1929年1月,井崗山因遭湘軍圍困而缺糧,朱毛二人乃率主力轉往贛南[3],由於此時中國共產黨第六次全國代表大會通過《蘇維埃政權的組織問題決議案》中要求,“暴動前可以同他們(土匪)聯盟,暴動後則應解除其武裝並消滅其領袖”,導致井岡山當地大部分共產黨領導開始猜忌袁文才和王佐。為免衝突,毛澤東任命袁文才任紅四軍參謀長,隨軍出征。同年5月,袁文才在看到該文件後憤而出走,獨自返回井岡山,任中共寧岡縣委常務委員。
紅四軍離開井岡山後,政府軍對當地的進剿也逐漸停止,此時當地土籍和客籍兩族矛盾開始激化,袁作為客籍一員掌握當地武裝力量,槍殺了土籍的寧岡縣工農兵政府主席文庚宗,導致兩族矛盾不可調和。10月,土籍控製的中共湘贛邊區特委槍殺了與袁、王交好的特委組織部長宛希先,並向上級報告袁、王二人可能叛變。1930年,在中央特派員彭清泉主持下,邊區特委決定清除袁、王二人。
逝世
1930年2月21日,袁、王抓住五縣團總羅克紹不殺,作為綁票要羅交出兵工廠,被湘贛特委書記朱昌楷認為是通敵,2月24日,袁、王二人及其所部在永新縣遭到湘贛特委指揮的部隊與彭德懷紅五軍第四縱隊伏擊,邊界特委書記朱昌楷親手槍殺了袁文才。同時殺掉了袁、王部“排長以上幹部40餘人,至於部下有1/3的人編入了紅五軍,其餘的人則遣送回家”。