最近“Analysis of therapeutic targets for SARS-CoV-2 and discovery of potential drugs by computational methods” 一文發現橙皮苷可能通過結合在新冠病毒S蛋白受體結合結構域(RBD)從而破壞RBD與ACE2(新冠病毒的人類受體)的相互作用。
原文摘譯如下(采用穀歌翻譯軟件)
摘要
SARS-CoV-2造成了數以萬計的感染,超過一千人死亡。目前尚無治療冠狀病毒感染的注冊療法。由於新藥開發過程耗時,因此重新定位藥物可能是解決突發性傳染病流行的唯一方法。我們係統地分析了SARS-CoV-2基因編碼的所有蛋白質,將它們與其他冠狀病毒的蛋白質進行比較,預測了它們的結構,並構建了19個可以通過同源性建模完成的結構。通過執行基於靶標的虛擬配體篩選,針對包括ZINC藥物數據庫和我們自己的天然產物數據庫在內的化合物庫對總共21個靶標(包括兩個人類靶標)進行了篩選。詳細討論了諸如3-胰凝乳蛋白酶樣蛋白酶(3CLpro),Spike,RNA依賴性RNA聚合酶(RdRp)和木瓜蛋白酶樣蛋白酶(PLpro)等重要靶標的結構和篩選結果。此外,還建立了包含78種常用抗病毒藥物的數據庫,包括目前市場上正在接受SARS-CoV-2臨床試驗的抗病毒藥物。預測了這些化合物的可能目標以及作用於某個目標的潛在藥物。這項研究將為SARS-CoV-2的進一步體內和體外研究提供新的先導化合物和靶標,為當前正在進行的臨床研究提供新的見解,並為治療SARS-CoV-2感染的藥物重新定位提供新的策略。
圖形概要
通過同源性建模,構建了包括19個SARS-CoV-2靶標和一個人類靶標在內的20個結構。 針對這些靶點和人類ACE2,篩選了ZINC藥物數據庫,天然產物庫,78種抗病毒藥物。 這項研究為SARS-CoV-2的進一步體內和體外研究提供了重新定位藥物的候選對象和靶標。
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但是,沒有預測到上述大多數化合物會與Spike-ACE2複合物的結合界麵結合。 如圖6A所示,唯一可以靶向Spike和ACE2之間結合界麵的化合物是橙皮苷。 橙皮苷被認為位於斯派克RBD表麵的中間淺坑中,該化合物的二氫黃酮部分與RBD的β-6片平行。 然後將糖部分沿遠離ACE2的方向插入淺坑中,其中一些疏水性氨基酸(包括Tyr436,Try440,Leu442,Phe443,Phe476,Try475,Try481和Tyr49)形成了相對疏水的淺口袋,用於容納化合物 (圖6B)。 預測Tyr440與該化合物之間存在氫鍵。 通過將ACE2-RBD複合物與橙皮苷-RBD複合物重疊,可以觀察到橙皮苷與ACE2的界麵有明顯的重疊(圖6C),這表明橙皮苷可能會破壞ACE2與RBD的相互作用。
圖6.橙皮苷的低能結合構象,該構象與分子對接產生的Spike RBD結合。 (A)將橙皮苷裝入SARS-CoV-2 Spike RBD表麵的淺袋中。 (二)在Spike RBD的口袋裏的橙皮結合的詳細視圖。 (C)橙皮苷阻止ACE2和Spike RBD綁定的接口(支持PDB文件SARS_CoV-2 _Spike_RBD_homo_Hesperidin.pdb)。
基於以上發現和中醫幾千年的實踐,介紹一個預防新冠肺炎的簡單易行的方法。由於柑橘類的果皮富含橙皮苷,因此橘餅(Mandarin Candy), 陳皮果醬(Orange Jam), 檸檬茶(帶皮),葡萄柚糖(Grapefruit Candy 帶皮), 都可能有效。陳皮果醬,檸檬茶也都是很容易自製的。尤其在加州,是橙子和檸檬的產地,易得易做。