【劇情探討篇】
不合理之一：長今的大意
長今一直都把母親留下的小冊子當作寶，總是隨身攜帶。但某晚看完賬簿時，竟疏忽地夾到賬簿裏，顯然是給下麵的“被盜”做準備。
不合理之二：50歲生孩子
劇中涉及好幾位女人生孩子。先是皇後小產，之後也沒什麽交代，最後身邊竟冒出一個七八歲的兒子“慶源大君”來。還有為檢驗硫磺鴨子是否有毒，薑德久逼老婆吃了好幾個月的鴨子，結果還懷孕了，但劇中孩子是怎麽不見的，隻有兩年後的一句交代。還有最後長今的女兒，按推算是50歲才生下的，太不可思議了。
不合理之三：長今父親生死不明
長今的父親被抓走，直至70集演完後，是死是活都沒有交代。
不合理之四：演員模式化表情
劇中每個演員都有自己一套模式化的表情，譬如長今每次受到汙蔑時，就說不出話，嘴角顫動，眼神焦急，“我，我，娘娘，不是，我……”的不停；同樣，演員們說話的語氣在各種場合也出奇的相同。包括最後長今、閔政浩和女兒8年後再度回到宮廷，各個人物一點不顯老，和原來沒有絲毫差異。
長今絕不可能在丁未年間考上醫女
醫女信非
長今和閔政浩後來有了女兒
【穿幫鏡頭篇】
可笑之最：醫女穿高跟鞋
在第49集中，醫女信非到書庫找書，腳上竟穿著時下流行的高跟鞋，這應該是《大長今》穿幫鏡頭中最讓人捧腹的了。看來醫女們也得顧及形象，太矮了上鏡不好看。
頻繁之最：做菜的手
在主打美食的《大長今》中，因為演員不可能都是做菜行家，所以像拍快速切菜等高難度動作時，宮女們的纖纖玉手都不見了，取而代之的則是一雙雙又紅又腫的胖手。
常識之最：不鏽鋼餐具
一大桌子菜呈給皇上，都是用閃閃發亮的不鏽鋼餐具來裝的，這是最不應該犯的常識性錯誤。
荒謬之最：創可貼
長今給病危的皇後娘娘的保姆尚宮今夏米看病時，她的左手手指上竟貼著創可貼，實在太馬虎了。
精細之最：長今的女兒
要找出這個穿幫鏡頭，肯定得有好記性。在第6集比賽穿鬆子時，在長今跟連生中間的那個小宮女，也就是第一排從左邊數第2個、從右邊數第4個，後來卻成了長今和閔政浩的女兒。
疏忽之最：熱湯中油凝固
在最高尚宮比賽角逐時，今英煮牛骨湯時，一邊扇火，湯上還冒著熱氣，一邊還可以把凝固的牛油撈出來。眾所周知油遇熱就會融化，而且她還煮了好長時間。
【曆史錯誤篇】
錯誤一：呈上滿漢全席
長今所處的曆史時期是我國的明朝，劇中崔尚宮卻給使節呈上滿漢全席，還不止一次說道：“我們就準備滿漢全席吧，吃了幾天清淡的食物，一定會很喜歡美味的滿漢全席。”滿漢全席是清朝為團結滿漢關係創立的。
錯誤二：明朝使者穿黃袍
明太祖時就規定，一切黃色都是禦用色，皇族以外的任何人，在任何場合、任何東西上都不能使用。但是劇中明朝使者居然身穿黃色官服，要讓皇帝看見了肯定得株連九族。
錯誤三：丁未年考上醫女
長今考醫女在宮廷門口看發榜這場戲中，有個特寫鏡頭讓我們可以看清楚旁邊的年月日：丁未年二月十二日。朝鮮古代所使用的幹支紀年和中國是完全一樣的，即每60年一個甲子，和長今最近的丁未年分別是1487年和1547年。而根據記載，朝鮮中宗的生卒時間是1488年3月5日至1544年11月15日，剛好在兩個丁未年之間。換句話說，長今絕不可能在丁未年考上醫女。
錯誤四：毛主席的話出現
在痛恨沒有把長今斬草除根時，崔尚宮的哥哥——崔判述大房大人，竟咬牙切齒地冒出一句“星星之火可以燎原”，這可是毛主席在革命時代說的至理名言，怎麽也給搬進去了？當然，也可能是翻譯問題，覺得這句最貼切。