中華人民共和國在1949年10月成立後，錢學森立即向美國移民局提出了入籍歸化的申請[10][11]。由於美國在1950年麥卡錫主義盛行，反共思想高漲，而FBI又從美國共產黨的文件中發現錢學森曾與周恩來特使接觸以及參加過共產黨外圍組織的一些活動。於是駁回其入籍申請，並禁止其參加機密工作。[12][13]錢學森無法繼續他的研究。兩星期後錢學森先告知學校其去中國探親數月之意願，學校並無異議且願意配合。但是當時海軍部次長丹·金波爾知道後，認為以錢學森涉及美軍機密工作之深，在當時中美蘇關係惡劣狀況之下，應設法勸阻其訪中為宜。聯邦調查局僅憑錢學森早年參加過的共產黨組織社交餐會出席人士名單，指控他在入籍申請中故意否認曾加入共產黨外圍組織不報。司法部藉“偽證”罪吊銷他的機密工作許可並將他驅逐出境。[14] 美國司法部於於1950年8月30日將錢學森臨時收押在特米諾島（Terminal Island）的監獄裏15天[15][16][17][18]。由於加州理工學院的不懈努力和抗爭，錢學森很快被取保候審。為了避免被驅逐出境，錢學森重金聘請紐約市知名辯護律師Grant Cooper代表出庭，與美國移民局展開了長達5年的法庭鬥爭。[19] 金波爾知道司法部的行動後也表示震驚：“我的意思不是要逮捕他，太可怕了，他不是共產黨，我們不應當監禁他。”[20]“這是這個國家幹過的最蠢的事。他不是共產黨正如我不是共產黨，而我們強迫他離開了。”[21] 錢學森的移民上訴案件直到1954年才被判敗訴。在上訴五年期間，錢學森隻能涉及一些基礎學科的研究與教學。聯調局認為錢學森所知的機密信息五年後就會變得過時而沒有用處。他在這段時間裏完成了工程控製論的研究。錢學森後來幽默地說，“不讓我做研究，我會在這裏（用手指頭）發展”。在中美關係正常化後，錢獲頒傑出校友獎受到加州理工學院邀請，但卻因美政府遞解出境令仍然有效而無法入境。該獎項後於2001年由加州理工學院好友法蘭克·馬波教授及夫人送達錢學森家中（馬波教授於1955年錢學森離美時親自去洛杉磯港口送行）。[22] 航空週刊在提名錢學森為2007風雲人物的專文，對這段歷史的記述也大致吻合。
所以中國宣揚的所謂他的愛國而選擇回國是不真實的.他沒有選擇而已.錢對美國恨之入骨也是因為這件事情.錢的回國對他個人當然是名利雙收的,名聲遠大過實際做的貢獻.比他貢獻大的鄧稼先,朱敏等人都沒他命好.不過他回國最大的代價是他的子女.他的一雙子女如果呆在美國,估計成就不比他們錢家前幾年得諾貝爾獎的那位差.錢的女兒遠走海外,再也沒回國,父親去世也沒有出來說過一句話.
所以中國宣揚的所謂他的愛國而選擇回國是不真實的.他沒有選擇而已.錢對美國恨之入骨也是因為這件事情.錢的回國對他個人當然是名利雙收的,名聲遠大過實際做的貢獻.比他貢獻大的鄧稼先,朱敏等人都沒他命好.不過他回國最大的代價是他的子女.他的一雙子女如果呆在美國,估計成就不比他們錢家前幾年得諾貝爾獎的那位差.錢的女兒遠走海外,再也沒回國,父親去世也沒有出來說過一句話.
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