鹹豐四年（1854年），曾國藩收複武昌。鹹豐聞訊大喜，對群臣說：“不意曾國藩一書生，乃建此奇功。”大筆一揮，即令曾國藩署理湖北巡撫。後滿人文慶執掌軍機處，頻頻向鹹豐帝單獨進言“國藩負聲望，能殺賊，終當建非常之功，時時左右之”。文氏歿後，肅順秉政，繼承了其重用漢臣的思路，曾國藩的春天來了。肅對於曾，可謂處處庇護。
鹹豐十年（1860年），肅力挺曾氏出任兩江總督。之後，曾在安徽作戰失利，朝廷非議四起，肅在廟堂上厲聲道：“勝敗兵家之常，臨陣易帥，兵法大忌，不如使之戴罪立功可也。”這才有了曾日後克複安慶的奇勳。可見，肅順已將曾國藩引為自己的心腹，曾也視肅為後台，而眾人則把曾國藩看成“肅黨”的骨幹。
農曆十一月十四日，宮中發生變故。曾國藩接到一份公文，獲悉兩宮垂簾與恭王議政，而肅順等顧命八大臣殺頭的殺頭，革職的革職。而就在同時，朝廷莫名施恩，諭令曾國藩節製江皖贛浙四省軍務，本已摸不著頭腦的曾氏徹底一頭霧水了。
情急之下，曾上折請求朝廷於金陵收複前勿再加恩。他還違背一向的做人原則，私下致函任職京師的老友吳廷棟，打探風聲。然以上動作，都難以平複自己的憂慮。自古朝廷誅殺功臣，往往采取欲抑先揚之術，每想及此，曾便“用心太過”、“睡不成寐”。終於，曾再也無法抑製這種恐懼，於是在寫給九弟曾國荃的家書中噴湧而出：吾通閱古今人物，似此名位權勢，能保全善終者極少……日中則昃，月盈在虧，吾家亦盈時矣……
建功容易，保全不易，且行且珍惜！既然命運不在自己手中，曾國藩唯有日日如履薄冰，夜夜坐等天明……
此刻的中央卻是一番眾人欣喜若狂、彈冠相慶之景象。
剪除肅順的第二天，清廷就迫不及待地公布了新一屆軍機處領導班子成員名單：領班大臣恭親王奕訢、戶部左侍郎文祥、大學士桂良、戶部右侍郎寶鋆、鴻臚寺少卿曹毓英及戶部尚書沈兆霖。這套陣容，四名滿員，兩名漢員，折射出兩個新的動向。
第一，這是赤裸裸恭王嫡係的“嘉年華”。文祥向來是奕訢之股肱，英法聯軍侵華期間，文祥協助恭王議和。政變之後，文氏依然效力讚恭王，任勞任怨。桂良是奕訢的嶽父，姑爺發達，老丈人自當盡力維護。寶鋆亦是恭王親信。曹毓英無須多言，在政變中居功至偉，此次入圍，毫無意外。而排位末尾的沈兆霖，曾是恭王五哥奕訢的老師，堪為恭王的鐵哥們。
第二，兩位漢族軍機，都是南方人，可謂對前肅順領導班子的徹底反撥。肅順當權時，軍機處有匡源、杜翰、焦佑瀛三位漢人，籍貫分別是山東膠州、山東濱州及天津靜海，北方漢臣儼然與滿臣平分秋色。恭王上台後進入班子的曹、沈二人，一位出自江蘇江陰，一位籍貫浙江錢塘。要知道若論資曆，朝廷尚有賈楨與周祖培二位老臣，可惜他倆一個是山東人，一個是河南人，自然難入恭王法眼。所以，奕訢引薦曹、沈二人，當有意與之前的肅順集團立異，釋放出強烈的重用南方士人之訊息。
套用曾國藩的說法，主政初期，恭王已呈盈滿之勢。兩宮先是打破祖製，封其為議政王。同一天，又任命其出任軍機大臣和宗人府宗令。次日，他又將管宗人府銀庫、總管內務府大臣等職盡數收入囊中。時隔一周，兩宮又以幼帝名義，賜給奕訢世襲罔替“親王”爵位，這亦是違背常例之舉。不到十天，之前尚需仰肅順之鼻息的恭王，已是大權在手，一人之上，萬人之下，這一年他才28歲。
雖已拿下政權，但畢竟是通過非正常的政變途徑，叔嫂深感自身的統治合法性尚不穩固。如何擺脫“肅順的陰影”，讓人們淡忘那段灰色往事，便成為叔嫂三人亟需解決的頭等大事。
名不正則言不順，兩宮先從變更年號入手。之前肅順等人定年號為“祺祥”，兩宮認為該字樣意義重複，命軍機處改擬“同治”二字，隱喻清初順治時，孝莊文皇後與攝政王多爾袞共治天下。
說穿了，改年號僅是表麵功夫。叔嫂真正想要的效果，則是努力通過建構一種“同治中興”的氣象與格局，來讓世人忘卻不堪的以往。而達到這種目的最好的手段就是改革。要改革，就需設立相應的機構把握全局，統籌兼顧。於是總理各國事務衙門應運而生。同治元年（1862年）三月，總理衙門正式設立，權勢煊赫的恭親王走馬上任，昔日的草台班子也一躍成為無所不能的超級機構。
自雍正皇帝始，大清舉國最大的機構莫過於軍機處。而奕訢便依葫蘆畫瓢，仿照軍機處模式來設計總理衙門的整體架構。總理衙門的一切設置，皆與軍機處相似，甚或重合。隨著中外交涉的增多，自強改革運動的開展，加之恭王個人政治強勢的滲透，它就成了無事不管、無所不能的超級部門。清廷傳統的職能部門乃吏、戶、禮、兵、刑、工六部。但總理衙門設立後，其職能就漸被侵越。原有政府職能所不能覆蓋的新領域，也皆被總理衙門把持。
從事務上看，總理衙門成為淩駕於六部之上的超級部門；從功能上看，總理衙門不是軍機處，也不是六部，但卻兼兩大機構職能而有之，實為具體而微的“政府內閣”；故從職務上看，恭王類似於政府首腦的角色。也正是此航空母艦般的超級機構運用其龐大權力資源，強推近代第一波改革潮流，追求自強求富的洋務運動方得以推廣開來。
不過，改革自然要觸動甚至突破以往的利益格局，複雜詭異的博弈才剛剛開始。
改革才是硬道理，但改革非“同治中興”之全部，意識形態領域的重建，亦是題中必有之義。27歲的西太後慈禧對此尤為看重。
鹹同之交，許多官紳士人反思社會政治危機之根源，大都歸結於學術文化問題。在其眼中，於乾嘉盛極一時的漢學，名實而實空，其學於人事無益，於國事無補，甚至有人指斥“天下不亂於粵匪，而亂於漢學”。於是眾人呼籲中央加強主流意識形態建設，即崇尚理學。
崇尚“正學”，就要大量任用和培養專門為清廷進行思想理論建設的禦用理論家隊伍。兩宮遂於同治元年（1862年）三月命宿儒倭仁任帝師，擢另一位大儒吳廷棟執掌大理寺卿。
到了六、七兩月，軍機處出現不小的人事變故，先是桂良病逝，接著沈兆霖在西北遇山洪殉職。領導班子頓時空出兩缺。經過慈禧的暗中授意，滿人軍機不再補入，而令時任左都禦史兼戶部尚書的名儒李棠階進入。李擢升軍機處，可謂意味深遠。其一，他籍貫河南河內，此番入樞，使得南士與北士在軍機處的勢力趨於平衡，從而奠定了此後二十餘載樞垣中一南一北的格局。其二，李之入圍，使得彼時理論派或立場偏於保守的力量與以恭王為首的改革派大致形成均勢。此外，諸如翁同龢、李鴻藻、徐桐等理論新銳亦在政界嶄露頭角，構成了第二梯隊。不到一年，改革派已失去了絕對優勢。其三，造成這一隱然對峙態勢的幕後推手，恐怕當屬慈禧。叔嫂共治模式本就是臨時狀態，極不穩固，發展下去要麽太後搞掉王爺，要麽王爺架空太後。慈禧權力欲強且工於心計，自然不甘任憑奕訢坐大成勢。但礙於垂簾成例，慈禧隻得借力打力，曲線布局，依靠其便於接近的理論家和帝師勢力，形成自己的太後集團。
同治元年，堪稱晚清之改革元年。地方大吏尚在觀望，改革力量處於優勢，而反對勢力亦暗自蓄力。隻可惜，奕訢卻渾然不覺！
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