1957年2月27日,毛澤東在最高國務會議上作了題為《關於正確處理人民內部矛盾》的報告,《人民日報》由於未接指示,故沒有宣傳,更沒有發表社論。同樣,在雙百方針開始後,《人民日報》依然沒有動靜,讓毛澤東很不滿意[6]。自4月10日後毛澤東多次批評鄧拓和人民日報編輯,指斥鄧拓為“書生辦報、死人辦報”[4][7]。鄧拓感到自己處境十分難堪,請求辭職。毛澤東說,“你隻知道養尊處優,不能占著茅坑不拉屎。”6月13日,鄧拓被撤銷總編職務,隻保留社長名義,總編由吳冷西繼任。
鄧拓在《燕山夜話》當中對毛澤東的大躍進政策進行了尖銳的評判,在《愛護勞動力的學說》一篇當中借古諷今對強迫使用農業勞動力和大規模無計劃的工程建設提出抗議,他寫道「早在春秋戰國及其前後時期,許多古代的大政治家已經知道愛護勞動者的重要意義……《禮記·王製》寫道:“用民之力,歲不過三日”……我們應當從古人的經驗中得到新的啟發,更加注意在各方麵努力愛護勞動力。」[8]
《燕山夜話》的另一篇則迂回地為當時被打倒的彭德懷而辯護,試圖為彭爭取公正的待遇。《為李三才辯護》當中描述了高級官員李三才,他因為在朝廷上勇敢揭發宦官的罪惡而被罷官,李一再上書要求皇帝親自審問,但被拒絕,這個情節恰巧影射了毛澤東拒絕彭德懷後來寫的八萬字自辯書。
鄧拓以古代直言進諫的學者自詡,稱讚的“雜家”(具有非正統觀點的知識分子)對國家工作的重要意義,並且屢次舉明末的東林黨人積極參政的範例,鄧拓寫過若幹首詩來稱許東林黨人“莫謂書生空議論,頭顱擲處血斑斑”“力抗權奸誌不移,東林一代好男兒”[9]。
自1966年5月8日《解放軍報》發表署名“高炬”的文章《向反黨反社會主義的黑線開火》點明鄧拓“為資產階級複辟鳴鑼開道”後[10],5月10日、5月14日、5月16日先後發表了姚文元、戚本禹等針對鄧拓的批判文章,
5月17日夜,鄧拓在給彭真、劉仁寫信時,用不少篇幅分析自己寫《燕山夜話》和《三家村劄記》時的背景和不足,竭力表白自己並非“反黨反社會主義反毛澤東思想”[13]。
1966年5月18日留下絕筆後在北京家裏服藥自盡