周恩來有一次在接見沈醉時，特地對他說：軍統和中統等特務機關搞的那套把戲，他知道不少，不過不能串聯起來，有些關鍵問題還不十分清楚，所以希望沈醉把這些內幕如實地寫出來。臨別，周恩來握著沈醉的手還吩咐了一句：“我等著看你的東西”（《軍統內幕》前言）。
周恩來是中共特科和隱蔽戰線的創始人，建立了一整套完整、嚴密的中共隱蔽戰線組織係統和保密製度，連軍統、中統都曾仿效過。周恩來說“知道不少”，但“還不十分清楚”，這“不十分清楚”的“內幕”，指的就是軍統自己一套隱秘的保密製度。
橫向不聯係
沈醉18歲即參加軍統，從行動員幹起，28歲成為軍統局少將總務處長，他雖不是軍統草創時期的“十人團”成員，但也是資曆甚深的老人。從他出版的《軍統內幕》等有關軍統的書籍看，他也並沒有係統、完整地敘述有關軍統內部的保密製度。因為軍統有一個極嚴厲的規定，即各部門之間尤其是行動部門之間不許有橫向的關係，相互之間不能夠串聯。這樣做的好處是，一個組被發現，無礙其他部門，缺點是沒有互相通氣，行動單位往往撞車或誤會。軍統曾發生過行動組間互以為中共地下組織，相互打入後，卻發現是自己人的鬧劇。
都有化名
在軍統內部為了自我保護，從局領導到一般行動特務，都有化名，尤其往來發電報，也署化名。戴笠經常更換化名，據台灣出版的《戴笠先生與抗戰史料匯編》披露，戴笠的化名有27個之多，鄭介民、毛人鳳則固定使用“傑夫”“以炎”的化名，唐縱則使用他的別號“乃健”。下手令、批閱公文、對外行文都使用化名。
軍統局的機關甚至有些公開單位也並不掛牌，對外稱呼各種公館等，給人的印象根本不是特務機關。除領導人外，一般行動特務也必須使用化名。至於蔣介石，軍統內部文件、電文、檔案、命令中從不會提到他的名字，隻能見到“奉諭速辦”“奉口諭”等字樣。蔣介石給軍統下達的暗殺任務等，從軍統檔案中完全見不到軍統的重大行動到底是奉誰的“諭”，軍統報送蔣介石的情報稱“報甲”（報送戴笠稱“報戊”），可見其隱蔽性。
軍統的人寫工作日誌、日記都會自覺保密。如沈醉在日記中凡提到戴笠，皆用“老板”“餘先生”代稱。在重大暗殺行動的高層會談甚至文字中，對被害人的名字從不提及。如蔣介石幾次召見沈醉，密謀重傷宋慶齡，行動細節都會談，但據沈醉回憶，蔣介石沒有一次提到宋慶齡的名字，可見蔣介石不授人以柄的隱秘行徑；在蔣介石召見毛人鳳，交辦暗殺李宗仁之事時，也隻字未提李宗仁的名字。軍統各種電文、文件等行文，有自己慣用的行文語言，頗具隱蔽性和特殊性。
戴笠和軍統十大女特工合影（其中包括中共特務張露萍）
電報分級，頻繁更換密碼
電報本身也分級，最高密級是戴笠親譯。如他與胡宗南、湯恩伯等人之間的電報往來皆用單編密碼本。即便是最高密級，也署化名。不僅按期更換密碼，有些密碼隻用幾次就更換。一個省站就有好幾套密碼，密本翻譯方法也經常變更。單位化名每隔不久就會重新更換一次，由局本部列表通知外勤各省站。這些密碼保密措施都是針對中共的，唯恐被中共破譯。
獨特的行文習慣
沈醉在雲南任保密局專員，領導雲南站工作。新中國成立前夕，雲南省主席龍雲決定起義，事先將沈醉等國民黨駐雲南軍、警、憲、特首腦人物以開會為名軟禁，並代沈醉擬了一份對雲南軍統組織的通電，要求所有軍統特務自首報到，交出武器、電台。但沈醉看過後，發現通電文字與軍統行文習慣不同，軍統特務們看了馬上就會知道並非沈醉所寫，很可能產生事與願違的後果。當然後來沈醉列名起義，將通電按軍統筆法重寫。由此可見，軍統的保密措施連行文習慣也與國民黨軍政機關不同，若有人代寫、冒充就會被識破。軍統局曾大量招收浙江江山籍（戴笠老家）特工、譯電員等，因為江山話即使是浙江人也十有八九聽不懂，這是一個天然的保密屏障。
“六不準”紀律
軍統為保密起見，還製定了嚴格的紀律如“六不準”等。其一是不準擅自脫離組織，請長假亦不許可。因為軍統規定，凡入軍統則為終身職業。其二是不準自由向外活動，軍統人員未經批準不得與中統等外單位交往，私自往來要受紀律處罰直至以泄密罪論處。其三是不準外宿。軍統機關為防止泄密，嚴格規定每周隻能有一天回家外宿，違者嚴懲。其出發點都是為維護軍統的隱蔽性。
在特務處時期，戴笠製定《組織紀律條令》，規定不準會客、泄露辦公地址，通信需要轉交，電話保密，家屬不準使用機關電話等，其後一直沿用，並不斷完善。1939年戴笠還撰寫《政治偵探》一書，專有“政治偵探之‘鐵的紀律’”一章，書後還附有“政治偵探法草案”一章，再三強調“機密”為特工工作最重要的特點，也成為軍統保密製度的宗旨。
軍統唯恐外界知道它的隱秘，戒備十分森嚴。一旦涉足，後果非常嚴重。抗戰勝利後，有4個學生放假到重慶歌樂山遊玩，結果誤入軍統中美合作所禁區，馬上被逮捕。盡管後來查明4人並非中共人員，但唯恐放出去泄露軍統禁區秘密，一直秘密關押在軍統局監獄，新中國成立前大屠殺時被毛人鳳下令屠殺。可見軍統為了保密，不惜草菅人命。
內部監視製度
為了嚴格執行軍統局的保密規定，它還製定更為絕密、範圍更小的秘密規定，如內部監視製度。軍統局本身設有督察部門，負責公開監視軍統人員和執行紀律。戴笠還單線設立監視網，如副手監視一把手，秘書、內勤監視副手，報務員監視所有主管等。甚至軍統人員夫妻之間也負有監視對方的責任。軍統有嚴酷的“家法”，凡違反製度、違反紀律者，會馬上拘捕，經軍統局司法科審訊，判刑後送到軍統局監獄（軍統人員判刑入獄後也負有任務，監視同監牢的中共黨員），被判槍決的軍統特務由軍統執法隊執行。正因為軍統內部製度之嚴，很多軍統特務時時膽戰心驚。張蔚林在軍統電訊總台潛伏，因燒壞電台發報用電子管被關禁閉，驚慌中跑出單位找葉劍英請示如何辦（這其實嚴重違反了地下工作的紀律）。葉劍英分析：這是事故，至多紀律處罰，讓他回去。但等他回到機關，軍統局已發現他逃跑，故而搜查他的宿舍，發現了線索。張蔚林被捕，繼而牽連整個潛伏小組被破獲。這個事例一則說明軍統保密製度很嚴格，二則說明張蔚林沒有經驗。如果張蔚林不跑出去請示，主動申報，至多數月半年軍統內部服刑，不會暴露自己及全組同誌。
真實的女特務照片，和電視劇裏的形象相去甚遠
