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摩訶馬甲，2009
阿賴耶識，能藏、所藏、執藏，第八識之一名，位在異生有學，雜染粗重，無法發揮清淨妙用。
《解深密經》雲:
於六趣生死。彼彼有情墮彼彼有情眾中。或在卵生。或在胎生。或在濕生。或在化生身分生起。於中最初一切種子。心識成熟展轉和合增長廣大。依二執受。一者有色諸根及所依執受。二者相名分別言說戲論習氣執受。有色界中具二執受。無色界中不具二種。廣慧。此識亦名阿陀那識。何以故。由此識於身隨逐執持故。亦名阿賴耶識。何以故。由此識於身攝受藏隱同安危義故。
《瑜伽師地論》:
雲何建立阿賴耶識雜染還滅相。謂略說阿賴耶識是一切雜染根本。 又即此阿賴耶識。能持一切法種子故。於現在世是苦諦體。亦是未來苦諦生因。又是現在集諦生因。如是能生有情世間故。能生器世間故。是苦諦體故。能生未來苦諦故。能生現在集諦故。當知阿賴耶識是一切雜染根本。
複次此雜染根本阿賴耶識。修善法故方得轉滅。 在羅漢或是七地菩薩以上，舍阿賴耶識名。
《瑜伽師地論》
此識無始恒轉如流乃至何位當究竟舍。阿羅漢位方究竟舍。謂諸聖者斷煩惱障究竟盡時名阿羅漢。爾時此識煩惱粗重永遠離故說之為舍。此中所說阿羅漢者通攝三乘無學果位。皆已永害煩惱賊故。應受世間妙供養故。永不複受分段生故。
《攝大乘論釋》:
釋曰。由是佛法攝持法身。今當顯示。由清淨者。謂由清淨佛法攝持法身。如是法身證得清淨由轉何法。謂轉阿賴耶識得法身故者。謂轉滅彼阿賴耶識得法身清淨。即法身清淨說名清淨。
《瑜伽師地論》 :
第一義建立者。謂唯無餘依涅槃界中。是無心地。何以故。於此界中。阿賴耶識亦永滅故。所餘諸位。轉識滅故。名無心地。阿賴耶識未永滅盡。於第一義。非無心地。 雖然此舍是舍名，而不舍第八識體，但第八識在此以後則不名阿賴耶識，因為唯識家為第八識進行了詳細的名稱分類。
《成唯識論》:
然第八識雖諸有情皆悉成就，而隨義別立種種名，謂或名心，由種種法熏習種子所積集故。或名阿陀那，執持種子及諸色根令不壞故。或名所知依，能與染淨所知諸法為依止故。或名種子識，能遍任持世出世間諸種子故，此等諸名通一切位。或名阿賴耶，攝藏一切雜染品法令不失故，我見愛等執藏以為自內我故；此名唯在異生有學，非無學位不退菩薩有雜染法執藏義故。或名異熟識，能引生死善不善業異熟果故，此名唯在異生、二乘、諸菩薩位，非如來地猶有異熟無記法故。或名無垢識，最極清淨諸無漏法所依止故，此名唯在如來地有；菩薩二乘及異生位持有漏種可受熏習，未得善淨第八識故。
所以，法相宗所說阿賴耶識位在染位，不通淨位。正如《攝大乘論釋》所說：“轉阿賴耶識得自性身，轉諸轉識得受用身”。 《成唯識論》也說：“經說真如是法身故。論說轉去阿賴耶識得自性身。圓鏡智品轉去藏識而證得故。”（自性身就是法身，而法身就是清淨如來藏。
《成唯識論》:
“如是法身有三相別。一自性身。謂諸如來真淨法界。受用變化平等所依。離相寂然絕諸戲論。具無邊際真常功德。是一切法平等實性。即此自性亦名身。”
《佛說不增不減經》如來藏者即是法身。） 同時，法相宗所說的如來藏，其範圍也大於阿賴耶識。
阿賴耶識是心法之一： 《百法明門論》 一切法者，略有五種：一者、心法，二者、心所有法，三者、色法，四者、心不相應行法，五者、無為法。第一、心法略有八種：一、眼識，二、耳識，三、鼻識，四、舌識，五、身識，六、意識，七、末那識，八、阿賴耶識。
而如來藏是一切法、一切眾生： 《攝大乘論釋》 得一切有情平等心性者。遍見一切等無我故。如有說言。一切諸法皆如來藏。如是等。得一切菩薩平等心性者。得彼意樂平等性故。得一切佛平等心性者。得彼法身平等性故。此即名為菩薩見道者。
《攝大乘論釋》:
釋曰。自性清淨者。謂此自性本來清淨。即是真如自性。實有一切有情平等共相。由有此故說一切法有如來藏。離垢清淨者。即此真如遠離煩惱所知障垢。即由如是清淨真如顯成諸佛。得此道清淨者。謂能得此真如聖道即是清淨。謂念住等菩提分法。及以一切波羅蜜多。生此境清淨者。生此能證菩提分法所緣境界。生此境界即是清淨故名生此境清淨。即契經等十二分教。
《佛地經論》:
若一切種清淨慧眼恒不見穢。又淨法界若無差別。一切種淨則名一切如來法身。亦名如來真實體性。於一切時常無變故。由此法界一切有情心相續中平等有故。說如是言。一切有情是如來藏。一切有情皆有佛性。 通過以上論述我們可以看到，如來藏在染位與阿賴耶識有聯係（未必等同），在淨位則與阿賴耶識不等。 雖然
《密嚴經》說：“一切眾生阿賴耶識。本來而有圓滿清淨。出過於世同於涅槃。譬如明月現眾國土。世間之人見有虧盈。而月體性未嚐增減。” 此所指“清淨圓滿”明顯是指“性未嚐增減”而言，否則“見有盈虧”毫無意義。
正如太虛大師所說：“事佛性，即在事用上有種種的功能，可能令眾生轉化而成佛。這是著重在可能性上講，可能性即如唯識論講的第八阿賴耶識中含藏有解脫生死趣向涅槃的佛性種子，這種子的功能，就是事佛性”。
也就是說，阿賴耶識同於涅槃必然是指阿賴耶識清淨本性而言，不是指阿賴耶識名相，換句話說，佛陀、高僧為了讓眾生明白眾生有成佛的可能，說阿賴耶識雖然汙穢但實際上能轉汙為淨，而並不是說阿賴耶識不需要轉淨就是清淨如來藏法身了。
正如《密嚴經》後麵所說：“了達於清淨，賴耶不可得；賴耶若可得，清淨非是常；如來清淨藏，亦名無垢智”，所以“惡慧不能知，藏即賴耶識”指的不是阿賴耶識=如來藏，而是指“離開第八識別求真理”的外道。正是如此，才會有：“如金與指環，展轉無差別”的說法。
如果說阿賴耶識位通染淨，那麽法相宗的經論都成了妄語，這絕對不可能！ 所以《廣百論釋論》說阿賴耶識：“有情身中一一各有阿賴耶識”。
但《大乘止觀法門》說如來藏則是：“問曰。不空如來藏者。為一一眾生各有一如來藏。為一切眾生一切諸佛唯共一如來藏耶。答曰。一切眾生一切諸佛。唯共一如來藏也”。 因阿賴耶識偏粗重雜染，凡夫妄執內我。而如來藏境界清淨本然，無始無終、非大非小、不內不外、非一非多。
太虛大師總結阿賴耶識和如來藏的關係說： 《大乘起信論略釋》 然阿黎耶識依不生滅與生滅和合立名，如雲空海水波流也。和合識破，則生滅心相滅，不與生滅和合，則即不名為阿黎耶，而唯應名為如來藏。故亦說依如來藏心而有阿黎耶識，如雲依空海水而有空海水波流也。一者指不覺生滅中之不生滅覺性，一者指不生滅覺內之不覺生滅相，故如來藏與藏識雖相即而非一也。
此乃確論。
