郭汝瑰雖為中共在內戰中的勝利做出巨大貢獻，但是中國人民解放軍在1955年實行軍銜製時未授予其軍銜，他為中共所做出的貢獻不為人知。郭汝瑰恢複中共黨籍的要求也被拒絕。
1950年6月，第二十二兵團被整編，郭汝瑰調任川南行署委員兼交通廳廳長。1951年1月，調解放軍南京軍事學院（院長劉伯承），任合同戰術教員。並任軍事史料研究處副處長、研究員。1957年，南京軍事學院一位投降留用軍官“坦白”自己是“國民黨特務”，郭汝瑰則是國民黨潛伏特務組長；郭汝瑰隨即被逮捕，後因董必武等人出麵而被“平反”[15]。郭汝瑰在反右鬥爭中由南京軍事學院定為右派，但隨即被中央軍委以“情節輕微，不作右派處理”。文革時也被批鬥。1970年南京軍事學院撤銷編製，郭汝瑰回到重慶巴縣及重慶北碚定居[18]。
1979年4月中共中央組織部讓他“重新入黨”[。郭汝瑰在1988年中國人民解放軍重新實行軍銜製時已退出現役，未重新授予軍銜，擔任過黃埔軍校同學會副會長，是全國政協第四，五，六，七屆委員，1985年明確“享受副兵團級待遇”。郭汝瑰1997年10月23日死於北京
