秦始皇到了當時被叫做浙江的錢塘江邊的錢唐，看到茫茫無邊的杭州灣，要尋找向南渡江的地點。於是秦始皇把座船停泊在寶石山東南側，沿西湖西側的一些山嶺到鳳凰山西麵的將台山，在此登高望浙江的水勢，所以宋代以前把將台山稱為秦望山。按《越絕書》記載，秦始皇到達大越即現在的紹興是第二年的正月甲戌，可知在錢唐停留的時間應該更早一些，即當年的十二月。秦代采用顓頊曆，顓頊曆以亥為歲首，即冬至所在月之前的一個月，相當於現在通用的農曆即夏曆的十月，秦始皇到錢唐那段時間還在農曆九月份的台風季節。根據秦始皇船過皋亭時正好遇到民眾在祭防風氏的當地傳說，那幾天可能有台風激起的風暴潮，所以記下了水波惡的情景。閩越自古多台風，先民們奉防風氏為風神，祭拜他乞求台風不要危害百姓。下文將會說到，現在見到的錢江湧潮，當時未必已經發育成熟，所以《史記》所載水波惡是風暴潮的可能性更大一些。他在將台山見到江麵浪潮洶湧，無法渡過去，隻好再溯江西行一百二十裏到今富陽境內江麵較狹處渡江經諸暨去紹興。
從保俶路靠近北山路的寶石山下一弄沿路上寶石山，半山腰的路南側有一塊較大的平地，那是大佛寺遺址。五代周顯德三年（956），吳越國王在此興建僧院。僧院中有一塊大石頭，傳說是一塊秦始皇泊舟係纜用的，因此被叫做纜船石。筆者認為這僅是個傳說，並不可信。二十年前秦山核電站選址時，為核電安全曾考察過杭州灣附近的地質曆史，確信幾千年裏沒有發生過火山爆發、地震、海嘯等至今尚不能防禦的自然災害，才把核電站地址確定下來。雖然前麵說過宋代已發現北山和南山的半山腰有水浸痕跡，但山體的隆起所需時間是以百萬年計，秦始皇至今不過二千多年。盡管宋代曾有過一段海平麵上升的過程，幾百年的時間上升幅度不會超過一米，那時海平麵絕不會比今天的北山路路麵更高，因此，秦始皇也不可能把他的座船纜繩係到寶石山的半山腰那麽高的地方。北宋宣和六年（1124），僧人思淨把這塊巨石刻成彌勒佛半身像，上覆穹殿，這座僧院就命名為大石佛院，俗稱大佛寺，從此纜船石又被叫做大佛頭。
秦代錢唐縣衙門在什麽地方？古錢唐舊址，最早見載南朝劉宋時的錢唐縣令劉道真《錢唐記》：“昔州境逼近海，縣理靈隱山下，今餘址猶存。”靈隱山又在哪裏呢？後北魏酈道元《水經注》曰：“浙江又東逕靈隱山。山在四山之中，有高崖洞穴，左右有石室三所又有孤石壁立，大三十圍，其上開散，狀似蓮花。” 隋代虞世南《北堂書鈔》第一百五十八引劉道真《錢唐記》說：靈隱山北有石穴，傍入，行數十步，有水廣丈餘。昔有人采鍾乳，見龍跡，聞穴裏隆隆有聲便出。
上述文字所寫的石室或石穴正是現在飛來峰的玉乳洞、龍泓洞和呼猿洞。靈隱是東晉成帝時來到錢唐的印度僧人慧理命名的，距劉道真、酈道元不過一百餘年，此前錢唐沒有靈隱這個地名。靈隱山應該就是現在的飛來峰，其東北麵的玉乳洞、龍泓洞至今還可以見到石鍾乳，聽到如隆隆雷聲的水流聲。隻不過經過一千五、六百年的風化和吳越國以後開鑿的石刻造像，呼猿洞附近“有孤石壁立，大三十圍，其上開散，狀似蓮花”的景象已經看不清楚了。山下是冷泉和金沙澗，過澗就是現在的靈隱寺。靈隱寺坐落在北高峰南麓的一片平地上，秦代錢唐縣衙門應當在此。這個山間小縣人煙稀少，即使縣治所在地也並不熱鬧，所以慧理在此建寺修行。
西漢承秦製，杭州仍稱錢唐，又被稱為“泉唐”。漢武帝元狩二年（前121）廢江都國之前，錢唐是漢初一些侯國的屬地，此後仍歸會稽郡管轄。漢平帝元始四年（4）改錢唐縣為泉亭縣，王莽建立新朝承襲之。東漢初，複錢唐縣舊名，但被劃歸郡治在吳縣（蘇州）的吳郡。這時北麵寶石山腳和南麵萬鬆嶺下的海灘已經接近合攏，錢塘江帶來上遊的泥沙，在現今的杭州市區繼續淤積，陸地麵積逐漸擴大，上麵開始有人居住，農田水利興修也初具規模。武林水給杭城先民帶來生活和生產必需的淡水，但潮水倒灌時就不能用了。
《錢唐記》說：“防海大塘在縣東一裏許，郡議曹華信議立此塘，以防海水。始開募，有能致一斛土石者，與錢一千，來者雲集，塘未成而不複取。於是載土石者皆棄而去，塘以之成，故改名錢塘焉。”這段記載說華信用高價誘騙的方法建成海塘，不大可信，不過為了抵禦海潮侵襲，東漢元和年間（84—87）會稽郡的郡議曹（官職名）華信確實在縣東一裏許修築了杭城的第一條海塘，西湖從此與海隔斷，成為內湖，也是杭城先民的唯一水源。
著名曆史地理專家譚其驤先生在1947年11月30日，應浙江省教育會等之邀在浙江民眾教育館講演《杭州都市發展之經過》中說：“今杭城所在地秦漢時也許根本沒有露出海麵，也許雖已露出，但仍時有被巨潮淹沒之可能。”依據是1924年，地質學者章鴻釗發表的《杭州西湖成因一解》：“記載之有西湖，雖若始於漢，然其時必隨潮出沒，潮上而湖沒，潮下而湖見，殆猶在若有若無之間。”但是譚先生的“秦漢”說法時間跨度含糊，有人就據此認為華信是秦代人，所築海堤是在靈隱附近那一條。譚先生的話，確切一些應是“秦和西漢”。
《錢唐記》又說：“明聖湖，縣西有石姥山”。按明聖湖是南朝時期西湖的名字，石姥山即寶石山，而虎林山是寶石山的餘脈。南宋《淳佑臨安誌》說；“虎林山，舊經雲：在錢塘縣舊治之北半裏。”虎林山的確切位置，南宋《鹹淳臨安誌》說：“虎林山，在太一宮，高士堂後。有小土阜，上有亭曰武林，或雲一名武林山。”，更早的南宋《乾道臨安誌》記載了太一宮的位置：“太一宮，在新莊橋之南”。後來南宋吳自牧的《夢粱錄》也說“東太乙宮（即太一宮），在新莊橋南”。南宋新莊橋就是清代西河上的教場橋，南為長壽橋（今孩兒巷口），北為獅虎橋（今獅虎橋路口），清代這一段西河正是今天的武林路，故虎林山的確切位置就在今天的鳳起路與武林路交叉處。八十年代出版的杭州掌故叢書中鍾毓龍所著《說杭州》一書說虎林山即祖山，在祖山寺內，民國時期高僧太虛大師曾在此講經，現在恐怕知道祖山寺的人也不多了。
可見南朝劉宋時錢唐縣政府已經從初設縣時的北高峰東麓搬到寶石山餘脈虎林山南約二百米，即今天的孩兒巷與武林路交叉處，所以說縣西有石姥山。南朝劉宋時西湖比現在大，其東北角應在今天武林路的教場路口，剛好在當時縣政府南麵二百步（那時一裏三百步約四百五十米）。縣政府離華信所修建的海塘一裏路，那麽海塘應該就在今天杭州延安路稍東一點，北起寶石山餘脈虎林山東麵，南到萬鬆嶺，大體與西湖東岸平行。
《錢唐記》中“防海大塘在縣東一裏許”的縣東應該劉道真時的縣治東麵，而不是初設縣時的縣治東麵。因為東漢時寶石山東和萬鬆嶺這南北兩側的沙嘴已經逐漸靠近，華信順地勢修建海塘。最近杭州地道工程在延安路東側，郵電路和解放路之間的地下三、四米深處發現巨石，宋代錢塘門地麵比現在僅低不足二米，因此巨石很可能是更深入地下，華信所築海塘的塘基。
三國時期，杭州屬於吳國的揚州吳興郡。因外族相繼入侵，晉室南遷，東晉初年南方沒有北方那樣連年戰亂。錢唐縣有山川湖澤之利，北人南遷有不少在此定居，人口增長很快，促進了江南和錢塘江兩岸經濟文化的發展。此時已有印度佛教徒來東土傳教，也有來到江南的。靈隱一帶的山峰怪石嵯峨，風景絕異，當時有一個來到錢唐的印度僧人慧理見到和現在的靈隱寺隔澗相望的小山以後稱：“此乃中天竺國靈鷲山之小嶺，不知何以飛來？”，於是就叫它“飛來峰”。晉成帝鹹和元年（326）他就在飛來峰下建佛寺，因為他認為此地乃“仙靈所隱”之地，故取名為靈隱寺，從這個時候起才有靈隱的名字。靈隱寺不僅是杭州最古的佛寺建築，也是江南最古老的名刹。差不多同時，道教也在西湖一帶留下活動蹤跡，葛嶺就是因為東晉著名煉丹術士、抱樸子葛洪在此煉丹而得名。
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