1. 你的問題沒有看明白，所以無法回答。不過複雜與否，看和什麽對比，原子結構簡單還是複雜？你能說原子結構簡單嗎？
2. 所謂智能設計提出的irreducible complexity是早就被回答了的問題，以大家反複討論的眼睛問題，當然存在眼睛由簡單的隻能感知光線強弱的簡單細胞到能捕捉細微輪廓，顏色的複雜組織的眼睛的變化，所以眼睛這種複雜的器官當然是可以從簡單到複雜的演化的。
達爾文是沒有獲得任何科學學科的學位，但他是當時英國流行的紳士科學家。他父親的財富足夠他不用從事任何掙錢的職業，專心從事科學研究。如果你考察達爾文早年的求學經曆，可以看到他學習了大量的地質和生物學知識，而且熱衷發掘化石和采集動植物標本，並且是科學社團的積極分子。達爾文最早成名並不是因為進化論，而是他從貝格爾號環球航行回來後發表的關於地質，生物，人類學的科學報告，使他成為當時著名的博物學家之一，而《物種起源》提出的生物演化的思想，不過是這次考察和他長期思考的結果之一。看一個人是民科還是真正的科學家，不是看他是否有學位，而是看他的成果是否獲得科學共同體的承認，是否遵從科學原則。曆史上有太多的科學家是靠自我學習，而反麵也有獲得各種學位的人搞偽科學。
達爾文的自然選擇學說，並不是迷信，而是貨真價實的科學理論，因為其可證偽，而智創論是迷信，因為其不可證偽。當有人說進化論也是不可證偽時，一個著名的古生物學家回答：發現一個5億年前的兔子化石就足以粉碎進化論。而所謂的500個科學家的公開信更是個笑話。愛因斯坦曾經說過，不需要那麽多人，隻要有一個人能證明相對論錯了就夠了。
3. 眾所周知牛頓是信仰上帝的，不過他認為三位一體說是BS。我們不能苛求當時的生活在基督教占絕對統治時代的人去放棄宗教信仰，但牛頓力學和微積分是催生出科學無神論的主要因素。牛頓本人的科學研究，並不靠上帝幫忙。如果你看到牛頓的論證是因為上帝如此，所以地球引力如彼，那麽牛頓就變成牛逼了。在牛頓時代，信宗教的科學家的比例遠比當時社會總的新教比例低，同樣今天，有人統計，美國傑出科學家中無神論者占70%以上，而美國公眾無神論比例者的比例可能遠低於30%。即使碩果僅存的基督徒科學家柯林斯，麵對進化論，也不敢搭上自己的學術聲譽而斷然否定。按我的師姐在美一方的話：科學家信仰宗教，是對科學和宗教的雙重背叛。
科學和宗教是否相互促進，個人看法可能處於不同的角度。但在我看來，在進化論，在幹細胞這些方麵，宗教是在阻礙科學的發展。我不知道一個靠迷信，靠有組織的洗腦的組織和思想體係，如何能促進一個靠事實，邏輯，開放的思想體係的發展？倒是科學一步步逼迫著宗教不斷收縮自己的領域，讓步於科學，但還時不時地企圖借助科學還魂。
