依據國民黨特務人員陳恭澍在其回憶錄《英雄無名》裏的回憶，當年國民黨特工暗殺、抓捕吉鴻昌的理由，是吉鴻昌從事了“顛覆國家政權”的活動。
部分讀者也許會質疑：國民黨特務人員陳恭澍的回憶，有什麽可信度？其實，關於吉鴻昌被捕、被殺的真實原因，傳世的第一手史料，多如牛毛。
例如，吉鴻昌生前的戰友傅二虞在其回憶文章《吉鴻昌所走過的曲折道路》裏麵，透露了以下的驚人事實：
1、吉鴻昌收受了蔣介石的錢，本來想投奔蔣介石的，但後來又反悔，令蔣介石懷恨在心；
2、吉鴻昌曾經派代表赴廣東、參加汪精衛的反蔣會議，被蔣介石的人查獲，蔣介石更恨；
3、蔣介石曾經命令吉鴻昌剿共，吉鴻昌不但不聽指揮，而且冒充紅軍、倒戈攻擊國軍。蔣更是無法容忍。
後來吉鴻昌被捕受審，國民黨的軍法官在法庭上，是這樣問他的：“你在天津租界裏，做蘇俄代理組織地下黨的工作，我們已經掌握你的文件和充分證據，請你如實供認。”
吉鴻昌對此，是供認不諱的。
以上這些珍貴史料，出自吉鴻昌生前戰友傅二虞的證言《吉鴻昌所走過的曲折道路》，這篇證言，收錄在《文史資料選輯》第七十五輯第63至126頁。
眾所周知，大陸出版的各地《文史資料》，都是各地政治協商會議編寫的，換言之，都算是官方史料，既不是敵方“反動”材料，也不是什麽街邊野史。
更致命的是：還有印證。
另一則證言的證人，也是吉鴻昌的戰友，名叫淩勉之。淩勉之在其回憶文章《吉鴻昌出國和參加革命的經過》，透露了這樣的事實：
1、吉鴻昌曾經帶領一個團的兵馬起義反蔣、投奔蘇區；
2、吉鴻昌的起義軍被蔣介石派兵追逐；
3、吉鴻昌成功進入蘇區，並接受了蘇區領導的“革命理論”洗禮；
淩勉之的這篇證言，收錄在《文史資料選輯》第七十五輯第127至143頁。
這還不算，吉鴻昌還有一位戰友，名叫王崇仁，寫下了與上述事實基本能相互吻合、相互印證的證詞。
王崇仁的這篇重要證詞，名叫《回憶吉鴻昌將軍》，收錄在《內蒙古文史資料》第四十七輯裏麵。
以下是該篇證詞透露的關鍵事實以及其相應的頁碼：
1、1932年8月初，吉鴻昌正式加入了蘇俄代理組織（117頁）；
2、經過蘇俄代理組織的核準，1932年8月中旬，吉鴻昌在湖北東部宋埠這個地方發動了反蔣暴動（119頁）；
3、暴動之後，吉鴻昌進入了鄂豫皖蘇區（127頁）；
4、後回天津，吉鴻昌按照蘇俄代理組織的指示，四處奔走，八方聯絡，招兵買馬（第129頁）；
5、1934年3月，吉鴻昌與蘇俄代理組織人物宣俠父等人密謀製定“中原暴動計劃”（第195頁）；
6、1934年11月9日，吉鴻昌被國民黨特務逮捕（第196頁）不久後被槍決。
以上種種第一手證詞已經明白無誤地說明了：吉鴻昌並非死於抗日，而死於國內政治鬥爭，或者幹脆點說，吉鴻昌實際上是死於內戰。
這才是吉鴻昌故事的真相。
吉鴻昌的維基對此也有記載：
吉鴻昌
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策反舊部和察哈爾民眾抗日同盟軍
1932年，上海一·二八事變爆發，吉鴻昌得知後，執意中斷在國外的“考察”，擺脫特務監視回國。2月28日吉鴻昌抵上海。通過原西北軍中的中共地下黨員與上海黨組織接頭，不久返回寓居天津，秘密與中共華北政治保衛局聯係，並於4月加入中共。[3]不久，他就整理出版了17萬字的《環球視察記》。1932年10月20日前後，吉鴻昌從上海隻身潛入鄂東北麻城宋埠等地，以尋找和看望他的舊部官兵為名，試圖拉出30師88旅，89旅，90旅，投奔鄂東北蘇區。但是隻有一個90旅願意起義，國軍第13師圍追堵截，這個90旅很快嘩變，吉鴻昌派去策反的副官被30師師長殺害，投共失敗。大約是11月底12月初，即重新組建紅二十五軍之時，吉鴻昌離開蘇區。
1933年，在熱河抗戰、長城戰役後，日軍占領察哈爾部分地區。3月25日，吉鴻昌乘火車抵張垣。中共張垣特委派出吳化之與吉鴻昌聯係,擔任吉鴻昌統率的抗日部隊的政治部主任。5月26日，吉鴻昌與馮玉祥、方振武、佟麟閣在察哈爾張家口建立察哈爾民眾抗日同盟軍，任第2軍軍長，後任北路前敵總指揮。何應欽斷絕對抗日同盟軍一切經費補給途徑，吉鴻昌自己拿出6萬元購置軍火。至7月12日同盟軍攻占多倫（位於今內蒙古自治區錫林郭勒盟）、康保、寶昌、沽源等4座縣城，將日滿偽軍驅出察境。[4]因為當時全麵抗戰尚未爆發，蔣介石認為該軍妨害統一政令、破壞國策，令何應欽指揮16個師逼近察哈爾。
8月5日，馮玉祥將察軍政大權交給察哈爾省政府主席宋哲元，撤銷抗日同盟軍總部。吉鴻昌、方振武等則公開中國共產黨身份，率領餘下部隊在察哈爾南部地區尋機建立新蘇區。[5]
9月，部隊輾轉到赤城縣北的獨石口後，在進軍商都準備與抗日將領高樹勳會師時，遭國軍多番阻擊，便決定“抗日討賊”，南下攻打由何應欽所率中央軍重兵把守的北平。[5]國民革命軍駐北平城防部隊受到偷襲後反攻，將吉鴻昌等部逼退至當時中、日兩軍駐地中間地帶，國軍與日軍達成一致圍攻其殘部。為避免全係被殲，吉鴻昌、方振武接受國民政府收編剩餘部隊、二人離隊出洋的和談條件。[6]
1933年秋，吉鴻昌喬裝輾轉回到天津。為安全起見，他先住進了六國飯店。1933年冬，吉鴻昌與宣俠父建立了聯係，不久他們二人化裝到上海，與中共上海臨時中央局軍委代理書記王世英接上了關係，匯報了察哈爾抗日的詳細經過。
加入中共、滲透活動
1934年3月，宣俠父介紹吉鴻昌加入中國共產黨，並陪吉鴻昌到上海履行了入黨手續。
1934年4月初，南漢宸受共產黨的指示也來到天津。吉鴻昌和南漢宸、宣俠父、任應岐等製定了中原暴動計劃，擬把當時正在江西參加“剿共”的吉鴻昌舊部兩個師的兵力拉回河南，再和地方民團組織聯合起來，組織十幾萬人的中原暴動，再拉到西北與楊虎城會合。
1934年5月吉鴻昌在天津參與組織中國人民反法西斯大同盟，任中央委員會內中共黨團領導成員。建立有馮玉祥、李濟深、方振武、任應歧等反蔣抗日力量代表在內的大同盟中央委員會。在他家三樓一角，設立了一個秘密印刷所，和宣俠父出版機關刊物《民族戰旗》。繼續從事兵變和策反中央軍等工作。
1934年6月，吉鴻昌、南漢宸秘密與西安楊虎城將軍取得聯係，並得到楊虎城的援助。
1934年8、9月間，被派往安徽進行滲透和發動武裝抗日的人員被捕，暴露了吉鴻昌在天津組織訓練武裝力量的工作。[7]
被捕遭殺
11月9日晚，在天津國民飯店二樓45號房吉鴻昌、任應岐、劉少南及李幹三秘密開會的房間，被中國國民黨力行社華北區鄭介民、天津站陳恭澍派遣的特務呂一民、呂問友闖入開槍，劉少南當場中彈身亡，吉鴻昌亦被流彈擊中右肩受傷，被天津法租界工部局逮捕。
11月13日，孔祥熙、宋美齡由綏遠經北平至津，對法租界施加壓力並以買通法工部局。
11月14日，吉、任被引渡至天津公安局審訊，後又被押往國民黨第五十一軍軍法處受審，關押於曹家花園陸軍監獄（今河北區月緯路64號）。
11月22日吉鴻昌、任應岐及吉鴻昌的連襟林少文等3人移送國民政府北平軍分會，羈押在北平陸軍監獄（今東城區炮局胡同21號），由軍法處訊辦，國民黨中央軍令： “以吉、任累次逞兵作亂，危害民國，通緝有案。更在津勾結共產黨，應即按照《緊急治罪法》將吉、任二犯執行槍決。”
11月24日在北平陸軍監獄以“擾亂治安、加入共黨、危害民國”、“該兩犯已供認不諱”，吉鴻昌與任應岐被執行槍決。
不過他的侄子吉星文，的確是位抗日英雄，可惜在金門炮戰中被解放軍炮火擊斃
