陳獨秀出獄後，麵臨著人生的選擇，不經意之間卻邁上了邊緣化的道路，漸漸失去了光芒。也許是造化弄人，也許是價值觀和性格使然，甚至是因為歲月不饒人——他出獄之時已經58歲了。
陳獨秀曾有意去延安回到黨內工作，中共領導人也提出了有條件回去的方式。陳獨秀雖然挺高興，並就三個條件一一作出了答複。但他是個倔脾氣，說：“回黨固我所願，惟書麵檢討，礙難從命。”從而錯過了回歸的最佳時間。1937年11月，共產國際代表王明和康生從蘇聯回國，稱不跟托派陳獨秀合作，甚至還給他扣上了“漢奸”的帽子，徹底堵死陳回黨之路。
1937年8月，蔣介石派教育部長朱家驊找陳獨秀談話，承諾由政府資助2萬元，5個國民參政會席位，讓陳獨秀自己獨立組織一個黨派，並作為獨立黨派代表，擔任國民黨政府勞動部長。陳獨秀一口拒絕，說：“他（蔣介石）叫我當部長是假，叫我點綴門麵是真。他殺了我們多少同誌，包括我的兩個兒子，又把我關了這麽多年，這不是異想天開嗎？”
陳獨秀日子雖然過得艱苦，但也不輕易受人接濟。對那些因仰慕而來而素無交往者，他一概拒絕。他的學生、任國民黨少將的楊鵬升知道他的脾氣，隻好另想辦法資助，經常寫信向陳索取字條、字聯、碑文、金石篆刻，甚至要為其父寫墓誌銘，付給他資費；或者幹脆以“無記名”方式給他寄錢。
據台灣中研院近代史研究所檔案館朱家驊檔案記載，國民政府得知陳獨秀的囧境，曾以朱家驊的名義三次讓張國燾贈給陳醫藥費14000元，第一次為1000元，第二次為5000元，第三次是蔣介石直接批準的，為8000元。但據陳長璞回憶，都被陳獨秀一一退回。
陳獨秀病逝後，消息絕少見於報端。《大公報》論道：“如此一代人傑之死，此時此地，實有不勝寂寞之感。”
靜塵在《我所知道的陳獨秀》一文中寫道：“假使陳獨秀在十年或二十年前，噩耗傳來，無疑將引起全中國或者全世界的大衝動；可是這個時候，他的死不過像一片小小的瓦片投到大水裏，隻在水麵上略略掀起幾圈微波。死非其時，這情景對於一位怪傑的隕落真是最淒慘不過的。”
王森然說，跟他一起致力於新文化運動的人，或居黨國顯要，或受社會崇拜，“嗚呼先生！滿腔熱血，灑向空林，一生有毅力，無用武之地，吾不反為先生惜，吾驚為民族哭矣”。
陳銘樞挽曰：“謗積如山，誌吞江海，下開百劫，世負斯人！”
陳獨秀先生千古！
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