1925年孫中山逝世後，中共加緊對國民黨的滲透、附體，蘇聯軍事顧問季山嘉竭力拉攏親共的汪精衛，企圖聯手推翻掌握軍權的蔣中正。
中共對國民黨的附體在國民黨“二大”達到高峰。1926年1月4日在廣州召開的國民黨“二大”上，到會代表256人，其中加入了國民黨的共產黨員代表就占了大約五分之三，各部做實際工作的秘書均為共產黨員。同時，各地方黨部（國民黨黨部）大多數由共產黨員主持。
北伐開始後，中共在國民革命軍經過和占領的地區開展的工農運動，當時湖南農民運動中流行著“有土皆豪，無紳不劣”的口號。有點田產的都是“土豪”，穿長袍馬褂者即為“劣紳”，都在鬥、打、掠之列。
中共發動的農民運動，從殺豬、出穀、遊鄉發展到殺頭，捕殺“土豪劣紳”的事頻頻發生，還要把“土豪劣紳”的祖墳挖掉，目的是破壞風水、斬草除根。
影響北伐軍軍心的不僅是後援問題。李宗仁北伐時任第七軍（鋼軍）軍長，他在回憶錄中說，工農運動的“過激的作風，早已引起軍中官兵的疑慮。到民國16年夏季，兩湖軍隊憤懣的心情，已到無可壓抑的境地。因當時中、下級軍官多為中、小地主出身。其父母或親戚在故鄉都橫遭工會、農會的淩辱，積憤已久，而各級黨部竟視若無睹。縱使是革命軍第三十五軍軍長何鍵的父親，也被綁遊街示眾”。（《李宗仁回憶錄》，華東師範大學出版社1995年12月版，第349 頁）
1927年3月23日，北伐的國民革命軍抵達南京，守軍張宗昌渡江北逃。
3月24日上午9時起，進入南京之國民革命軍第二、第六軍（第二軍副黨代表兼政治部主任李富春，第六軍副黨代表兼政治部主任林祖涵，共產黨員），開始劫掠英美日領事署及外人商店住家，一直持續到下午5時。南京城內和下關的外國領事館、教堂、學校、商社、醫院、外僑住宅均遭到侵犯和洗劫。
在南京事件中，外國僑民死亡人數為英國2人，美、法、日、意各1人。美國受傷3人，英、日各2人受傷，另有英艦“綠寶石”號上的一名英國水兵在江右軍發炮還擊時陣亡。外國領事館和僑民財產損失難以計數。中方死傷人數，根據各方麵的調查，為死亡36至39人，傷數十人，一說傷數百人。
被激怒的外國列強因此調集了大量軍隊和軍艦集中在上海地區，隨時準備對中國進行武裝幹涉，淞滬地區危機四伏。
英、美、日領事的報告，分別以大量事例證明搶劫領事館是共產黨所主導。英美軍艦以此為理由炮擊南京，形成國際衝突，是為“南京事件”。在蔡元培、李烈鈞等國民黨元老舉發“共黨破壞革命，危害國本之逆謀”後，國民黨中央監察委員會決議通過“非常緊急處置案”。
3 月28日，國民黨中央監委12名委員中有5名（吳稚暉，蔡元培，張靜江，顧英芬，李詩增）在上海召開非正式會議，決議通過吳稚暉起草的《護黨救國清黨條例》，製定了一份有197人的共產黨名單，備送國民黨中央執行委員會，要求對他們進行監督。
1927年4月9日蔣介石在上海實行戒嚴法實行軍管，並由淞滬衛戍司令兼戒嚴司令白崇禧將軍執行。蔣介石命令工人糾察隊自動繳械，並受駐軍白崇禧部監督。
白崇禧立即做出緊急部署，他密令李宗仁桂係第七軍（鋼軍）立即趕回蕪湖及江寧鎮，以阻止武漢汪精衛方麵由唐生智任總指揮的“容共軍”沿江東下威脅上海南京；並下令清除在黃埔第一軍薛嶽、嚴重兩師中的共黨赤色分子；再調第一軍劉峙第2師、周鳳歧第26軍跟桂係鋼七軍共同防衛上海南京地區。白崇禧又令親共的魯滌平第2軍渡浦口，去抵禦北洋奉係軍閥張宗昌的“直魯聯軍”，並將程潛第六軍全部繳械，第六軍軍長程潛、中共黨代表林伯渠潛逃武漢。
1927年4月12日淩晨，在白崇禧親自指揮部署下，第26軍出麵收繳武器，因少數武裝工人抵抗而被當場擊斃25~30人。繳獲工人武裝3,000支步槍，20挺機槍，600支駁克槍和大量彈藥，當天上午已控製全麵局勢。逮捕的工會領導人及145名共匪隨後在龍華被處死。
白崇禧在上海清黨行動雖獲大捷，然中共並未因此而絕。此後，1927年8月1日，中共周恩來、賀龍、葉挺等人策動北伐國軍叛亂，發動南昌暴動；9月毛澤東在湖南發動秋收暴動。12月11日，葉挺、葉劍英發動廣州暴動，並成立廣州蘇維埃偽政府，投靠蘇共分裂中國。
自1930年開始，國民革命軍被迫抽調兵力先後發動對中共位於江西、湖南的控製區（蘇區）進行圍剿，前四次未能成功。這些共黨暴亂削弱了國民政府的經濟和軍事實力，為日後日本趁機入侵中國製造了條件。
