朱頭山

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中國新冠陽性者很多是假陽性!

(2022-01-27 17:46:08) 下一個

最近看到一個震驚的消息,中國的新冠PCR陽性閾值Ct設置在40, 而國際標準是30,整整少了(Ct值越大,病毒量越少)2^10, 也即很多按國際標準陰性的人,按中國標準是陽性。這也就是為什麽很多旅客在國外測定是陰性的,到了中國變陽性,這不但造成本人的旅程延誤,連帶航班也被熔斷,還有官司,在中國被測定陽性的人要告國外測定的機構。現在,這事又延燒到奧運會相關人員,很多運動員在國外測定陰性,進入中國複查陽性。

怎麽會這樣!到底是哪一方錯了?這些邊緣人,到底是假陽性,還是假陰性。

前幾天寫過一篇《統計學地看待疫情》https://blog.wenxuecity.com/myblog/70246/202201/27078.html, 認為對疫情放開的好處極大,壞處極小,這個論斷的出錯率在萬分之一以下(P<0.0001)。這被很多聽了不入耳的人辱罵,或者說我是文科生在班門弄斧賣弄統計學。統計學和生物學是我賴以為生的技能,不說是專家,也算professional。 PCR的CT值我也很熟悉,就來科普一下,由讀者來決定,到底是假陽還是假陰。

PCR技術,就是在一段核酸(DNA 或RNA)上用頭序列和尾序列兩個模板,在聚合酶和反複變溫的作用下,就能不斷合成這段核酸。原核酸的量越大,合成同樣量該段核酸所需的次數(cycles)越小,這個次數就是Ct值。Ct30比Ct40, 病毒載量多了1024倍, 比如有個病人,在國外需要有1024個病毒才算陽性,到了中國,有1個病毒就算陽性。

不熟悉檢驗科學的人,認為陽性就是絕對的有,陰性就是絕對的無,但在檢驗界,是不存在絕對的東西的,這受到檢驗技術的限製。最重要的兩個指標,就是敏感性和特異性,還有檢查的可行性。說得太深了不好理解,就舉個簡單的例子吧,如何鑒別男性和女性?

你會說,這還用檢驗,但讓你弄一個指標,讓計算機程序能分清男和女,還真的不容易!如果拿頭發長短做指標,是的,頭發長的多是女性,但特異性很差,男的也很容易養長頭發,隻要他願意。脫了褲子檢查,測定染色體檢查,特異性是好了,可行性就差了。於是有人提出用腰臀比例來測定,其特異性,敏感性,可行性都不突出,但比較平衡。

對新冠檢查,也需要一個在特異性,敏感性,可行性上比較平衡的適合於大規模檢驗的方法,於是口,鼻咽取樣定量PCR法就成了首選。以前一度有肛門取樣的做法,敏感性和特異性都很好,可惜可行性不好。

定量和定性又是檢驗學的兩個重要指標。比如決定黑白,讓人來決定定性,一目了然,但如果你讓機器來決定,一定得設置一個量機器才能懂,就如照相機裏的灰度測定值。所以現在即使是定性指標,也必須有量的設置。新冠測定也不例外,必須設置一個閾值,機器才能判定陰性陽性。

很多人以為All/None的事,其實都是一個連續體。比如癌症,其實每個人身上都有癌細胞,隻有達到一個閾值後,才是癌症病人。比如性取向,每個人都有多少不同的同性戀成分,加州要設立43個性別是有科學基礎的,隻能通過量化某個指標,才能決定誰是直男誰是勒死賓。曾有個啤酒廠宣傳其成品完全無甲醛,結果引出了一個行業潛規則,99%以上的啤酒裏都含有甲醛,隻要沒超過某個指標,就是合格的。

新冠的PCR測定,不可能得出零值,是不是那些非零值的,都是有新冠呢,不是的!那些非零值是背景,這就需要來validation, 方法是在標本裏加入病毒,來看這時的PCR值是多少。加少了病毒,PCR還是分辨不出,隻有加到了達到能實現明確分辨有無的程度的時候,這叫最小可測出量(LOD,limit of detection),達到了可測量多少的時候,叫LOQ.機器實現的LOD,LOQ還要來臨床驗證,證明這個量的病毒是否有臨床的意義,能夠引起感染。Ct30是經過這一係列嚴格的論證,既能被機器測出,也具有臨床意義的值。

那中國為什麽要把這個值提高1024倍呢?我也不知道,中國各地的領導都強調要做到萬無一失,我提到過的出錯率在萬分之一以下肯定是不夠的。領導也聽了專家的話,知道Ct30是個平衡的產物,並不等於不能再低。那我就把標準提高10(他不知道等於2的10次方),那豈不是更好,那才是萬無一失呢!

Ct40陽性的人中,當然包括Ct30陽性的人。但在那些Ct30陰性,Ct40陽性的人,很多人的檢測數據隻是背景信號,根本沒有感染,是假陽性病人,如果被隔離,被汙名,被驅逐出境,那他們真是比竇娥都冤!

https://www.wenxuecity.com/news/2022/01/27/11239023.html

 

 

 

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評論
朱頭山 回複 悄悄話 回複 '紅米2019' 的評論 : 我這麽舉例吧:我們有兩組,一組30歲以下,一組40歲以下,那第二組的人應該包括30歲以下和30-40歲的,是吧?然後我們比較傳染力,一組31%,二組16%,由於二組中有一部分是30歲以下的,也應該在31%左右,怎麽總數會下降一半呢,最合理的解釋是,二組中30-40歲的人根本沒傳染力,是假陽性。當然,你要解釋為30-40歲的人傳染力較弱也行,這個題目就有了兩種解釋,做個分層分析,單獨分析30-40歲的就能解決。最後,即使是第二種解釋為對,分組為40就能降低傳染率嗎?另外放棄決定閾值的經典方法,而采用如此小樣本的,相對不客觀的臨床分析研究來justify 一個重要的公共安全決策,也是不合理的。
紅米2019 回複 悄悄話 我理解這裏講的Ct值,應該是指對於一個樣品,測到高於本底的信號時所需的擴增次數。這樣每個樣品都有一個Ct值。你講的cut off Ct,則是達到這個擴增次數時,如果還沒有測到信號,就判定為陰性。這個cut off,一個實驗室應該隻有一個。
紅米2019 回複 悄悄話 至少那篇文章的數據不是這個意思,Ct小於30和大於30是兩個組,後者不包括前者。
香的花生米 回複 悄悄話 機器是死的,沒有一定的量它是讀不出來的。幾乎所有的檢測都是一個濃度問題,事實上人體沒法幹幹淨淨的,當然這也是證明一個事實,國內一直有病毒在傳播,要不莫名其妙的那些本土病列哪來的?所以最終人類隻能與病毒共存。
內務府 回複 悄悄話 秀才和兵辯論?
朱頭山 回複 悄悄話 回複 '紅米2019' 的評論 : 這是cut off, 卡在40的範圍更廣,包括了30的。所以40組是A(《30)+B(》30), 《30的都達到傳染31%, 40組的至少應該高於31%,結果反而低,這說明B沒有任何顯著增加傳染性的效用。這個試驗不說明卡在40能降低傳染率,而是說明卡在40完全沒有意義
紅米2019 回複 悄悄話 你的前半部分,我不做評論,因為我無法權衡兩種政策的利弊。我隻知道,中國那種做法,在美國肯定行不通。後半部分,我沒看懂。Ct大於30的肯定還是有造成傳染的,根據那篇論文。至於40,確實沒看到有傳染的。
朱頭山 回複 悄悄話 回複 '紅米2019' 的評論 : 這就像寧可錯殺一千,不可放走一個這種極端的措施一個道理,把社會成本,對人權的損害等等都置於不顧,整個社會隻盯著一個目標,即使能取得減少新冠感染率一點成就,又有何益?你舉的這個例子,恰恰說明CT》30的都是假陽性,因為CT40陽性的應該包括CT30陽性和大於30的一部分,是A+B, 如果》30的(B)也有傳染性,那這一組應該比單純的A傳染性高。而你舉出的是A》A+B, 那些B沒有任何加分,隻能說明他們是沒有傳染性的假陽性
紅米2019 回複 悄悄話 他們的陽性患者中,Ct小於30的占了大約四分之三。如果這個比例有代表性,再考慮到這些人比Ct大於30的人傳染性強一倍,粗略說,Ct小於30的人造成了大概90%的傳染。所以如果隻對Ct小於30的患者采取隔離,就可以防止大約9成的感染。如果放棄清零,這倒不失為一個比較好的選擇。但如果堅持清零,那顯然不夠。
紅米2019 回複 悄悄話 剛才引的那篇文章研究了Ct小於30和大於30的陽性患者的感染性。前者在31%的密切接觸中造成傳染,而後者是16.4%。
紅米2019 回複 悄悄話 我不懂PCR,從文章裏抄一句:
“Many PCR assays use 40 as cut off for Ct value to consider the test positive, allowing detection of even very few starting RNA molecules”
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1876034121002318

至於具體檢測用多大Ct,我想要根據人群中感染情況。在美國當然毫無意義,而在中國,要做到清零,可能就不得不用40.
三河匹夫 回複 悄悄話 BMC 發表評論於 2022-01-28 08:45:42
我不明白中國的實驗室為什麽做40cycles 的PCR. 這是外行人的做法。並不是說它會引起假陽性,而是,用一句粗話來說,脫了褲子放屁。

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老朱大概也是說這個意思吧,問高福?老朱這篇文章挺有道理,像是內行人。
順序是否有要求 回複 悄悄話 ?物的濃度也影響 pcr 結果,
BMC 回複 悄悄話 我不明白中國的實驗室為什麽做40cycles 的PCR. 這是外行人的做法。並不是說它會引起假陽性,而是,用一句粗話來說,脫了褲子放屁。
BMC 回複 悄悄話 做過PCR的人都明白,30 cycles後已經是平台期了,也就是說再做多幾個cycle並不會成比例地增加產出,我做PCR時一般不會超過30cycles. 再加多十個cycle 到40並不會增加假陽性。
cn_abcd 回複 悄悄話 回複 '朱頭山' 的評論 :
談到郵件可能傳遞病毒導致感染的問題,可以去看看日本一份港發表還未經同行評論的研究報告,在這份報告裏,日本科學家證明Omicron在皮膚和塑料表麵存活時間是原始株的3-4倍。雖然沒有做在紙上存活試驗,但應該也有理由推論在紙上存活時間也是3-4倍。

所以現在這些”專家“的言論是要帶問號的
紅米2019 回複 悄悄話 根據這份FDA文件,對於這個PCR套件,Ct小於等於37是陽性:https://www.fda.gov/media/141951/download

這個值也許對於不同公司產品也有不同。
遍野無塵 回複 悄悄話 “很多人的檢測數據隻是背景信號”
如果是背景信號,那麽隨便測,都會“找到”病人。
並且一個人永遠不會測量為陰性,因為再測幾次,就隨機到陽性了。

同樣,把PCR設置到20, 國外也會很快清零。哈哈, 整個一筆糊塗賬。
朱頭山 回複 悄悄話 回複 '桃花潭' 的評論 : 謝謝指正, 是1024
朱頭山 回複 悄悄話 這是個科學問題,過嚴了並不能解決問題,隻會顯得傻,就像前段時間,說國際郵件會傳染,收到郵件的人都得去查,最後成了國際笑料,中國也隻能出來糾偏
cn_abcd 回複 悄悄話 現在有沒有任何科學證據證明CT30以上的不會傳染給別人了?如果沒有任何證據,那麽應該是從嚴還是從寬呢?換句話說,是期待有更多傳染還是以一定代價控製防止傳播?
笑薇. 回複 悄悄話 這麽說, 中國是最安全的地方。冬奧會運動員的標準是40,希望不要給中國帶去麻煩。
桃花潭 回複 悄悄話 1024不是1028。不是有人說中國報少了,你認為中國報多了
lio 回複 悄悄話

講話要有根據,不要陰陽怪氣。你說的有些人是誰?


老天真 發表評論於 2022-01-27 22:17:30
有些人巴不得中國陽性病例更多才好呢,這樣他們就可以說“中國的清零防疫失敗了”。如果中國把陽性診斷標準,提高到國際平均水平,陽性感染者的數字一下就降低十倍以上,這會讓很多國家麵子上難堪。美國那個懷疑中國發病統計數字的理工科教授,可能衝到老朱家裏去吵架。

laoyingdiguo 回複 悄悄話 主要不是科學檢測,沒有考慮檢測的誤差.這就是為什麽會有多次PCR檢測,陰性陽性都有.
老天真 回複 悄悄話 有些人巴不得中國陽性病例更多才好呢,這樣他們就可以說“中國的清零防疫失敗了”。如果中國把陽性診斷標準,提高到國際平均水平,陽性感染者的數字一下就降低十倍以上,這會讓很多國家麵子上難堪。美國那個懷疑中國發病統計數字的理工科教授,可能衝到老朱家裏去吵架。
格利 回複 悄悄話 朱頭說得對,聽朱頭的。
lio 回複 悄悄話 寧左勿右,出問題好交代。這種思維今後會不斷出現。
常態 回複 悄悄話 聽包子的。
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