南京大報恩寺琉璃塔建造於永樂十年（1412年），宣德三年（1428年）竣工，九層八麵，高達78.2米，甚至數十裏外長江上也可望見。塔身白瓷貼麵，拱門琉璃門券。門框飾有獅子、白象、飛羊等佛教題材的五色琉璃磚。刹頂鑲嵌金銀珠寶。角梁下懸掛風鈴152個，日夜作響，聲聞數裏。自建成之日起就點燃長明塔燈140盞，每天耗油64斤，金碧輝煌，晝夜通明。塔內壁布滿佛龕。該塔是金陵四十八景之一。明清時代，一些歐州商人、遊客和傳教士來到南京，稱之為「南京瓷塔」，將它與羅馬鬥獸場、亞曆山大地下陵墓、比薩斜塔相媲美，稱之為中古世界七大奇觀之一，也是南京的象征。
1856年，太平天國發生內亂，由於擔心石達開部隊占據製高點向城內發炮，大報恩寺被北王韋昌輝下令炸毀，僅存一青銅色塔刹（1930年代後失蹤）和8米高的石碑。相傳建造該塔時曾一式燒製三份琉璃構件，一份用來建塔，兩份埋入地下用於替換。1958年在眼香廟、芙蓉山、窯崗村一帶出土的大批琉璃構件上多帶有墨書的字號標記。構件現分藏於中國國家博物館、南京博物院和南京市博物館。
公元1853年（清鹹豐三年）3月，洪秀全、楊秀清等領導的太平天國農民起義軍勝利之師，從武漢沿江而下，包圍了南京城。在攻城戰鬥中，太平軍曾利用高大的琉璃塔向城內發炮轟擊。張汝南《金陵省難紀略》記載．攻城的太平軍“運倉聖廟中之炮，置報恩寺第三層，向城轟擊。城內開炮對轟，砰礴之聲，一日不絕”。汪士鐸撰寫的《光緒江寧府誌》卷八也寫道：“鹹豐三年正月二十四日（1853年3月3日），發匪踞塔，俯瞰城中，施炮，炮彈有落中正街者”。
太平軍占據南京後，在各城門外多設軍營防守。其中以城南聚寶門外的雨花台軍營最大，整個大報恩寺和琉璃塔都被軍營包圍。滌浮道人的《金陵雜記》寫道：“山上各廟宇僧房悉圈在內，又在山頂砌有望樓一座，挺立山巔，高與報恩寺塔並峙”。報恩寺琉璃塔被太平軍用來作為監視南京東郊孝陵衛清江南大營的重要憑依。可是，不久，災難就降臨到了琉璃塔的身上，先是塔頂的黃金寶頂被太平軍敲下，用作軍費：到1856年秋發生的楊韋內訌則使它化為廢墟。
公元1856年10月，太平天國的首都天京（今南京）上空正翻騰著領導集團內訌的陰雲。北王韋昌輝奉天王洪秀全密旨殺死東王楊秀清後，又擴大屠殺，殺害楊秀清兩萬多部屬，並陰謀加害翼王石達開。石逃往安慶，起兵東下進攻天京，討伐韋昌輝。韋急忙加強天京防守。天京城的形勢分外緊張。
這一天，一隊太平軍將士手捧韋昌輝的將令，出天京城南聚寶門（民國後改名中華門），直奔長幹橋南，進入位於雨花台山麓的大報恩寺。經過幾年的戰火．大報恩寺早已殘破不堪了，惟有那著名的琉璃塔仍巍然矗立著。這隊太平軍將士將運來的炸藥與易燃物品裝入塔內。隻聽轟然一聲巨響，整個琉璃塔便陷入濃煙烈火之中，迅速倒塌。從此，這座被稱為中古建築奇跡的輝煌建築便化成了一片瓦礫廢墟……
