在（也許他們中的一些人在暗中或遠處“偷著樂”。一九三九年以後開始有新四軍在鄉村地區活動的傳說）。日本人倒是很熱衷反共，他們經常喜歡把蔣介石和共產黨（蘇俄和共產主義）扯在一起。
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