薄層色譜是化學的一種分離和分析方法，也是現代有機合成、高分子材料分離與解析的重要方法。結合柱分離的薄層色譜技術能夠具有充分的實戰意義。
薄層色譜方法原理
薄層色譜是一種微量分析的分離過程，它將樣品點在以玻璃板或鋁、塑料等片材為載體的多孔吸附劑薄層的固定相上,利用流動相在特定的展開室中將混合物中的組份推移到不同距離處，在色譜展開整個過程中，樣品的成份受到正反不同的力的作用。
1、 流動相利用毛細管力帶著樣品穿過固定相；
2、樣品與固定相的相互作用是指組份在移行過程中由於偶極 -（誘導） - 偶極相互作用，氫鍵和範德華力的作用而產生不同程度的延緩、吸附、分散、離子交換和絡合等分離機理。
由於樣品組份與流動相和固定相之間的相互作用力程度不同，整個毛細管流動過程中分離運動都在進行。基於這點，TLC係統（流動相和固定相）必須與樣品很好地匹配。
用顯色試劑處理，許多組份可在日光或紫外燈光下檢視。色譜可用肉眼或使用光密度計和照相機記錄或影像係統方法來評價。
薄層色譜設備：薄層板
薄層色譜使用的設備：薄層板
1、手工自製板
1）、玻璃板的要求：用於製備薄層板的玻璃板要求表麵光潔、平整，最好使用厚薄1~2mm的優質平板玻璃，普通窗玻璃一般不宜用於製作薄層板，玻璃板需洗淨至不掛水，晾幹，貯存於幹燥潔淨處備用。玻璃板反複使用時，應注意經常用洗液及堿液清洗，保持玻璃板麵的光潔是保證薄層板質量的最基本要求。
2）、製作方法:除另有規定外，將1份吸附劑加適量的水（如1份矽膠G一般加3份水），在研缽中用研杵沿一個方向小心研磨至成均勻的有適當粘稠度的膠漿,立即傾入塗布器中,均勻地向前推進塗布在玻璃板上;或按照不同塗布器的規定操作塗布;塗布好的薄層板於室溫下在水平台上晾幹,再在規定的溫度(一般為105℃~110℃)下烘約30分鍾活化,貯於幹燥器中備用。薄層板的厚度一般為0.25~0.5mm.。
2、商品化供應的預製板和高效板
1）、板的尺寸
20x20cm 10x20cm 20x10cm 10x10cm
TLC/HPTLC預製板有不同的規格供應。常用的尺寸為20 x 20，10 x 20，20 x 10，或10x 10 cm。使用的規格取決於TLC或HPTLC的類別和樣品的數目。
3、 TLC/HPTLC板的預洗及活化
一般來說，色譜板應用溶劑如氯仿-甲醇(8:2)，甚至用更強的洗脫溶劑的混合物進行預洗。具體操作可通過空白色譜展開來實現。色譜板預洗完後,應在105?C加熱1小時進行幹燥，再在室溫下置放至少2小時（需采取保護措施以防止實驗室空氣中的汙染物重新附著在其上麵，如放置在空的幹燥器中）。
薄層色譜操作及其關鍵點
薄層色譜操作
1、點樣：除另有規定外，用點樣器點樣於薄層板上，一般為圓點，點樣基線距底邊2.0cm，點樣直徑為2-4mm，點間距離約為1.5-2.0cm，點間距離可視斑點擴散情況以不影響檢出為宜。點樣時必須注意勿損傷薄層表麵。
2、 展開：展開室如需預先用展開劑飽和，可在室中加入足夠量的展開劑，並在壁上貼二條與室一樣高、寬的濾紙條，一端浸入展開劑中，密封室頂的蓋，使係統平衡或按正文規定操作。將點好樣品的薄層板放入展開室的展開劑中，浸入展開劑的深度為距薄層板底邊0.5—1.0cm（切勿將樣點浸入展開劑中），密封室蓋，等展開至規定距離（一般為10—15cm），取出薄層板，晾幹，按各品種項下的規定檢測，如需用薄層掃描儀對色譜斑點作掃描檢出，或直接在薄層上對色譜斑點作掃描定量，則可用薄層掃描法。薄層掃描的方法，除另有規定外，可根據各種薄層掃描儀的結構特點及使用說明，結合具體情況，選擇吸收法或熒光法，用雙波長或單波長掃描。由於影響薄層掃描結果的因素很多，故應在保證供試品的斑點在一定濃度範圍內呈線性的情況下，將供試品與對照品在同一塊薄層上展開後掃描，進行比較並計算定量，以減少誤差。各種供試品，隻有得到分離度和重現性好的薄層色譜，才能獲得滿意的結果。
薄層層析操作關鍵點
1、鋪板
鋪板用的勻漿不宜過稠或過稀：過稠，板容易出現拖動或停頓造成的層紋；過稀，水蒸發後，板表麵較粗糙。勻漿配比一般是矽膠G:水=1：2～3，矽膠G:羧甲基纖維素鈉水溶液=1:2。研磨勻漿的時間，根據經驗來定，與空氣濕度有關，一般通過拿起研棒時勻漿下滴的情況來判斷，越稠越難下滴。勻漿的稀稠除影響板的平滑外，也影響板塗層的厚度，進一步影響上樣量。塗層薄，點樣易過載；塗層厚，顯色不那麽明顯。通常，板的質量對薄層鑒別的影響不是很大，影響最大的是展開劑的配製和展開係統的飽和。
2、點樣
盡量用小的點樣管。如果有足夠的耐性，最好隻用1微升的點樣管。這樣，點的斑點較小，展開的色譜圖分離度好，顏色分明。樣品溶液的含水量越小越好，樣品溶液含水量大，點樣斑點擴散大。樣品溶液的溶劑一般是無水乙醇、甲醇、氯仿、乙酸乙酯。點好樣的薄層板用電吹風的熱風吹幹或放入幹燥器裏晾幹。
3、展開劑配製
選擇合適的量器把各組成溶劑移入分液漏鬥，強烈振搖使混合液充分混勻，放置，如果分層，取用體積大的一層作為展開劑。絕對不應該把各組成溶液倒入展開缸，振搖展開缸來配製展開劑。混合不均勻和沒有分液的展開劑，會造成層析的完全失敗。各組成溶劑的比例準確度對不同的分析任務有不同的要求，盡量達到實驗室儀器的最高精確度，比如：取1ml的溶劑，應使用1ml的單標移液管，移液管應符合計量認證要求，盡管多數時候這不是必須的。
5、展開係統的飽和
一般使用的是雙槽的展開缸，一槽用來放展開劑，另一槽可加入氨水或硫酸。把待展開的板放入兩槽間的平台，斜架著，蓋上展開缸的蓋子。讓展開劑的蒸氣充滿展開缸，並使薄層板吸附蒸氣達到飽和，防止邊沿效應，飽和時間在半個小時左右。展開時難免要打開蓋子把薄層板放入展開劑中，不過對薄層板與蒸氣的吸附平衡影響不大，當然動作應該盡量輕、快。
6、溫濕度的控製
溫濕度對薄層影響都很大。不凍結的前提下，通常溫度越低分離越好，較難的分離需在低溫下分離，例如人參皂苷。濕度的影響，估計主要是影響薄層板的吸附能力，導致選擇性（容量因子）的變化，濕度應根據實際情況確定。溫度控製使用空調器或冰櫃，濕度控製是通過在另一展開槽放置相應濃度的硫酸。
7、顯色
噴顯色劑顯色最重要是有好的霧化器。
薄層色譜關鍵問題解讀
薄層色譜關鍵問題解讀
1、怎樣提高點樣效率？
點樣是造成TLC定量誤差的主要來源。實驗證明：定量毛細管更適合較小體積的點樣；微量注射器更適合較大體積的點樣。這主要是因為微量注射器受小氣泡、溶液回爬現象的影響較大。為避免不同定量毛細管理體製的占樣誤差，建議一塊薄層板上最好用同一隻定量毛細管。但應注意更換樣品時，應將毛細管用超聲波或不同極性溶課劑清洗幹淨。在製備樣品時，溶樣溶劑黏度不能過高，以便於點樣；溶劑沸點過低則進樣體積易變，過高則會改變展開劑組成；對樣品溶解度過高會使樣點發生空心現象，常用的溶劑為甲醇、乙醇、丙酮。經典TLC樣點原點一般為直徑3mm點間距離1-2cm底邊距離1.5cm；HPLC樣點原點一般為直徑1mm點間距5mm底邊距1cm。
2、展開劑的選擇
TLC與HPLC相比，一個突出的優點就是流動相的選擇具有更大的靈活性，流動相的選擇的目的是使絕大部分樣品的Rf值位於0.1－0.7之間並達到較好的分離，與此對應的是流動相要有適當的強度和組成。流動相強度越大，溶質Rf值越大，但很可能降低分離能力；另外單一溶劑很難分離較複雜的混合物、根據相似相溶原理，要使用多元溶劑體係。一般展開劑體係選擇如下：根據分離樣品性質、薄層色譜板性質選擇一個二元溶劑體係，通過調節溶劑比例以尋求適合Rf值，適合的Rf值找到後，再尋求極性參數相同的二元溶劑體係兩個，以這三個組成為三點組成一個三角形，則可看到：三角形頂點是二元體係，邊是三元體係，三角形內是四元體係，並且極性一致，可根據幾何原理得出任一點組成，這種方法較為直觀，也較簡單。
3、TLC的通用顯色方法
理想的顯色希望靈敏度高，斑點顏色穩定、斑點與背景間的對比度好，斑點的大小及顏色的深度與物質的量成正比，在樣品組成並不完全已知的情況下，通用顯色方法顯得尤為重要，通用顯色方法主要有：
1）、紫外照射法：方便、不破壞樣品；
2）、碘蒸氣法：通用性強，與紫外法結合靈敏度高於該兩法單獨使用；
3）、熒光試劑：製造熒光背景，使原來紫外下無熒光物質被鑒別，有熒光物質更明顯；
4）、硫酸溶劑：對絕大多數有機物有效，但有破壞性。
薄層色譜技術放大--柱分離操作
薄層色譜技術放大--柱分離操作
1、裝柱
裝柱子（添矽膠）時，常用的有兩種方法：即濕法裝柱和幹法裝柱，二者各有優劣。不論幹法還是濕法，矽膠（稱為固定相更為廣義）的上表麵一定要平整，並且矽膠（固定相）的高度一般為15cm左右（長度沒有絕對之說，根據自身情況而定，製備的大柱可以長達一米），太短了可能分離效果不好，太長了也會由於擴散或拖尾導致分離效果不好。
濕法裝柱是先把矽膠用適當的溶劑拌勻後，再填入柱子中，然後再加壓（土方法可以用養魚的氧氣泵加壓或是用氮氣，當然不加壓也可以）用淋洗劑"走柱子"，本法最大的優點是一般柱子裝的比較結實，沒有氣泡。（我一般都用濕法裝柱）
幹法裝柱則是直接往柱子裏填入矽膠，然後再輕輕敲打柱子兩側（濕法也要敲的，效果好點），至矽膠界麵不再下降為止，然後再填入矽膠至合適高度，最後再用油泵直接抽，這樣就會使得柱子裝的很結實（一般柱子不敢用油泵抽，怕把柱子抽裂了）。接著是用淋洗劑"走柱子"，一般淋洗劑是采用TLC分析得到的展開劑的比例再稀釋一倍後的溶劑。通常上麵加壓，下麵再用油泵抽，這樣可以加快速度。幹法裝柱較方便，但最大的缺陷在於"走柱子"時，由於溶劑和矽膠之間的吸附放熱（可以用手摸柱子明顯感覺到）（梯度洗脫時，濕法裝柱也會出現該情況，比較不好處理，可以緩慢改變溶劑，且置於通風處），容易產生氣泡，這一點在使用低沸點的淋洗劑時如乙醚（用乙醚最最明顯），二氯甲烷更為明顯。雖然產生的氣泡在加壓的情況下不易察覺，但是，一旦撤去壓力，如在上樣、加溶劑等操作的時候，氣泡就會釋放出來，嚴重時，整個柱子變花，樣品不可能平整地通過，當然也就談不上分離了。解決的辦法是：
第一、矽膠一定要壓結實；
第二、 一定要用較多的溶劑"走柱子"，一定要到柱子的下端不再發燙，恢複到室溫後再撤去壓力。
也有介紹在矽膠的最上層填上一小層石英砂(我一般墊張濾紙，撒上石英砂，再放些棉花)，防止添加溶劑的時候，使得樣品層不再整齊。但我的感覺是如果小心上樣，添加溶劑，則沒有這個必要。
2、上樣
上樣也有幹法和濕法之分：
幹法（也稱矽膠製沙）就是把待分離的樣品用少量溶劑溶解後，在加入少量矽膠，拌勻後再旋去溶劑。如此得到的粉末再小心加到柱子的頂層。幹法上樣較麻煩，但可以保證樣品層很平整。（我一般喜歡用這種方法，除非不能用）
濕法上樣就是用少量溶劑（最好就是展開劑，如果展開劑的溶解度不好，則可以用一極性較大的溶劑，但必須少量）將樣品溶解後，再用膠頭滴管轉移得到的溶液，沿著層析柱內壁均勻加入。然後用少量溶劑洗滌後，再加入。
濕法較方便，但不溶劑讓其完全被矽膠均勻吸附，不容易跑的很平整。
柱層析關鍵在於柱子是否裝好（這是最大影響因素）和淋洗劑是否選擇恰當。而淋洗劑的選擇則是通過TLC確定。這裏要指出的一點是：TLC（作用還是很大的）的作用除了跟蹤反應進程，檢測試劑和原料純度外，一個重要的用途就是為柱層析選擇適當的淋洗劑。
上樣完畢後，接著即用淋洗劑淋洗。淋洗劑一般采用TLC分析得到的展開劑的比例再稀釋一倍後的溶劑。由於層析柱和薄板的不同，即使兩者使用的矽膠都相同，但是在把TLC分析得到的展開劑用在柱層析時，也顯得極性偏大，所以要稀釋一倍，但又不能稀釋太多，否則成了靠擴散作用來分離，效果也不會好。（這一點很實用，不過有些特殊情況也不一定，如果要保險可以先做根小柱子跑一下，這樣最安全，就是花點時間）
3、收集
主要依靠TLC（據說國外有石英柱，直接用熒光燈照能看出來，不過太貴了，在國內不一定適用），需要切記的是：
第一、某種樣品在這種展開劑中隻顯示一個點，並不等於在別的展開劑中也隻顯示一個點。因此在尋找展開劑時，多嚐試幾種比例不同，成分不同的展開劑。展開劑的極性太小，點分不開，極性太大，也分不開.一般以目標產物的Rf值在0.3左右為最佳。
第二、點不能點得太濃（在最後時應該點的濃點，這樣看看有無收盡產品）,否則容易重疊,不易判斷,因為如果兩個點相近的話,一濃就變成一個點了。
第三、板上點的展開的清晰程度和溶劑的極性和物質在該溶劑中的溶解性有關，隻有兩者比較合適才能有一個交好的分離效果。
選擇適當的展開劑是首要任務.一般常用溶劑按照極性從小到大的順序排列大概為：石油迷<己烷<苯<乙醚 展開劑的比例要靠嚐試。
一般根據文獻（這是首選）中報道的該類化合物用什麽樣的展開劑，就首先嚐試使用該類展開劑，然後不斷嚐試比例，直到找到一個分離效果好的展開劑。
很多時候,展開劑的選擇要靠自己不斷變換展開劑的組成來達到最佳效果。不行可以嚐試兩兩混合，三者混合，一般把兩種溶劑混合時,采用高極性/低極性的體積比為1/3的混合溶劑,如果有分開的跡象,再調整比例,達到最佳效果，如果沒有分開的跡象，最好是換溶劑。
在利用TLC跟蹤反應時，在點板的時候往往是反應體係的混和溶液點一個點A，每種難揮發的原料各點一個點B,C, D等等，然後所有的原料和反應體係的混合溶劑再共同點 一個混合點X，這些點在板上的位置如圖所示：A X B C D
這樣的好處是展開後可以清楚地看見每個點的位置，把A這個點展開後的各個層份的 點與B,C,等原料比較，從而判斷原料消失沒有，點混合點X的目的在於，方便觀察，因為有時候，板展開後，各點的位置有些變形，或者由於邊緣效應等等，使得判斷不易。（我喜歡用小板，跑的快，很快見到結果，為了避免小板的邊緣，用機器板較好）
利用TLC判斷物質的純度時，如果不能完全確定，可以再結合其他檢測手段，如NMR，因為某種樣品在這種展開劑中隻顯示一個點，並不等於在別的展開劑中也隻顯示一個點。
但有趣的是，由於H-NMR可鑒別 的純度也就在95%左右，有時候H NMR現示較純的東西，一點板就會發現有幾個點。所以，兩者要結合使用。如果有標準品或是以前做過的，對個對照最方便。
薄層色譜技術放大--柱分離操作五大技巧
根據多年來使用柱層析的操作經驗，本文總結了在使用柱層析時的幾個技巧：
初做柱層析很容易把柱子裝得長了或短了，有時還會有大量的矽膠剩餘，浪費矽膠，這主要是對矽膠等固定相的使用的量沒有掌握。柱層析用的矽膠一般是 100-200 目，100 毫升矽膠的質量在47 克左右，如果裝一個直徑是 2.8 厘米的柱子，可以裝 18 厘高。
為了避免浪費矽膠和溶劑，最初學習裝柱時最好對實驗室中各種不同規格的柱子摸摸底。方法很簡單：用量筒量出 100 毫升幹矽膠， 直接倒入各種規格的柱子中，敲實，用刻度尺量出矽膠在柱子中的高度，這樣就可以做到心中有數了。
一般在裝柱的時候可以根據實驗所需柱子的高度來調整矽膠的使用量，這樣就可以大大地節省矽膠的使用，避免造成沒有必要的浪費。稱量矽膠時一般稱30~70倍於上樣量， 如果極難分， 也可以用100 倍量以上的矽膠。
洗脫劑的極性可用薄層層析來確定，一般以待分離樣品 Rf 值為 0.2-0.3 為宜。選擇的洗脫劑應該使兩相鄰物質 Rf 值之差最大化。不要認為在板上爬得高分離的效果就比較好，如果 Rf 在 0.6，即使相差 0.2 也不容易在柱子上分開，因為柱子是一個多次爬板的過程，可以通過公式的比較：0.6/0.8 一次的分離度，肯定不如（0.2/0.3） 的三次方或四次方大。
有時雖然在薄層板上看到分離的效果很好，但過柱層析時還是很難分開。這主要的原因就是薄層層析用矽膠比柱層析用矽膠要細得多，所以分離效果好。
解決的辦法就是降低洗脫劑的極性，一般柱層析用洗脫劑比薄層層析用的展開劑極性要再降低一倍可以達到比較好的分離效果。當所分離物質極性跨度較大時， 可用采梯度洗脫的方法， 即逐漸增加溶劑的極性，使吸附在矽膠上的不同化合物逐個洗脫下來。
常用的展開劑極性小的用乙酸乙酯：石油醚係統；極性較大的用甲醇：氯仿係統；極性大的用甲醇：水：正丁醇：醋酸係統；拖尾可以加入少量氨水或冰醋酸。對於很難分離的化合物，一是增加柱子的長度和直徑，二是減小洗脫劑的極性，這樣可以很好地將混合物分開。
在同樣能洗脫的情況下，盡量使用毒性小的洗脫劑。例如，乙酸乙酯：石油醚係統和二氯甲烷：石油醚係統， 在同樣都能洗脫的情況下，應該用毒性小的乙酸乙酯：石油醚係統。
另外洗脫劑在過柱子後最好也回收使用，一方麵環保，另一方麵也能節省部分經費，缺點是要消耗一定的人工。
這裏要注意的是，一般在過柱同時進行的是減壓旋蒸，混合溶劑的比例由於揮發度的不同會導致極性的變化， 一般會使得極性變大，在梯度淋洗時比較合適。還有一般回收的溶劑中會有少量水分，使用前先要用幹燥劑幹燥好才能使用。
柱層析的裝柱非常重要，裝柱的效果會直接影響層析分離效果。有濕法裝柱和幹法裝柱等兩種方法。濕法裝柱很簡單，使用也最普遍， 就是先用比固定相多一倍的洗脫劑將固定相活成勻漿，柱子底部先用脫脂棉塞緊， 然後倒入洗脫劑將脫脂棉中氣泡趕出。
用漏鬥將活好的固定相倒入柱子中， 打開底部活塞， 將柱子中高出固定相的溶劑放出。期間不斷用橡皮棒敲打， 將固定相敲實， 做到密實均勻無氣泡即可。
很多時候用加壓的方法可以很高效地裝好柱子，而且在柱子中沒有氣泡產生。
幹法裝柱與濕法裝柱剛好相反的是，它是將幹燥的吸附劑從柱子上端直接加入到一個空的柱子中， 然後用油泵抽柱子底部， 相當於減壓過柱， 直到柱子變得很結實， 再用淋洗劑“走柱子” 。
幹法裝柱的一個缺點就是在裝入洗脫劑後， 由於溶劑和固定相之間的吸附放熱， 所以柱子容易變花，影響分離效果。
解決的方法是：
（1）、固定相一定要添加結實；
（2）、一定要用較多的溶劑“走柱子”，直到柱子的下端不再發燙， 恢複到室溫後再撤去壓力。無論使用哪種方法裝柱，最後都要求所裝的柱子結實、勻稱、無氣泡。
上樣也有濕法和幹法之分：濕法一般用淋洗劑溶解樣品， 也可以用二氯甲烷、 乙酸乙酯等， 但溶劑越少越好。再用膠頭滴管轉移得到的溶液，沿著層析柱內壁緩慢地均勻加入。
在不用海沙的情況下， 盡量不要破壞矽膠麵。加樣後， 打開柱底活塞， 讓固定相充分地吸附所加樣品。然後再加入一些洗脫劑，再充分地吸附後將一團脫脂棉塞至接近矽膠表麵。
然後就可以放心地加入大量洗脫劑， 而不會衝壞矽膠表麵。很多樣品在上柱前是粘乎乎的， 一般沒關係。有的時候上樣後在矽膠上又會析出，這一般都是比較大量的樣品才會出現， 是因為矽膠對樣品的吸附飽和， 而樣品本身又是比較好的固體才會析出， 這就需要先重結晶樣品， 得到大部分的產品後剩餘的產品再柱分。
如果不能重結晶也沒關係，直接過柱就行， 樣品會隨著淋洗劑流動而慢慢溶解， 最後隨著洗脫劑流出。有些樣品溶解性差，能溶解的溶劑又不能上柱（比如 DMF，DMSO等， 會隨著溶劑一起走， 顯色是一個很長的脫尾） ， 這時就必須用幹法上柱了。
幹法過柱是把待分離的樣品用少量溶劑溶解後，在加入少量矽膠， 拌勻後再旋去溶劑。一般樣品和矽膠按 1：1 的量混合， 矽膠使用的量也可以少一些， 但是要保證在旋幹後， 不能看到明顯的固體顆粒，讓樣品都吸附在矽膠的表麵上。然後小心地加入到裝好的柱子中， 加入洗脫劑洗脫。
柱層析按過柱時的壓力可以分為：加壓， 常壓， 減壓。壓力可以增加淋洗劑的流動速度， 減少產品收集的時間， 但是會減低柱子的塔板數。所以其他條件相同的時候，常壓柱是效率最高的， 但是時間也最長， 例如一些天然化合物的分離，有時一個柱子過幾個月也有可能。
減壓柱能夠減少矽膠的使用量，但是由於大量的空氣通過矽膠會使溶劑揮發， 有時會在柱子外麵有水汽凝結， 另外有些比較易分解的東西可能得不到， 而且還必須同時使用水泵抽氣， 噪音大， 時間長， 所以減壓過柱用得比較少。
加壓過柱是一種比較好的方法， 與常壓柱類似， 但用外加壓力可以使淋洗劑走的快些。壓力的提供可以是壓縮空氣，雙連球或者小氣泵 （用魚缸供氣的加壓泵就行）。特別是在容易分解的樣品的分離中很適用。
一般壓力不可過大，不然溶劑走的太快就會減低分離效果。因為加壓過柱效率高， 分離效果較好， 所以加壓過柱在普通的有機化合物的分離中是非常適用的。
一些低沸點溶劑裝柱時往往會在柱子中產生氣泡， 使柱子變花， 利用加壓過柱法在裝柱時就可以有效地解決這個問題， 而且可以使柱子很快裝實。
薄層色譜技術應用
薄層色譜應用：
1、定性鑒別
化學上經典的定性鑒別，例如經典的有機定性分析或經典的毒物分析，是利用各種化合物的溶解度不同和所含功能基的不同，用溶劑提取或用試劑處理，把它們分組或分為單一組分，然後作試管反應或點滴反應（顏色反應），或根據它們衍生物的理化性質進行定性鑒別。這種方法的缺點是樣品用量較大，分離手續麻煩，分析時間較長（幾小時或幾十個小時），並可能有雜質幹擾，現采用合適的展開劑和顯色劑在薄層上作為分離和鑒別，根據樣品中組分的值和顯色情況，同時用標準作對照，一般即能確證為某一化合物，用薄層色譜法定性，樣品用量小，分離方便，分離時間短（幾分鍾或幾十分鍾），檢出靈敏度高。例如，在毒物分析中檢驗是否巴比妥安眠藥中毒時，取胃內容物或尿樣品，先用鹽酸酸化後，用乙醚提取，乙醚提取液脫水，過濾蒸幹，溶於無水乙醇中，點在矽膠版上用氯仿無水乙醇（36：1）展開，用硫酸汞二苯偶碳酰肼試劑顯色，並用標準品對照，依次見出巴比妥，苯巴比妥，戊巴比妥和異巴比妥。鑒別速度快（1小時），這對於搶救中毒患者和及時為醫生提供治療方案極為重要。
2、化合物質量控製與雜誌檢查
藥品的純度，通常用熔點，吸光值等物理常數作為鑒定的指標。但是薄層檢查也是藥品質量控製和雜質檢查的一種有效方法，有時甚至比一般方法更有效。一些國家的藥典和藥品規範已經采用。方法是把一定量的樣品溶液（例如，相當於樣品10%）點在薄層上，用展開劑展開並顯色，同時用純品作對照，如果樣品不隻顯示出純品位置一致的一個斑點，則表示含有雜質。進一步可用薄層作雜質的限量檢查。在上例中，如果已經知道顯色劑對雜質的最小檢出量為0.1%，在薄層上點樣後不顯出雜質斑點，則雜質的量低於0.1%，或低於限度，也就是樣品的純度不低於99.9%。例如鎦體藥物的合成和精致工作中，常含結構類似的雜質，即按上述方法控製其質量和雜質的限量。
3、化學反應進程的控製
反應副產物的檢出以及中間體的分析，在化學反應進行到一定時間或反應終了時，把反應液取出作薄層分析，可以知道還剩下多少原料藥未起作用。方法是把反應液或其有機溶劑提取液點在薄層上，同時點原料作參比對照，看薄層上是否出現原料藥斑點。還可以用薄層檢查反應副產物。如果化學反應分步進行，則每一步反應的中間體的質量和產率也都可用薄層進行定性和定量。例如在合成強力黴素的過程中，需要中間體甲烯土黴素氫化物為脫氧土黴素。氫化反應是否完全，可用薄層檢查，如果反應完全，則反應釜中幾乎沒有或隻有極少量的甲烯土黴素存在，薄層板上隻顯示出一個脫氧土黴素，如果薄層板上有上下二個明顯的斑點，表示反應還沒有完全，尚需繼續還原，直到隻顯示出脫氧土黴素的一個斑點為止才能出料。
4、柱色譜法分離條件的探索
柱色譜法的實驗條件，例如選用什麽吸附劑和洗脫劑較好，各個組分按什麽順序從柱中洗脫出來，每一分洗脫液中是含單一組分或就含幾種沒有分開的組分等，都可以在薄層上進行探索和檢驗。薄層上所有的展開劑雖不完全照搬柱色譜法上，但仍有參考價值。
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