五行學說在中醫學領域中的應用，主要是運用五行的特性來分析和歸納人體的形體結構及其功能，以及外界環境各種要素的五行屬性；運用五行的生克製化規律來闡述人體五髒係統之間的局部與局部、局部與整體，以及人與外界環境的相互關係；用五行乘侮勝複規律來說明疾病的發生發展的規律和自然界五運六氣的變化規律。
（一）說明髒腑的生理功能及其相互關係
1．人體組織結構的分屬：中醫學在五行配五髒的基礎上，又以類比的方法，根據髒腑組織的性能、特點，將人體的組織結構分屬於五行，以五髒（肝、心、脾、肺、腎）為中心，以六腑（實際上是五腑：胃、小腸、大腸、膀胱、膽）為配合，支配五體·（筋、脈、肉、皮毛、骨），開竅於五官（目、舌、口、鼻、耳），外榮於體表組織（爪、麵、唇、毛、發）等，形成了以五髒為中心的髒腑組織的結構係統，從而為髒象學說奠定了理論基礎。
2．說明髒腑的生理功能：五行學說，將人體的內髒分別歸屬於五行，以五行的特性來說明五髒的部分生理功能。如：木性可曲可直，條順暢達，有生發的特性，故肝喜條達而惡抑鬱，有疏泄的功能；火性溫熱，其性炎上，心屬火，故心陽有溫煦之功；土性敦厚，有生化萬物的特性，脾屬土，脾有消化水穀，運送精微，營養五髒、六腑、四肢百骸之功，為氣血生化之源；金性清肅，收斂，肺屬金，故肺具清肅之性，肺氣有肅降之能；水性潤下，有寒潤、下行、閉藏的特性，腎屬水，故腎主閉藏，有藏精、主水等功能。
3．說明髒腑之間的相互關係：中醫五行學說對五髒五行的分屬，不僅闡明了五髒的功能和特性，而且還運用五行生克製化的理論，來說明髒腑生理功能的內在聯係。五髒之間既有相互滋生的關係，又有相互製約的關係。
用五行相生說明髒腑之間的聯係：如木生火，即肝木濟心火，肝藏血，心主血脈，肝藏血功能正常有助於心主血脈功能的正常發揮。火生土，即心火溫脾土，心主血脈、主神誌，脾主運化、主生血統血，心主血脈功能正常，血能營脾；脾才能發揮主運化、生血、統血的功能。土生金，即脾土助肺金，脾能益氣，化生氣血，轉輸精微以充肺，促進肺主氣的功能，使之宣肅正常。金生水，即肺金養腎水，肺主清肅，腎主藏精，肺氣肅降有助於腎藏精、納氣、主水之功。水生木，即腎水滋肝木，腎藏精，肝藏血，腎精可化肝血，以助肝功能的正常發揮。這種五髒相互滋生的關係，就是用五行相生理論來闡明的。
用五行相克說明五髒間的相互製約關係：如心屬火，腎屬水，水克火，即腎水能製約心火，如腎水上濟於心，可以防止心火之亢烈。肺屬金，心屬火，火克金，即心火能製約肺金，如心火之陽熱，可抑製肺氣清肅之太過。肝屬木，肺屬金，金克木，即肺金能製約肝木，如肺氣清肅太過，可抑製肝陽的上亢。脾屬土，肝屬木，木克土，即肝木能製約脾土。如肝氣條達，可疏泄脾氣之壅滯。腎屬水，脾屬土，土克水，即脾土能製約腎水，如脾土的運化，能防止腎水的泛濫。這種五髒之間的相互製約關係，就是用五行相克理論來說明的。
4．說明人體與內外環境的統一：事物屬性的五行歸類，除了將人體的髒腑組織結構分別歸屬於五行外，同時也將自然的有關事物和現象進行了歸屬。例如，人體的五髒、六腑、五體、五官等，與自然界的五方、五季、五味、五色等相應，這樣就把人與自然環境統一起來。這種歸類方法，不僅說明了人體內在髒腑的整體統一，而且也反映出人體與外界的協調統一。如春應東方，風氣主令，故氣候溫和，氣主生發，萬物滋生。人體肝氣與之相應，肝氣旺於春。這樣就將人體肝係統和自然春木之氣統一起來。從而反映出人體內外環境統一的整體觀念。
（二）說明五髒病變的傳變規律
1．發病：五髒外應五時，所以六氣發病的規律，一般是主時之髒受邪發病。由於五髒各以所主之時而受病，當其時者，必先受之。所以，春天的時候，肝先受邪；夏天的時候，心先受邪；長夏的時候，脾先受邪；秋天的時候，肺先受邪；冬天的時候，腎先受邪。
2．傳變：由於人體是一個有機整體，內髒之間又是相互滋生、相互製約的．因而在病理上必然相互影響。本髒之病可以傳至他髒，他髒之病也可以傳至本髒，這種病理上的相互影響稱之為傳變。從五行學說來說明五髒病變的傳變，可以分為相生關係傳變和相克關係傳變。
（1）相生關係傳變：包括“母病及子”和“子病犯母”兩個方麵。
（2）相克關係傳變：包括“相乘”和“反侮”兩個方麵。
（三）用於指導疾病的診斷
人體是一個有機整體，當內髒有病時，人體內髒功能活動及其相互關係的異常變化，可以反映到體表相應的組織器官，出現色澤、聲音、形態、脈象等諸方麵的異常變化。由於五髒與五色、五音、五味等都以五行分類歸屬形成了一定的聯係，這種五髒係統的層次結構，為診斷和治療奠定了理論基礎。因此，在臨床診斷疾病時，就可以綜合望、聞、問、切四診所得的材料，根據五行的所屬及其生克乘侮的變化規律，來推斷病情。
1．從本髒所主之色、味、脈來診斷本髒之病。如麵見青色，喜食酸味，脈見弦象，可以診斷為肝病；麵見赤色，口味苦，脈象洪，可以診斷為心火亢盛。
2．推斷髒腑相兼病變：·從他髒所主之色來推測五髒病的傳變。脾虛的病人，麵見青色，為木來乘土；心髒病人，麵見黑色，為水來克火，等等。
3．推斷病變的預後：從脈與色之間的生克關係來判斷疾病的預後。如肝病色青見弦脈，為色脈相符，如果不得弦脈反見浮脈則屬相勝之脈，即克色之脈（金克木）為逆；若得沉脈則屬相生之脈，即生色之脈（水生木）為順。
