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新冠動物源性論

(2021-07-09 18:40:54) 下一個

新冠動物源性論

新冠流行一年多來,其起源還沒有弄清楚,最近要求調查實驗室泄漏的呼聲再起,雖然有少數科學家也加入其中,但更多的科學家似乎並未隨歌起舞,相反,一些科學家最近又開始在一些科學雜誌上撰文列舉支持新冠來自天然的證據,上周去年二月在《柳葉刀》雜誌上發文呼籲人們不要相信實驗室泄露理論的一些西方科學家又在該雜誌上再次重複他們認為新冠是自然突變而來的觀點,今天又傳出了包括諾獎得主Peter Doherty和Wellcome Trust(威康信托)董事Jeremy Farrar等重量級人物在內的澳洲,美國,加拿大,英國,新西蘭和中國的21位科學家聯合寫的一篇綜述,這些科學家根據目前的科技文獻和信息,從三個方麵論證了其新冠起源最有可能是動物源性而非實驗室泄漏的觀點,文稿還在經過正式在科技雜誌上發表前的同行評審。

https://zenodo.org/record/5075888#.YOYH32gzY2x 

一,支持動物源性的證據

1,新冠和薩斯相似都和蝙蝠的新冠病毒是近親,都發生在有野生動物的市場。此外,新冠(SARS-CoV-2) 還和四種地方性傳染病的人類冠狀病毒HCoV-OC43、HCoV-HKU1、HCoV-229E 和 HCoV-NL63相似。這些病毒不僅都屬人畜共患,起源也都尚不清楚。還有,和新冠一樣,HCoV-HKU1於2004年的冬天在中國一個大城市(廣東深圳)首次被發現,動物來源不明,刺突蛋白中也含有弗林蛋白酶酶切位點,最初也是在人類肺炎病例中發現的。

最新發生的新冠病例多數不是和華南野生動物市場有關就是發生在周邊,流行病學上形成以該市場為中心的爆發簇(cluster),在地理上集中在武漢三鎮中的長江和漢水以北的漢口鎮,和包括武漢病毒所在內的長江以南的武昌鎮和漢水以南的漢陽鎮無關,根據爆發時案例集中的趨勢是流行病學溯源的重要依據,如果是病毒所泄露的話,病毒應該首先出現在其所在的武昌鎮。

雖然早期有些病例和華南市場無關,但由於有可能會有“無症狀”者在人群中流傳,有個例出現在其它地方也是可能的,薩斯發生時佛山也發生過類似情況。

此外,在華南市場特別是賣野生動物的那一片采集到的樣本中檢出了病毒,雖然那裏的冷凍動物肉裏沒有查出病毒,但那些冷凍的肉類並沒有代表性,其中沒有當時市場裏有售並可以感染和攜帶冠狀病毒的貉和其他動物。 

新冠疫情發生後病毒很快就分成了兩個亞型,A和B,後者起源於華南市場並流行到全世界,前者起源於另外一個市場和在武漢以及中國其它地方流行有關,這說明疫情發生當初,病人可能接觸到來源於被送到不同市場但卻來自同一貨源的動物,這和薩斯當初發生和深圳東門市場以及廣州新園市場都有關係相似。

2,相關的冠狀病毒。與新冠密切相關的病毒已在包括中國、泰國、柬埔寨和日本的東亞和東南亞多個地區的蝙蝠和穿山甲中被觀察到的記錄, 此外,還有十多年來被冠狀病毒感染的穿山甲病毒的血清學證據。.盡管如此,新冠與最近的動物病毒之間仍存在明顯的進化差距 - 大約為 4% 的遺傳距離(相當於1150 個突變),在進化上相當於數十年。

盡管新冠和鼻蝠病毒RaTG13在總序列上最為相近,從重組曆史上看,其他三種蝙蝠病毒即RmYN02、RpYN06和PrC31在大部分病毒基因組(特別是 ORF1ab)序列上和新冠更接近,因此新冠更可能和這些病毒是近親。病毒所並沒有收集後麵這些病毒。這些信息毫無疑問地證明無論是否經過實驗室操作或實驗誘變,RaTG13 都不是新冠的祖先。

盡管新冠的動物宿主還不清楚,但這也不意外。大多數知名的人類病毒譬如埃博拉病毒、丙型肝炎病毒、脊髓灰質炎病毒以及冠狀病毒(HCoV-HKU1 和 HCoV-NL63)的來源或宿主都仍不清,弄清薩斯的宿主和序列也用了十年時間。

二,新冠會是實驗室泄漏的嗎?

薩斯確實發生過實驗室泄漏,但泄漏也隻引起了個例傳染而不是流行。除了77年 A/H1N1 流感大流行可能源於大規模疫苗注射病毒助推試驗外,曆史上還沒有人為引起的傳染病大流行。實驗室泄漏引起的個例也是在細胞培養得到大量的病毒後引起的,沒有證據證明病毒所培養了新冠或近親。病毒所用冠狀病毒所做的都是測序之類的工作,測序用的病毒量不僅很少而且都是滅活的,不可能引起感染,實際上到目前為止沒有人因為搞病毒測序而被感染了的。

已知的實驗室感染的病例不是實驗室的人員就是其家屬,在新冠大流行期間武漢對早期病例進行嚴密的接觸者追蹤也未能發現任何與病毒所工作人員有關的病例,2010年3月在石正麗博士實驗室做的血清抗體檢查也沒有發現工作人員呈陽。

經實驗動物泄露也不可能,因為原發的新冠病毒對小鼠的感染力很差,在取得N501Y那樣的突變後才能有效地感染小鼠,但這類突變是後來在變種中才有,在原始毒株裏並不存在。

三,病毒的基因組構成和仍在進行中的突變

有人說新冠的刺突蛋白是人為優化後得到的能夠和新冠受體ACE2形成最佳結合的刺突,可自疫情開始以來,新冠一直在不斷地優化,使其對ACE2的親和力和感染性逐步增強,說明在疫情開始時新冠的刺突蛋白並不是最優的,它不僅能和人的ACE2集合,還能和很多動物譬如貂、老虎、貓、大猩猩、狗、貉和雪貂等的ACE2結合,讓這些動物感染。實際上,新冠曾在圈養的貂和人群交叉感染和流行。這些說明在感染人之前,新冠可能在某種動物中進行了適應性進化的,而那些新冠在流行開始時就已經被優化的說法是沒有根據的。

刺突蛋白中弗林蛋白酶酶切割位點的來源一直是人們反複猜測的對象,原因就是薩斯沒有這個點。可是其它多數冠狀病毒包括中東肺炎病毒在內的很多其它冠狀病毒都有這個位點,其中蝙蝠冠狀病毒HKU9-1的那一段幾乎和新冠的相同(也見我以前《新冠病毒非重組》一文)。不僅如此,新冠的那個弗林酶切割位點作為底物比HCoV-HKU1和HCoV-OC43,的相應位點還要差,如果是人為插入的話,應該用最好的才是,這個說法不僅不合乎,也沒有證據顯示病毒所做過類似的插入實驗。

結論

一,和絕大多數人類病毒一樣,新冠起源的最簡單的解釋就是一個人畜共患事件。在流行病學史上和薩斯很相似,始發時病人都在這些市場的周圍。

二,到目前為止,沒有任何證據支持實驗室泄漏理論。武漢的新冠病例和病毒所的員工沒有直接或者間接的關係,懷疑實驗室泄漏完全是因為新冠始發地和病毒所碰巧在一個城市(譯注: 雖在一個城市,發病和病毒所處於有一條大江之隔的兩個不同巨鎮,兩者之間開車要半個小時)。武漢是一個九省通衢大城市,它不僅客來客往,還人口稠密,更有眾多的食用野生動物市場,是引發新冠疫情爆發的理想溫床。

三,作者認為,有大量科學證據支持新冠有人畜共患病起源。雖然不能完全排除實驗室事故的可能性,但比起野生動物貿易中經常發生的反複頻繁的人與動物接觸,這種可能性極小。如果不能通過協作和仔細協調的研究來全麵調查人畜共患病的起源,人類將來還有可能會重複那些讓我們和新的病毒發生衝突的活動,並從而引起又一次大流行。

這篇文章由多國科學家一起發表的一篇科學綜述,這些科學家用目前科技文獻中的諸多證據來說明新冠最有可能是動物源性的觀點,同時也指出沒有任何科學證據支持實驗室泄漏一說,得出的結論和WHO的調查報告一致,但因為是一篇科學綜述,它不會像WHO的那篇報告那樣受政治幹擾,在目前實驗室泄漏理論占輿論上風的形勢下,它的發表將會引起科學界,媒體和社會的普遍關注,不僅對溯源有一定的理論指導意義,還會為之起到正本清源的作用。

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閱讀 ()評論 (37)
評論
oochii 回複 悄悄話 我認為,這個病毒不是自然產生的,但絕不是首先在武漢爆發的。
湯姆爺爺 回複 悄悄話 作者支持人畜共患起源,你反對。連內行都吵得不可開交,更何況你們。

其實作者基本同意BMC的看法。說明作者比你聰明。

連殺一人案都要檢辯雙方各自獨立調查,共同選出陪審團得出結論,法官宣布。更何況殺死幾百萬。
curiousGeorge2 回複 悄悄話 US obviously does not anything from China, but China also does not trust US.

Also US does not have a good record in the investigation of bio attacks. A famous case is the 2001 anthrax attacks. Scientist Bruce Edwards Ivins was declared a suspect who killed himsel soon. A NSF panel found the investigation was flawed.

https://en.wikipedia.org/wiki/Bruce_Edwards_Ivins
curiousGeorge2 回複 悄悄話 東方明月- 發表評論於 2021-07-10 07:13:30
武漢不是蝙蝠原生地,無論是通過中間宿主還是冷凍食品,實在難以想象千裏外蝙蝠攜帶的病毒如何完全自然地傳播到武漢,還完全不感染蝙蝠原生地和沿途其他地區?這可能性比中幾個億的彩票還要小的多。
而且如果中間宿主動物存在,中共的封城解封後,如此高傳染率的病毒必然會在這些中間宿主活動地區產生新的本土傳染。中間宿主身上的病毒可是不可能被封城消滅的。而事實是根本沒有發現類似動物。

In this world, distance is no longer a factor. A infected person can carry the virus to anywhere in the world by air flight or high speed train.

curiousGeorge2 回複 悄悄話 irisin20212021-07-09 21:16:04回複悄悄話不要拐彎抹角,隻需要一個證據,病毒所收集保留的病毒庫中,有沒有covid-19.若沒有,病毒所應該理直氣壯的向全世界宣布,病毒所沒有這個病毒,可接受任何科學家檢驗。

Prof. Shi already said WVI did not have related virus, the closest virus is 96% similar to COV-SARS-2, which is too different.

US so far has refused to accept this.
curiousGeorge2 回複 悄悄話 BMC 發表評論於 2021-07-10 12:08:30
從科學的角度來看,雙方都沒有直接證據,所以雙方都不應下結論,而應該進行調查。問題是中囯政府拒絕不受幹涉的調查。如果中囯政府真的想排除武毒所實驗事故,就應該開放武毒所讓專家檢查,而且這個檢查非常簡單,並不會侵犯中國的權利。如果我做檢查員的話,我隻需做二件事,第一我會查所有lab books. 它能反映做了什麽實驗包括gain of function 實驗。如果這一奌做不到的話,就讓我查所有plasmid 的圖,因為所有gain of function 的實驗本質上是sub-clone實驗,必然要反映在plasmid vector 上。如果以上都做不到的話,即使讓我查DNA 合成儀合成的primer sequence, 我也能大致判斷該所做過什麽實驗。結論是,隻要給我一個月的時間做以上的事,我一個人就可以做出明確的結論。如果中國政府真有誠意解決來源問題,就應該這樣做。但問題應反過來問,為什麽不這樣做?


China already did this and informed the results to WHO. Now US refused to accept the results.

In US, to obtain a search warrent, the police needs to have a reasonable cause. To China, a sovereign country, there is no reasonable cause as it already did the search. Moreover, China probably wants to set up US in the wrong direction.
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'randomspot' 的評論 : 一貫恨美國到處做警察,肯定不會讓他們查,所以讓WHO查,本來以為已經查完了的,沒想到現在又說那不算,隻是剛剛開始。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '行道堂主' 的評論 : 大概是感覺到自己被冤枉,同樣是疫情受害者,卻被控是放毒者。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '花刺蝟' 的評論 : 我懷疑那個是假消息,你這是真新聞。
randomspot 回複 悄悄話 從中國政府角度看, 不可能讓第三方, 尤其是美國 獨立調查。
如果真的是實驗室泄漏, 當然肯定不讓你查。
如果不是實驗室泄漏, 有了證據確鑿的洗衣粉先例, 怎麽可能讓你去查? 事關重大, 讓你一查, 大概率是本來沒有的事立刻讓你變成“實錘”了。 到時候找誰說理去?
行道堂主 回複 悄悄話 某國遮遮掩掩,阻攔調查,誰提這事跟誰急。
即便不是你實驗室泄露的,別人都懷疑你啦,對不對?
花刺蝟 回複 悄悄話 oops, my bad Gates隻是說病毒可能會殺死超過3千萬
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '花刺蝟' 的評論 : 這和下麵那位說的是一回事嗎?
花刺蝟 回複 悄悄話 樓主似乎也不太常作網上功課吧?用google 搜索一下,一秒鍾就可以找到https://www.google.com.au/amp/s/www.forbes.com/sites/brucelee/2017/02/19/bill-gates-warns-of-epidemic-that-will-kill-over-30-million-people/amp/
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'ahhhh' 的評論 : GoF或者loss of function研究都是生物學上用來研究某種基因功能的常用辦法,都是為了更好的對付病毒,而不是製造毒性更大的病毒來傳染給人,沒有什麽值得大驚小怪的,況且,並沒有證據證明新冠是GoF研究的結果。
蓋茨什麽時候那麽講過?
ahhhh 回複 悄悄話 是不是武漢實驗室製造是一回事,但是實驗室鼓搗gain-of-function的研究,就是把研究製造病毒,而且中,美,法等國都有,這就匪夷所思了。想到多年前比爾蓋茨的視頻,說要用病毒減少世界人口,讓人不寒而栗。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'BMC' 的評論 : 問題是即使沒有這些東西人家也會不信,反而會說你把記錄都毀了,plasmid map一樣可以毀掉。不信任不管你怎麽說怎麽做都沒用,中國估計顧慮的就這一點。

實際上美國澳洲都有科學家和病毒所有經常性的合作,知道他們在做些什麽,他們說那裏沒有做相關工作,可美國和其盟國的政府及一些叫查泄毒的人選擇不聽他們的。

如果他們說那裏曾經研究過新冠的話,這些人肯定會說他們說的話是實錘。
BMC 回複 悄悄話 在美國大學的實驗室,銷毀實驗記錄確有可能,但在大的藥物公司實驗室卻不可能,因為lab books 有serial number, 一有中斷就被發現,除非是做了實驗而不做記錄,但即使如此,plasmid map 不可能不留?,一看plasmid map 就知道做了什麽sub-clone 實驗。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'BMC' 的評論 : 基本同意你的看法,不知他們為何不讓徹查,也許他們自認沒有就不用查了。也許有顧慮,怕查不到的話,人家又會說他們把記錄都廢了,現在已經有人這麽說。
BMC 回複 悄悄話 從科學的角度來看,雙方都沒有直接證據,所以雙方都不應下結論,而應該進行調查。問題是中囯政府拒絕不受幹涉的調查。如果中囯政府真的想排除武毒所實驗事故,就應該開放武毒所讓專家檢查,而且這個檢查非常簡單,並不會侵犯中國的權利。如果我做檢查員的話,我隻需做二件事,第一我會查所有lab books. 它能反映做了什麽實驗包括gain of function 實驗。如果這一奌做不到的話,就讓我查所有plasmid 的圖,因為所有gain of function 的實驗本質上是sub-clone實驗,必然要反映在plasmid vector 上。如果以上都做不到的話,即使讓我查DNA 合成儀合成的primer sequence, 我也能大致判斷該所做過什麽實驗。結論是,隻要給我一個月的時間做以上的事,我一個人就可以做出明確的結論。如果中國政府真有誠意解決來源問題,就應該這樣做。但問題應反過來問,為什麽不這樣做?
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '遍野無塵' 的評論 : 以前沒有新冠樣本,疫情發生後還真有,因為最早的病毒是在那裏測序的。
如果這些被美國情報機構拿到了還真成了實錘了! :)
遍野無塵 回複 悄悄話 irisin20212021-07-09 21:16:04回複悄悄話不要拐彎抹角,隻需要一個證據,病毒所收集保留的病毒庫中,有沒有covid-19.若沒有,病毒所應該理直氣壯的向全世界宣布,病毒所沒有這個病毒,可接受任何科學家檢驗
***************
要證明實驗室泄露,也隻要一個證據,即實驗室確實有過COVID-19,其他都是扯淡。
任何實驗室不可能泄露他們沒有的東西。

您覺得現在去實驗室還可以找到新冠病毒的樣本?
遍野無塵 回複 悄悄話 東方明月- 發表評論於 2021-07-10 07:13:30
武漢不是蝙蝠原生地
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沒有證據顯示新冠一定源於來蝙蝠。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '東方明月-' 的評論 : 文章中講了城市是疫情發生地溫床,上次薩斯也是在城市裏開始的,並沒有在捕捉或養殖那些動物的村落周圍開始。
東方明月- 回複 悄悄話 武漢不是蝙蝠原生地,無論是通過中間宿主還是冷凍食品,實在難以想象千裏外蝙蝠攜帶的病毒如何完全自然地傳播到武漢,還完全不感染蝙蝠原生地和沿途其他地區?這可能性比中幾個億的彩票還要小的多。
而且如果中間宿主動物存在,中共的封城解封後,如此高傳染率的病毒必然會在這些中間宿主活動地區產生新的本土傳染。中間宿主身上的病毒可是不可能被封城消滅的。而事實是根本沒有發現類似動物。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '花刺蝟' 的評論 : 我承認對病毒沒有知識嗎?我隻是承認你是門外漢,我連門外漢都不是。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '漸行漸遠1992' 的評論 : 疫情的起源是武漢,至於中間宿主是什麽,從哪裏來的,還有蝙蝠是哪裏的都是未知數,溯源是個長期過程。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '三步兩橋' 的評論 : 謝謝!相關內容都知道。
漸行漸遠1992 回複 悄悄話 自然源頭覺得東南亞最有可能。
就看病例的曲線就行。早期過去一年曲線很平,幾乎沒有病例,今年遇變異病毒開始爆發。
三步兩橋 回複 悄悄話 這裏有個相關討論,不妨聽一聽

https://chineseamerican.org/p/34977
花刺蝟 回複 悄悄話 樓主自己承認對病毒沒有知識,確不斷的寫文來論證病毒源自動物,雖然很無知,勇氣還是可嘉
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'irisin2021' 的評論 : 他們宣布多次了,WHO也去查過一次,估計他們覺得那樣可以了,沒想到有人覺得查得不徹底,更有人是不在那裏查出新冠就不罷休。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '紅米2019' 的評論 : 嗯,是的,謝謝指正!等下來再改。
irisin2021 回複 悄悄話 不要拐彎抹角,隻需要一個證據,病毒所收集保留的病毒庫中,有沒有covid-19.若沒有,病毒所應該理直氣壯的向全世界宣布,病毒所沒有這個病毒,可接受任何科學家檢驗。
紅米2019 回複 悄悄話 抗體檢測是3月做的?(2010肯定是typo
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'modems' 的評論 : 一口咬定還臉不紅心不跳
modems 回複 悄悄話 狡辯,新冠確定無疑是實驗室製造並泄露的
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