1967年1月23日，奪權行動推翻了錢學森和七機部的領導層。奪權的頭頭是年輕的導彈工程師葉正光，他是著名的共產黨將領葉挺的兒子。當時他讀到了毛澤東對上海奪權認可的消息，準備了幾天後采取行動。“這是一場自上而下的奪權，”幾年後他回憶道。“這是中央政府批準的。實際上，我們向周總理和聶帥提出了報告請他們批準奪權。北京的各部委開始造各部領導的反時，我們曾向李富春副總理提出也要造反。”
1月23日晚上10點，葉正光接到副總理辦公室的電話，準許他們在七機部奪權，隻要求造反派不要“過分”。有人建議葉正光效仿一星期前二機部奪權的先例。葉放下電話後，就讓他的助手把錢學森、部長王秉璋和其他四名副部長從床上叫起來，半夜三更到王秉璋的辦公室出席會議。
他們來的時候看上去很疲憊，穿著便服。葉正光由八到九個簇擁著，通知他們七機部的權力已經被接管。
隻看到錢學森臉上血色全無，站立不穩幾乎昏了過去。身體健壯的王秉璋從後麵扶住錢學森，才使他不致昏倒在地。葉正光讓錢學森坐下。他輕輕地告訴錢學森不用擔心，他是受到保護的，仍然是副部長。然後，葉正光要求錢學森和他的同事們對此次奪權表態。錢學森和兩位副部長立即表示支持，王秉璋和另外兩位副部長則表示反對。王秉璋稱他的權力直接來自國家的中央政府。當葉正光要求他交出七機部的大印時，王嚴詞拒絕。
印章在中國傳統中象征著權威。在中華人民共和國，它們是拳頭大小的木質圓盤，篆刻有國家的憲法象征：由一個紅色圓圈圍繞的天安門城樓。每個部門都有自己的印章，在第七機械工業部，它們被鎖在主樓三層的金屬保險箱中。因為王秉璋拒絕交出印章，造反派隻好用噴槍將保險箱切開。從此以後，1月23日在整個七機部被稱為“916奪權日”。在七機部，錢學森留任，王秉璋下台，葉正光得到了“總勤務員”頭銜。
盡管被奪權所驚嚇，錢學森安很快恢複了鎮定。第二天，他恢複了平靜，甚至有點高興。他在七機部二樓的會議室裏對著數百人發表了一個讚揚葉正光和造反派的講話。他滿意地說道：“這是我第一次呼吸到了新鮮的空氣。”
但是，奪權後他的地位急劇下降。在葉正光掌權後，錢學森受到了與其他普通員工一樣的待遇。他第一次不得不像別人一樣到食堂吃飯。七機部的導彈科學家還記得錢學森站在大飯廳裏，看上去有點困惑，因為他從前從未在在食堂裏排過隊。他有點不知所措。一位局長看到了錢學森的困境，給他端上了一碗麵條。錢學森困惑而尷尬，獨自一人把飯吃了。他的低職位維持了幾個月，周恩來宣布七機部的奪權無效，葉正光手裏的權力和大印又轉到王秉璋手裏。
1968年6月8日，暴力達到了頂峰，七機部傑出的冶金專家姚桐斌被兩名男子用鋼管打死。莊逢甘回憶說：“這位冶金專家去世後，王秉璋發了命令，不允許再發生這種事情。” 1968年，周恩來指示第七機械工業部軍事管製委員會起草一份應受到國家保護的專家名單。周恩來特別要保護從事導彈和衛星項目的科學家，並派出警衛員保護他們免受人身傷害。在其他科研機構暫時癱瘓的同時，導彈研究仍是國家的頭等大事。錢學森屬於僅有的五十名受到北京政府保護的頂級科學家之列。
在1960年代的最後幾年，錢學森顯然是北京最有權力的科學家之一。他被授予了國務院科學技術委員會裏崇高的職位——可能相當於將軍，該委員會後來被納入軍隊的國防科學技術委員會。作為人民解放軍的一位主要領導人，他出席人民大會堂的招待會，擔任中共中央委員會的候補委員，並以高級官員的身份出席外國使館的招待會。西方媒體報道說，錢學森毫發無損地幸免於文化大革命的劫難。
即便如此，文化大革命對他全家都產生了深遠的影響。永剛剛從高中畢業，而永真則在高中的最後一年，但對於他倆來說，大學無疑是上不成了。中國的大學幾乎全都被關閉了。教授下放到全國各地與農民一起勞動。幸運的是，對於永剛和永真來說，父親的地位使他們免於下農村勞動，他們加入了人民解放軍，十多年後才恢複學業。
蔣英擔任教授的中央音樂學院文革期間關閉了。1969年，蔣英差點兒去郊區跟她的同事們一起勞動，但是在她打算離開的那天，學院收到了一位高級政府官員打來的電話，阻止蔣英下鄉。該官員說，為了保護她本人和錢學森的安全，她必須留在北京。於是，蔣英被分配到托兒所，照顧下鄉的教師的孩子們。人們記得她特別和善：花自己的錢給孩子們買零食，給他們補襪子衣服，生病時送他們去醫院。她甚至從自己家裏搬來一張沙發捐贈給托兒所。她在文革時期簡直是代替了孩子的母親。
毛澤東曾經的得力助手林彪死後，錢學森及其家人經曆了一段艱難時期。1971年9月12日，林彪夫婦在看似企圖越境叛逃到蘇聯的過程中喪生。對於大多數中國百姓來說，這次事件無非顯示了毛澤東的核心圈內權力的反複無常。就在兩年前，林彪因其在中蘇邊境爭端中的勇敢而受到稱頌。現在他被毛澤東譴責為叛徒。林彪事件的餘波震蕩整個北京城，導致一場清洗，數百人遭到逮捕和審訊。沒有人可以逃脫嚴格的審查，即便是七機部下層的工程師也如此，他們吃驚地得知，他們為將來的宇航員訓練而設計的振動床實際上屬於治療林彪失眠症的秘密計劃。那些與林彪有疏遠關係的人隻是被調查問話。關係密切的人就糟糕多了。與林彪十分親密的七機部部長王秉璋則被關押了好幾年。
僅僅一年前，錢學森以為林彪是毛的繼承人，無意地發表講話吹捧林彪。一位工程師回憶道：“錢學森以為林彪是忠於毛的，實際情況太複雜他也弄不清楚，結果他遇到了大麻煩。他必須作檢討，承認自己在1970年犯了政治上的重大錯誤。”錢學森的檢討內容沒有公開，因為黨內會議紀錄屬於機密。不過群眾中有傳言，說錢學森被要求寫出書麵檢討交給黨組織。
那次事件後，錢學森和他的妻子待人似乎變得生硬起來。錢學森在中國的一位同事的女兒是有機會觀察到這種變化的少數人之一。（為了保護她，這裏隱去她的姓名。）在文化大革命期間，她的母親不幸同毛澤東夫人的敵人曾有故交，因而被隔離在“牛棚”中，所謂牛棚，是指一種臨時關押地，牛棚裏的人受到同事的監視、審問，被迫作檢查。她受到兩名婦女持續不斷的審問，被指控為美國間諜。那個自願下鄉的女兒在1971年回到北京，她拜訪了錢學森家，以為會得到一些安慰。
對她而言，這是一次很突兀的經曆。在她小的時候，錢學森的妻子通常會帶著“西方政客”那種淡淡笑容與她說一些甜蜜的話。而這一次，錢學森夫人看她的表情裏帶著輕蔑，甚至有點生氣。這時，這位錢學森同事的女兒才注意到蔣英穿著藍色軍裝，給人以高級幹部的印象。接著，錢學森夫婦開始起批評起她的家庭來。錢學森談到，聽說她母親在牛棚裏不老實，他尖刻地說：“你母親交待問題就像擠牙膏一樣。”同時，蔣英上下打量著她，眼裏毫無笑意，對她的話都用說“嗯！”或“哦？”來應付。多年以後，這位受到傷害的錢學森門生的女兒說，“我難以理解。” “我以為他們是好朋友。”
錢學森夫婦誤以為她被送下鄉是一種懲罰，對她說話的語氣是冷漠的。他們對她說：“我要是你的話，我會回鄉下去。”錢學森的同事的女兒原來想告訴他們她是自願下鄉的，但是這時決定不再談下去了。她後來回憶說：“我不想玩他們的政治遊戲。”從那次拜訪之後，她再也不想與錢學森夫婦交往了。
差不多這個時間，有機會見到錢學森的還有一個人查裏克（Joseph Charyk），他以前是錢學森在加州理工學院的學生，曾擔任美國空軍部的助理部長和副部長，當時是COMSAT（通信衛星公司）的總裁兼董事。1972年初，查裏克到中國建立衛星通信設施，為尼克鬆總統訪問中國時向美國電視直播作準備。查裏克抵達後，問中國官員是否可以麵見錢學森。之後不久，中方主人把查裏克帶入一家優雅的餐廳，接著錢學森也帶著幾名隨從人員到了。
錢學森首先問查裏克他能否用中文致正式的歡迎辭。接著他在講話中譴責某些失勢的中國官員，譯員為客人們逐字翻譯了這些話。說完這些之後，錢學森說：“現在我們可以坐下來吃飯了”，在那晚其餘的時間裏，他都用地道的英語說話。查裏克說：“在我看來，無疑是有人要求他發表那個小小的演說。”
晚宴的氣氛很親切，查裏克和錢學森談到了舊日的熟人和朋友。在問及錢學森的工作時，他回答得含糊其辭並把話題岔開。晚餐後，兩個人在餐廳的庭院裏散步。期間查裏克告訴錢學森，他聽到了一個謠傳說他病了。錢學森話外有話地說，人的身心之間存在著緊密的聯係，現在中國的情況發生了變化，他感覺也好了。查裏克說：“我認為這是有所指的，是指他在文化大革命期間可能有過不那麽愉快的經曆。”
回頭去看，錢學森一定意識到，他在這段時間裏有多麽幸運，因為他當時很可能被下放農村，被判入獄或被殺害。當年沒有人是真正安全的。錢學森有著完美的科學資曆，但這並不能保證他免於受到攻擊：全國頂尖的核物理學家錢三強在1968年被批判為“走資本主義道路的當權派”和“特務”。錢學森有一些政治權力並和領導層關係良好，但這也不能保證他免受攻擊：他出身於富裕的家庭，在敵對國家度過了二十年，並且娶了一個國民黨高官的女兒。
即使錢學森的家庭出身清白，來自於普通農民家庭，還是不能保證他沒有危險。他的同事郭永懷出身於可靠安全的農民家庭，但在1968年12月的一個雨天，他因飛機失事而喪生。經驗不足的飛行員誤讀了空中交通管製人員的信號，使飛機著陸的時候發生傾斜而爆炸起火，機上人員無一幸免。郭永懷的女兒後來說，這起事故主要原因是文革期間推行的政策使得不稱職的人占據了重要崗位。
回首這些不堪的往事，錢學森看到了同樣的命運也可能會落到自己頭上。他有許多朋友被關進過牛棚。有些朋友受到了折磨。羅時鈞，1951年在加州理工學院獲得航空學博士學位，錢學森是他的論文導師，他不僅眼看著妻子被她的同事逼得自殺，他本人也被紅衛兵關押在辦公室裏，近一年的時間裏被嚴重剝奪睡眠。這些人不分日夜審訊他，指控他是美國間諜，在他試圖睡覺時一巴掌將他打醒，以至於他神情恍惚產生幻覺。羅時鈞幸運地活了下來，回到了被抄過的家中，他的孩子們過著像被捕獵的動物一樣的生活。
錢學森在多年後說：“如果不是周總理在十年動亂的歲月裏，費盡心力保證我的安全，恐怕今天我已不在人世了。”（本文譯者注：這是1991年10月16日，國務院、中央軍委授予錢學森“國家傑出貢獻科學家”榮譽稱號時，錢學森在授獎儀式上的講話。）
鄧小平掌權時期
1975年1月，毛澤東任命鄧小平為中國人民解放軍總參謀長兼中央軍委副主席。同年，鄧小平的主要支持者之一張愛萍也得到提升，並被任命為國防科學技術委員會主任，這使他成為了錢學森的上司。
但是到那年晚些時候，毛澤東開始覺得鄧小平和周恩來在設法消除他在文化大革命中所取得的一切成就。到11月底，毛澤東轉而反對鄧小平，鄧小平被罷黜，遭到公開批判。
在鄧小平失勢之時，錢學森在一次高級黨委會議上發言批判張愛萍，他指控張幫助鄧小平搞複辟。他還寫了一張大字報批判張愛萍，貼在北海公園附近的國防科委大樓裏。錢學森在大字報中揭發了1960年代他陪同張愛萍前往導彈發射場事發生的事。當時張愛萍似乎曾指著地圖說：“這是蒙古。它曾經是中國的領土。”錢學森想用這句話來指控張愛萍是民族沙文主義者，他想把蒙古從蘇聯手中奪回來。這張大字報，被原原本本地轉抄傳遍了北京。
1976年1月8日周恩來去世後，鄧的處境更加惡化。在當局試圖撤除天安門廣場上悼念周恩來的花圈時，發生了十萬人的暴動，有數百人被捕，鄧小平立即被指控為騷亂的後台。當時，毛澤東正式罷了鄧小平的官，撤銷了他的所有職務，隻保留了他的黨籍。四人幫的支持者再次在七機部內發動了批判鄧小平和張愛萍的運動。有些幹部受到迫害，員工隊伍發生分裂，整個七機部陷入混亂。
毛澤東於1976年9月9日逝世。在五天的哀悼期間，錢學森曾擔任了毛的守靈人。 1976年9月16日，《人民日報》發表了錢學森寫的一篇文章，題為“終身不忘毛主席的親切教誨”。文章頌揚了毛澤東及其對自己的影響，文章中說：“毛主席把我從在外國的困境中拯救出來，又親手把我引上了革命的道路，從舊的傳統觀念的束縛中解放出來。”他還嚴厲批判了劉少奇、林彪和鄧小平，稱他們為“我們要走革命道路的科技人員的死對頭”。
錢學森很快將會意識到，這篇文章是一個可怕的錯誤。 10月6日，軍方對“四人幫”發動了一場政變，逮捕了毛的遺孀和她的盟友，把一切可以想象的政治罪名加到他們的頭上。雖然毛澤東選擇的接班人是來自湖南的黨的總書記華國鋒，鄧小平迅速第二次複出，其速度驚呆了錢學森，鄧在1978年3月成為中國共產黨的主席。〔本文譯者注：鄧小平1977年7月恢複中國共產黨中央委員會副主席的職務，1978年3月當選為中國人民政治協商會議第五屆全國委員會主席。〕
錢學森急忙地修補他的政治地位受到的損害。他聲明效忠於鄧小平新政權，並譴責了“四人幫”。 1977年7月，《紅旗》雜誌發表了他的文章《科學與技術》，文中寫道：“‘四人幫’當然反對我們趕超世界先進水平。”他在《經濟管理》雜誌上指責林彪和“四人幫”使得中國仍然是世界上最貧窮的國家之一。
對錢學森來說，不幸的是，鄧小平的複出使張愛萍重新獲得了權力，再次成為錢學森的上司。一位工程師說：“對於錢學森來說，給張愛萍貼的那張大字報真是莫名其妙，” “如果他要批判張愛萍，他隻要照抄報紙上的批判稿就行了，他本該隨大溜，人雲亦雲。人們聽過後也就忘了。錢學森的問題是他喜歡標新立異，這麽一來，人們會永遠記住他這些話。”
主要因為錢學森對鄧小平和張愛愛萍的批判，他開始失去在中國導彈體係中的權力。傑出的科學史家和民主活動家許良英推測道：“我相信1976年以後，錢學森日子不好過。”錢學森的地位慢慢地被架空，在重要會議上受到尊敬，但一般不受重視。在1970年代後半期，由張愛萍主持新的導彈研發計劃，導彈科學家們注意到漸漸地，錢學森在會議上被人們回避，受到年輕而更有權的同事冷落。他會坐在會議室裏，目光呆滯，設法不理睬對他的嘲諷。“如果你那時見他，會發現他的心情不很愉快。” 導彈科學家、後來叛逃到美國的華棣如此回憶， “他的心情一點也不好。他在會議上變得非常沉默寡言。”
“文化大革命”結束後，在鄧小平的領導下，中國逐漸從動亂中恢複過來。長期停滯不前的科學與工業建設在20世紀70年代末重新開始。錢學森的家庭也恢複了正常。錢永剛參了軍，錢永真被上海軍醫大學錄取。蔣英重回中央音樂學院，繼續授課並將外國音樂介紹到中國來。
錢學森開始對許多事情產生興趣。20世紀70年代末到80年代，他擔任了多家科普雜誌的顧問和科學協會的名譽會長，替航空雜誌寫卷首語，親手給自己的崇拜者回信。他對不同話題發表自己的意見，滔滔不絕地談論針灸和沼氣，並敦促將對不明飛行物的研究納入到地理教學中去。他還提議，建立研究垃圾回收係統的特別國家委員會。他盛讚中國女性，認為她們的智力一點兒都不比男性遜色。（以上二段被歸入中信版譯本的第二十四章，成為該章倒數第四、第三段。）
錢學森也成了中國政府的代言人，讚揚社會主義的美德。1981年7月25日，他在人民大會堂舉行的一次會議上宣布：“我們不能不大聲說，中國共產黨是偉大、光榮、正確的黨。”他把中國科學的進步歸功於社會主義製度。他說起社會主義就像一個新皈依宗教的人一樣真誠和熱情。比起馬克思主義和毛澤東思想，他自己的思想極為渺小，就像“大海中的泡沫”一樣微不足道。同時，錢學森強調，中國人並不遜色於西方強權。在1982年9月4日的第十二屆全國人大會議上，錢學森說中國核武器的研發證明中國人“絕對不笨”。三個月後，他在全國人大的一次小組會上發表講話，聲稱中國人一點也不比西方人差。
錢學森的這些宣傳性講話，毫不令人驚訝，但是他的講話觸及到超自然現象領域，就讓人吃驚了。1979年，他在頗具爭議的超感官知覺（ESP）這個問題上表了態，從而在全國引起了激烈的爭論。爭議始於一個中國西南四川省的十二歲男孩唐雨，他聲稱能閱讀放在耳朵後麵的紙上的文字。報紙報道說，這個男孩有超感官的知覺，可以“聽到”寫在紙上的文字，而四川省領導楊超則相信這個孩子的說法。突然間，全國各地也紛紛發現具有ESP的人。讓人聯想起在這同一十年中席卷美國的UFO狂潮。
錢學森在《科學與技術》雜誌上的一篇文章中指出，在全國各地發現了將近一千名具有ESP的青少年。他說，也許ESP與氣功這種古老而神秘的中國康複藝術有聯係。錢學森推測，最著名的中醫師可能都是氣功大師。他敦促政府投入更多的資源進行大腦的研究，以便了解更多有關ESP，氣功和針灸的知識。錢學森宣稱，這項研究可能是科學的下一個重大突破。
錢學森在加州理工時的學生，現在是斯坦福大學的航空學教授範·戴克（Milton van Dyke），親眼目睹了錢學森對於這個課題熱情。在1970年代末或1980年代初的某個時候，範·戴克有機會親自在酒店會見了錢學森。他回憶說，錢學森拿一張紙，在紙上寫下一個名字或數字，然後將它舉到他頭上。他告訴範戴克，一個小男孩能夠“聽到”這些字。範·戴克說：“坦率地說，我感到驚訝。” “我差一點跟錢先生說，恐怕你在北京有魔術師吧？但是我沒有說出來。”
加州理工學院人們熟知的錢學森，那個除了數學證明或科學事實外，對其他任何事物都不能容忍的人，今天變成了什麽樣的人？ “真是截然相反，與我記憶中的他如此不同，”他從前的學生亞當森（Thomas Adamson）聽到錢學森癡迷於ESP的故事時說，“當年在他身邊，永遠都是‘除非你能寫出來或證明出來，否則都是廢話！’” 錢學森的行為使他從前的熟人感到困惑。他們想知道，他瘋了嗎？還是老糊塗了？可能被中國政治壓垮了？在他們眼裏，隻有一件事是確定的：加州理工學院的人們曾經愛過、恨過或恐懼過的錢學森永遠消失了。
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