1.脊椎動物的眼睛
脊椎動物的眼睛
智能設計論支持者表示，包括人類在內的脊椎動物的眼睛無法以樓梯式的遞進方式進化。這是因為眼睛由多個相互影響的部分構成，除掉任何一個部分都會造成整個係統癱瘓。他們由此認為，眼睛定是以一蹴而就的方式形成的。總部設在美國西雅圖的“發現研究所”(Discovery Institute)就宣揚所謂的智能設計論。該研究所發言人凱西·魯斯金(Casey Luskin)說：“如果看一看這些進化進程，你會發現它們常常突然多了一個水晶體或角膜。這種事情不會發生在進化論上，按照這一理論，你必須按部就班地使東西進化。”
美國加利福尼亞西方學院古生物學家唐·普羅特羅(Don Prothero)說，脊椎動物眼睛的進化過程存在於化石記錄中。普羅特羅是《進化：化石記錄的證據及其原因》一書的作者。他說：“有多篇證據確鑿的研究論文表明，像眼睛這樣複雜的結構能從隻有一個受光器的單眼逐步進化而來，直至像人眼這樣複雜的結構。”普羅特羅認為，智能設計論的支持者顯然忽略了這一證據。
2.寒武紀大爆發
寒武紀大爆發
寒武紀大爆發(Cambrian explosion)是指距今5.3億年前，地球上在一個相對短的時間內突然出現了像捕食生物這樣複雜程度前所未有的新物種。現存幾乎所有的生物體的祖先都可以追溯到這個時期。按照發現研究所發言人魯斯金的說法，寒武紀大爆發代表著“大批生物多樣性突然爆發，這便需要大量信息被迅速注入生物圈。按照我的觀點，隻有智能主體才能解釋信息如此快速湧現的來源。我不認為一步步的進化過程勝任這項工作。”
西方學院古生物學家普羅特羅認為，寒武紀大爆發其實根本就不是“爆發”。他說：“它是具有30億年曆史的‘緩燃引信’，我們有化石記錄證明這一點。此外，我們現在還有各種各樣來自寒武紀大爆發前軟體生物化石和隻能在顯微鏡下看見的生物化石。你可以非常清楚地看到，結構複雜的生物體是如何從結構簡單的生物體進化而來。”
3.DNA
DNA
作為地球上幾乎所有生命形式的藍圖，智能設計論支持者認為，DNA分子具有高度複雜而具體的信息(CSI)。僅僅將4個化學基作為信息，DNA 就能在螺旋結構內解碼出供生物體生存所需所有蛋白質的指令。高度CSI是指既複雜又高度具體的物體或現象，就像語言和機器這樣的人工智能的產物。魯斯金說：“具有高度CSI的係統隻能來自於智能。”
進化論者認為，一旦DNA分子部分結合，自然選擇便會占得上風，形成越來越複雜、越來越具體的適於遺傳密碼使用的分子。普羅特羅說，雖然沒有超自然現象引導DNA的進化過程，“但自然選擇便是那種無機會的成分。”
4.細菌的“腿”
細菌的“腿”
有些細菌利用名為鞭毛的鞭子似結構活動，每個鞭毛由數十個複雜、相互連接的蛋白部分構成。智能設計論支持者認為，同脊椎動物眼睛一樣，細菌鞭毛“具有不能簡化的複雜性，”因為缺少任何一部分，都會造成整個係統停止工作。這意味著循序漸進式的進化是不可能的事情。
普羅特羅表示，同脊椎動物的眼睛一樣，科學家發現了導致細菌鞭毛形成的中間環節：“大自然存在一些半鞭毛，它們沒有細菌鞭毛那麽複雜。這一切都得到了詳細記錄，智能設計論支持者再次忽略了這方麵的證據。”
5.鯨魚
鯨魚
達爾文因提出小型陸棲動物可以進化為現代鯨魚(如上圖中在多米尼加某加勒比海島嶼附近水域遊弋的小鯨魚)而在當時遭人奚落。魯斯金說：“鯨魚具有漫長的進化曆史，數量不多。即便是按照最壞的假設，鯨魚也會竭力快速進化。要想在1000萬年內改變使小型陸棲哺乳動物變成功能齊全的鯨魚的基因突變，從數學上講這完全是不可能的。”
然而，古生物學家的研究發現，達爾文的這一理論距離事實真相並不遙遠。20世紀70年代末期，科學家陸續挖掘出“古時”鯨魚的化石，這些鯨魚一開始多是陸棲動物，隨時間推移慢慢轉向海洋生活。普羅特羅說：“我們擁有鯨魚從陸地向海洋過渡的化石證據。任何忽視這一點的人都是在對著化石記錄說瞎話。”
6.宇宙完善
宇宙完善
根據我們對宇宙運轉方式的了解，人類看上去生活在一個具有變數的宇宙環境中，而這些變數非常適於生命存在。例如，引力常數(定義兩個具有質量的物體之間吸引力的方程式)的值就適於創造繞類日恒星旋轉的行星，它們的“壽命”足夠長，可以維持生命的進化。智能設計論支持者由此認為，這必定意味著宇宙是由心裏想著生命的超自然東西“設計”出來的。
普羅特羅說，一個“不斷趨於完善”的宇宙展現出有限的想象力：“你可以想象一個不是為我們而可能為別的東西改變的宇宙，這樣想的途徑有很多。” 例如，部分物理學家提出，我們的宇宙隻是一個大“多元宇宙”的一部分，這個“多元宇宙”中可能有多個宇宙。倘若人類隻是生活在一個很適合他們居住的宇宙內，那應該就沒有什麽令人吃驚的地方了。
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