柯在世及去世之時的評價都不錯,文革以後的評價發生了變化。其中有陳丕顯及子小津的因素,把上海市委領導對發表姚文元文章的責任推卸給柯,其中提到柯如何表現左等等。後來有鄧誌偉金平等對此提出反駁。
60年代初恢複六個中央局,代表中央分別加強對各省、市、自治區黨委的領導。其中,陶鑄擔任中南局第一書記、宋任窮擔任東北局第一書記、李井泉擔任西南局第一書記、劉瀾濤擔任西北局第一書記、李雪峰擔任華北局第一書記、柯慶施擔任華東局第一書記。相比較而言,柯沒有那麽左,還算穩重。
柯對手下的負責幹部嚴厲,批評不留情麵,讓人受不了,也得罪不少人,對一般幹部還好。舉個例子,南京五十年代初新建個文化館,工期一半要追加經費,應該屬於經驗不足。柯在大會上點名批評,,這是釣魚工程呀。完工以後,把三個負責人署名的檢查掛在文化宮入口處,其中有賴少奇。直到五四年柯調去上海,檢查書才拿掉。柯對文字工作相當重視,重要的報告及與政府相關的新聞報道都過問審看,參與修改。