表麵上，這種時常為外部差距的內在紛爭，似乎是民主製度的表現。但實質依然是體係落後且不同人私心爆棚的結果。北洋當局的無助與短命，在很大程度上就有府院之爭所體現的永久裂痕。
為了能限製這位新任大總統權力，革命黨在下野前搬出了《中華民國臨時約法》，並將其定為第一部憲法。根據裏麵的規定，新政府在表麵上以大總統為首，卻另有國務總理這個職位。其職權包括內閣成員的提名權。凡是大總統提出的法案和命令，均需得到他的簽署才能得以實行。此外，國務總理還可以直接幹涉各部總長下達的命令。一旦認為其有礙國政，就可以先行中止，再交給國務會議討論。
孫中山的這個決策，無疑是要限製處於巔峰期的袁世凱。但從法律角度來說，這種不倫不類的做法實際上是破壞力巨大。因為民國的憲法章程本來就以美國為模板，其原始框架因以總統為最高權力決策者。雖有議會等方麵的嚴格限製，但絕不會豎立兩個完全對立的中心。隻是局勢的變化無常，又讓其內容塞入了歐洲式的政治體係。國務總理近乎第二個總統，卻無法獲得其泰西原版所享有的更高法律地位。結果當然是政府內部兩座山頭，缺乏行之有效的第三方協調人，並直接進發對立和撕鬥。
其次，和很多參照模板不同，中華民國並不具備實行現代議會政治的基礎。那些被選入國會的議員，雖然號稱是社會賢達與政治幹才，其實和地方的普通民眾沒有什麽交集。地方各省的實際權力也都掌握在軍頭手中。諳熟《三國演義》的他們，又深知挾天子以令諸侯的道理。一旦奪取中央政府的控製權，就會推舉一個德高望著的長者擔任大總統，而實際權力隱持在擔任國務總理的派係大佬自己手裏。因此，如果總統府和國務院發生爭執，就會導致體係的運作癱瘓。
當時，按約法由副總統黎元洪接任大總統職位。這時推舉出的國務總理，則是當時國內實力最強大的皖係軍閥領袖段祺瑞。其一貫為人剛毅專橫，隻關係皖係的自身利益，很快就和大總統產生了尖銳矛盾。段祺瑞又經常自命為北洋正統，是袁世凱的嫡係繼承人，看不起被眾人合力抬上桌麵的元勳總統。
不久，徐樹錚又和內務總長發生矛盾，段祺瑞便下令將後者解職。但更替內閣官員的命令需大總統蓋印才能夠生效，黎元洪便抓住這個機會進行報複。他遲遲不給解職令蓋印，引發段祺瑞的反彈。最後還是元老徐世昌親自出麵調解，讓內務總長和徐樹錚一起辭職，總算做到了府院雙方各讓一步。
其實，段祺瑞的真實目的爭奪盟友貸款，讓自己的皖係軍閥就獲得諸多好處。然後再用貸款買來的武器擴軍，從而形成對其他勢力的絕對優勢。因此，所謂的參戰軍根本沒有涉足歐洲，連次級的亞洲戰場都沒有參與。但卻有大量的民夫苦力被派去做工，白白為自己的個人野心而拋灑青春。
既然總統府與國務院反複扯皮，國會裏的議員也就分成總統派和總理派，每日都為宣戰問題進行漫長論戰。武夫出身的段祺瑞自然非常惱火，甚至出動軍隊包圍議會。甚至發展到毆打和恐嚇議員，試圖讓對德宣戰案強行在過關。為了對國會施加壓力，他還親自帶著全體閣僚去敦請大總統蓋印，試圖先造成宣戰的事實。黎元洪卻施展拖延戰術，總是找借口讓後者的願望無法達成
為了繼續給國會和總統府製造壓力，段祺瑞將各省的督軍請到北京召開督軍團會議，讓軍閥們來脅迫手無縛雞之力的議員。這些人的強勢介入，又讓議會長矛更加混亂。多名內閣成員都反感這種粗暴操作，主動提出辭職。內閣也因突然缺人，提出暫緩審議宣戰案。
就在雙方相持不下的時候，一貫擁有良好聲望的張勳突然登場。許多人希望他能北上進行調解，讓堅持不剪辮子的前朝遺老也看到了希望。他聲稱自己若想進京調解，黎元洪就必須先解散國會。等到大總統被迫就範，張勳的鞭子軍就是反手廢除了中華民國政府，宣布擁護前清的溥儀恢複帝位。著名的張勳複辟事件，就因北洋派係的內部扯皮而直接釀成。
但作為直係軍閥的大佬，馮國璋與段祺瑞也是天然不和。後者當時自以為有大功於民國，又借到大批參貸款，想趁兵強馬壯的機會用武力消滅其他勢力。馮國璋卻則力主以和平手段進行統一，保留各地軍閥的實力以牽製強大的皖係軍閥。恰逢護法戰爭爆發，段祺瑞以中央政府的名義讓軍隊到南方作戰，直係的人馬就公然拒絕。新任大總統趁機逼段祺瑞下台，造成第二輪府院危機。
按這位不敗的國務總理構想，他和馮國璋雙雙退出職務角逐。改由老將徐世昌出馬擔任大總統，為持續數年的府院之爭最終畫上了句號。
任何自有主張的大總統，都難免陷入和軍閥派係主導的國務總理之間的紛爭。如果是像黎元洪這樣沒有後台的空頭總統，府院之爭或許隻會造成政治混亂。一旦總統職位由其他軍閥領袖擔任，府院之爭就有可能演變成真正戰爭。
