劉宋文帝元嘉十二年（西元435年），梵僧求那跋陀羅法師經由海路到達廣州，曾於製旨寺創建戒壇，並且立碑預言：「以後將有一位肉身菩薩於這個戒壇受具足戒。」
到了梁朝天監元年（西元502年），梵僧智藥三藏法師從天竺國帶來一棵菩提樹，栽種於這個戒壇旁邊，並且也預言：「往後一百七十年，將會有一位肉身菩薩於這棵樹下，開演無上微妙法，傳佛心印，廣度無量眾生。」
製旨寺於唐朝貞觀年間改為法性寺，至明憲宗成化二年（西元1466年）稱為光孝寺。
智藥三藏法師從天竺國度海來到中國，從南海經過曹溪口時，曾掬溪水而飲，覺得曹溪水甘美如露，與天竺國之水無二無別，知道曹溪的源頭必定是寶地。果然，到了上遊的源頭，環顧四周，山水蜿蜒，峰巒奇秀，智藥三藏法師向隨行的徒眾說：「這裡簡直與天竺國的寶林山一樣啊！」
智藥三藏法師告訴曹侯村的居民：「大眾可以在這座山上興建寶剎，在一百七十年後，無上甚深的佛法將會在這座寶剎弘化開演，依這個心法修行成就的人，就像這茂密的樹林一樣多，所以，這座寶剎以寶林寺為名是最恰當的了。」預言曹溪寶林寺的法水將如泉湧不盡，潤澤十方。
時光奔馳如箭，唐朝貞觀十二年的四月八日（佛誕日）子時，嶺南新州（今廣東省新興縣）的盧府，毫光騰空，異香滿室，隨著奇妙的祥瑞盧夫人產下了一個男孩。第二天，曉光初露時，來了兩位異僧，他們對孩兒的雙親說：「恭喜兩位喜獲貴子！這孩子長大後將是佛法的法門龍象，希望將他取名為惠能；惠者，以大法惠施眾生；能者，能弘揚真理、大作佛事。」兩位異僧說完話就離開盧府，轉眼間就消失無蹤。
惠能師三歲喪父，家道中落，到長大時，家中已非常貧窮，平日便以賣柴為生，來奉養母親。
日月如梭，惠能師已經二十四歲。這一天，因緣和合，惠能送柴到店裡，聽到有人正在誦經，宿慧使然，一聞經文，頓有所悟。便詢問客人所誦何經，這位客人告訴惠能他誦的是《金剛經》，是得自黃梅東禪寺五祖弘忍大師，五祖常勸大眾受持《金剛經》，就能體悟本具的般若智慧。這位客人勸惠能往黃梅參謁五祖，又致送十兩白銀給孝順的惠能安頓母親。一切都安排妥當，惠能就從廣東出發往湖北省黃梅縣參禮五祖弘忍大師；並於五祖座下徹悟心性，得五祖傳衣付法，其後為了躲避其他門徒爭奪衣缽，惠能在獵人隊中保任用功，隱藏了十五年後才下山，來到廣州的法性寺。
唐朝儀鳳元年（西元676年），在法性寺，這一天是正月十五日，就在智藥三藏法師所種植的菩提樹下，印宗法師為惠能剃除鬚髮。二月八日，邀集西京智光律師為授戒師，蘇州慧靜律師為羯磨師，荊州通應律師為教授師，中天耆多羅律師為說戒師，西國蜜多三藏為證戒師，就在求那跋陀羅法師所建的戒壇，共同為六祖惠能大師授具足戒。六祖大師旋即於這棵來自西天的菩提樹下開示直指人心、見性成佛的頓悟法門。正如碑文所記：「後當有肉身菩薩於此受戒。」亦如智藥三藏法師所預言：「往後一百七十年，將會有一位肉身菩薩於這棵樹下，開演無上微妙法，傳佛心印，廣度無量眾生。」從梁朝天監元年至唐朝儀鳳元年，中間相隔正是一百七十五年。
第二年的春天，六祖惠能大師回到寶林寺，大開法筵，高樹頓教幢幡，說法利生三十七年，從六祖這裡契悟宗旨而弘化各方的有四十三人，悟道而超凡的出家眾與在家眾，人數無法計量。果然如智藥三藏法師所說，得法寶而成就者多如叢林。
智藥三藏法師當年所栽種的菩提樹，樹根是生於枝幹上，有千百根自上垂下包裹著枝幹，所以隻見根而不見枝幹，經過千餘年，如今更是翠綠繁茂，樹旁的碑誌文輝映著陽光，閃閃發亮，彷彿告訴世人一百七十年前與一百七十年後祖祖相互呼應的示現，正是勉勵世人，諸佛諸祖都由人成，隻要努力修行，契悟本心，直下承擔就是啊！
