第二次世界大戰日本投降時,在內蒙古(當時的蒙疆聯合自治政府)擔任駐紮於此的駐蒙軍之司令。在日本投降後,從蘇聯軍隊的猛攻下,依然頑強抵抗,保護了四萬名滯留在內蒙古張家口附近的日本國民。
復員後,於1949年秘密渡航至臺灣,擔任湯恩伯私人顧問,在金門、廈門協助指揮金門戰役,最終國軍順利擊退中華人民共和國的中國人民解放軍
金門大捷後,根本博參與國軍教育訓練的活動[14]。1952年根本博離台前夕,蔣中正為了表達感謝,特地將自己珍藏的一對特製花瓶拆開,將其中一支贈送給根本博。花瓶原先一共有六支(三對),是蔣中正在一九四七年時,特地請江西景德鎮名家燒製,其中一對送給英國伊莉莎白女王做為結婚賀禮,另一對送給日本昭和天皇,蔣自己留了一對。