小顏Nature2012設計思想

來源: 2019-08-15 18:58:32 [] [博客] [舊帖] [給我悄悄話] 本文已被閱讀: 次 (5232 bytes)

上次Nekono_88 把假三腳貓拉出來示眾把俺這真三腳貓嚇了一跳。不過到從此學到了“設計思想”這一新概念並留意起來。讀文獻不再隻忙於抓細節,而是自己問自己作者的設計思想看明白了嘛。這一來還真管用,覺得一下子把顏寧Natur2012的設計思想看出來了。這設計思想絕大多數情況下是隻可意會不可言傳的。讀文章細細體會,怎麽好隨便談別人的設計思想呢。顏寧的Nature 2012比較特殊。經老閻中英文齊頭並進非洲大草原故事與Nature 全方位質疑,就有了一個揮之不去的說法,那就是小顏在Nature2012中本也可以提出個糖轉運工作模型,但因為老閻的恩師Dr. Maloney 尚在世,小顏不敢提,特意等到2014才拿出個工作模型。這事是真是假理應盡可能的探索一下。 從Nature2012的設計思想俺得出一個明確的結論即Nature2012沒有可能涉及工作模型構象循環。在這點上應該說句公道話。

Nature2012有下列幾節:

1 前言

2. Structure of D-xylose-bound XylE

3. Coordination of D-xylose

4. Specificity of substrate recognition by XylE

5. Coordination of D-glucose by XylE

6. XylE-based structure model of GLUT1

7. Functional significance of the SP signature motifs

顏寧設計思想之一: 集中力量打殲滅戰

Nature2012報道的是細菌木糖轉運蛋白三個與不同底物結合的結構。蛋白本身都處於同一個構象(即Outward-facing, partly occluded), 所以就構象轉換而言沒有什麽說的。與三個不同底物結合使作者處於有利位置去深入研究底物識別與結合的特異性是由那些氨基酸殘基決定的。所以第3,第4和第5節都是關於底物/糖識別特異性做了多方位深入細致的趼究。這就是充分利用優勢力量打殲滅戰。

顏寧設計思想之二: 深入發掘新事物

第7節關於細胞內側Intracelluar Helix Domain ( 即ICH domain, 內門閂)作者做了深入的結構和生化功能性實驗測定。比如通過13個位點的點突變加上功能性糖轉運測定作者指出XylE中這一區域與質子聯接的主動轉運有關("may be involved in proton-coupled active transport"  ) (見Nature2012圖5)。

顏寧設計思想之三: 買一送一

XylE 的結構雖然是個很有意義的成果,但考慮到至2012己有5個來自細菌的MFS大家族的結構發表了,XylE 能否發表在Nature上並不是自動板上釘釘的。 除了上麵己講到的二條設計思想外,為了打動編輯審稿,顏寧設計思想的第三條是買一送一。第6節基於XylE 結構通過計算機模擬做了人GLUT1 的三維結構。這樣的工作一般可以單獨發表在更專門的雜誌上。把這一份工作放進來本身意義並不十分顯著,但放進來也沒錯。作者在結構分析基礎上做了5個點突變加糖轉運功能性測定從而對已知人遺傳病所涉及到的GLUT1 Arg126 和Arg333的重要性有所認識 (Nature2012圖4d)。編輯說好呀。現在常有人一個棒子掰二半,一稿多投追求論文數。小顏這次來了個買一送一,精神可佳,全部工作加起來份量可觀應該予以發表。

顏寧設計思想之四:沒有地方別多扯

因為加了計算機模擬人GLUT1 三維結構,最多5大頁的地方全部用完了。所以Nature2012把Discussion全省去了。簡單以下麵一小段結尾:"Here we have reported three related crystal structured of XylE, a bacterial homologue of the human protein GLU1-4, in complex with D-xylose, D-glucose and 6-BrGlc.  The structural information, together with the biochemical inspections, provides a valuable framework for further deciphering the functional mechanisms of the physiological ly important glucose transporters GLUT1-4 and other members of the SP ( 注:糖轉運蛋白) family"

綜上所述磚家鑒定結果Nature2012是篇實實在在的好文章。作者在該文中既無相關內容也無任何空閑地方去扯出個工作模型/構象轉換圖。Nature2012與Dr. Maloney沒有絲毫關係。  在這點上沒有”貓膩"。

附注:第3,第4,第5,第6和第7節都在結構分析的基礎上做了點突變及二種糖轉運生化實驗測定。




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