波城新語 - 笑人也笑己，笑笑無壞意， 讀讀就算了，千萬別生氣！
冬雪倘雅淡，不走也不嫌，春風若溫暖，遲到也喜歡。
小顏引誰不引誰
這幾天城裏因兩Yan的文章搞得熙熙攘攘的，原因是在城裏的大Yan說不在城裏的小Yan在寫她在《自然》雜誌上發表的一篇關於XylE的論文的時候沒有引用他的文章，因此有知情不報之嫌。知情不報在科學界有時重要，因為如果人家發現了的東西，你再發現就沒有什麽意義了，就像是城裏有人發明了CS，我就不能說是我發明的一樣，不僅如此，我如果要說CS，還要說這個是誰誰發明的，由於我這人品質有問題，所以我在這裏就故意不提這個人的名字。
但是在科學上不行，如果你不提，人家也會知道，除非是這種發現或發明一點都不重要，否則即使你不提人家也知道，還有就是即使你不提，達到了發表的目地，也沒有用，因為都是白紙黑字，人家一看就知道。這就是我今天想講的問題，我為這個問題已經寫了兩篇文章了，這是第三篇，我為什麽要這麽努力呢，因為我覺得小Yan不在城裏，應該有人為她說說話才算公平，此其一。其二，就是搞科學的人就應該有科學的態度和道德，不能隨便乘人家不在的時候在背後連篇累牘地說人家的不是。
好了，說了這些沒有用的話以後，再言歸正傳，說說小Yan的文章中還是很恰當地引用了前人的文章，做到了gave credit where credit was due。引用最多的Peter J. F. Henderson老兄。小顏在她的文章裏雖然一次都沒有提到大Yan，但卻不斷地提起這個亨德森先生，為什麽呢，不是說小Yan不喜歡提為她鋪路的人嗎？
不是的，因為寫一篇文章提不提一個人看要看這個人以前做的工作是不是和所寫的文章內容和發現有關。小Yan之所以老提這個亨先生，是因為他搞的東西和小Yan有直接相關性。
首先，他的團隊對這個基因進行了定位。這篇文章是：
Davis, E. O., Jones-Mortimer, M. C. & Henderson, P. J. Location of a structural gene for xylose–H1 symport at 91min on the linkage map of Escherichia coli K12. J. Biol. Chem. 259, 1520–1525 (1984).
其次，他的團隊克隆了這個基因，這篇文章是：
Davis, E. O. & Henderson, P. J. The cloning and DNA sequence of the gene xylE for xylose–proton symport in Escherichia coli K12. J. Biol. Chem. 262, 13928–13932 (1987).
第三，他闡述了大腸杆菌裏和質子相連的－D-木糖轉運的機理，小Yan的有一個結晶是用D-木糖和XylE結合物作的。這篇文章是：
Lam, V. M., Daruwalla, K. R., Henderson, P. J. & Jones-Mortimer, M. C. Proton-linked D-xylose transport in Escherichia coli. J. Bacteriol. 143, 396–402 (1980). 30.
第四，他的工作證明脯乳類動物和細菌的糖轉運體屬於同源的，這個小Yan的工作很重要，因為她的目的是通過研究大腸菌的XylE的結構來推測人類的糖類運載體的結構。他的這篇文章是：
Maiden, M. C., Davis, E. O., Baldwin, S. A., Moore, D. C. & Henderson, P. J. Mammalian and bacterial sugar transport proteins are homologous. Nature 325, 641–643 (1987).
第五，他概括總結了細菌裏麵質子相連的－糖轉運係統，讓大家知道細菌裏除了xylE還有哪些糖轉運體。這篇文章是：
33. Henderson, P. J. Proton-linked sugar transport systems in bacteria. J. Bioenerg. Biomembr. 22, 525–569 (1990).
從這些引用文獻看，小Yan把該引用的xylE文章都引用了。
有人說那她為什麽沒有引用大Yan的呢？這是因為至少四個方麵的原因：
第一，不是一個基因，不僅不是一個基因，而且不是近親，雖然是一個大家庭的，小Yan研究的基因是一房的，而大Yan研究的基因是四房的，就是說這兩個蛋白的同序性和相似度都不會太大，所以說是Apple vs Orange，雖然兩個都有糖，都是水果，但畢竟不是一個或者一亞類的東西。
第二，有人不停地找她沒有引用大Yan的文章說事，說是她怕因為審閱的專家看了大Yan的文章後覺得她的文章沒有新穎性。這個其實是無稽之談。因為她並沒有回避前人在這方麵的工作，而是引用了至少五篇相關蛋白的結構研究成果的文章。
第一篇是Abramson在《科學》雜誌上發表的乳糖通透酶的結構和機製的文章，雖然叫酶，但實際上是一個糖的轉運體。這篇文章如下：
Abramson, J. et al. Structure and mechanism of the lactose permease of Escherichia coli. Science 301, 610–615 (2003).
第二篇是黃同學發在《科學》雜誌上的大腸杆菌的甘油-3-磷酸轉運蛋白的結構和機製的文章：
Huang, Y., Lemieux,M. J., Song, J., Auer, M. & Wang, D. N. Structure and mechanism of the glycerol-3-phosphate transporter from Escherichia coli. Science 301, 616–620 (2003).
第三篇是尹同學發在《科學》雜誌上的關於大腸杆菌的藥物轉運蛋白EmrD的文章：
Yin, Y., He, X., Szewczyk, P., Nguyen, T. & Chang, G. Structure of the multidrug transporter EmrD from Escherichia coli. Science 312, 741–744 (2006).
第四篇是當同學在《自然》雜誌上發的關於岩藻糖轉運蛋白在向外開放構象結構的文章：
Dang, S. et al. Structure of a fucose transporter in an outward-open conformation.Nature 467, 734–738 (2010).
第五篇是Newstead同學發表在《歐洲分子生物學組織雜誌》上的關於哺乳動物寡肽 - 質子同向轉運體原核同係物的晶體結構的文章：
Newstead, S. et al. Crystal structure of a prokaryotic homologue of the mammalian oligopeptide–proton symporters, PepT1 andPepT2. EMBO J.30,417–426 (2011).
上麵五篇是一起引用的，所以這些文章在參考文獻裏的序號都被放在一個小括號裏見下（24－28）。退一步講，如果當時小Yan認為大Yan的文章有相關性，大可將他的兩篇文章加在裏麵，成為29和30，然後把那兩篇文章的題目放在參考文獻裏，即使這樣結果也不會有什麽不同的，一點都不會影響小Yan文章的發表，新穎性和影響力。
"The structures of several MFS members have been reported(24–28). Nevertheless, the lack of sequence similarity between these MFS proteins and GLUT family members has made it a daunting task to generate accurate structure-based models of GLUT1–4."
小Yan的這段話的大意是：文獻中對幾個MFS家族成員的結構已經有過報道（24－28）。盡管如此，這些MFS蛋白和GLUT家族成員的氨基酸序列沒有多少相似性而讓以結構為基礎建立模型的工作非常困難。
這段話說得沒有一點錯，即使加上了大Yan的文章這句話一樣也沒有問題，這就是我上麵為什麽會說即使加上了大Yan的文章一點都不會影響小Yan文章的發表，新穎性和影響力。
第三個原因就是每個雜誌引用文獻都有一定的數量限製，看樣子她的這篇文章是限製在50篇，在這種情況下，小Yan不可能把所有前人的工作都引用到，如果大Yan的文章隻是檫邊球，她可能隻能忍痛割愛。
第四個原因她沒有想到在多年後，大Yan會為這件事情去找她的麻煩。
哈哈，我覺得我在這個問題上已經寫了不少了，即使是洗地，為這樣的既有才又有貌的美才人做也是心甘情願的，況且我還是想讓大Yan和其支持者們能夠冷靜下來，讓事情過一段時間，再回頭看看，到時就知道，顏美女不是故意不引用Yan俊男的文章的。
再說一遍，我是外行，不會對兩顏誰對誰錯評判。
但是，老閆的方式不合適，已經很多評論說明為什麽不合適了，我就不重複了。
老閻與小顏，文章讀後感。http://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4007376.html
老閻與小顏，不一樣的地平線。http://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4009303.html
喇叭口模型不是老閻先提出的，見：http://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4009303.html
(老閻與小顏，不一樣的地平線。 南俠 於 2019-05-17 19:09:14)
老閻沒有說小顏抄襲 他是盛讚小顏的工作的 小顏的工作和貢獻我想沒有人能否認得了的 高清膜蛋白結構非常了不起 是解這個蛋白結構第一人 她用到的方法技術應該都具有創新性 老閻二十年前是完全沒有條件做膜蛋白結構的 你列的那三條老閻怎麽可能會有呢 說了人老閻不是做晶體結構的 是通過其他方法研究出了機理模型 被二十年後小顏的結構證實了
不好意思 感覺自己到你這踢館一樣 我本意隻是想理性探討 因為你說你不是誰的粉 我也不是 所以看到你可能有誤解的地方 指出來一下
配合毛衣戰，轉移視線。與Trump發推僅差3小時。
https://twitter.com/realDonaldTrump/status/1126106541004873730(@realDonaldTrump,5:48 AM - 8 May 2019)
http://blog.wenxuecity.com/myblog/1666/201905/8695.html(潤濤閻的科學故事（一）Yan-Maloney模型 (2019-05-08 05:43:42))
當初看那個電影的時候沒那麽懂 就討個說法麽就演了個電影？
現在明白了
科學研究好比前人栽樹 後人乘涼
這樣講有些薄涼 但現實不？
總是有幸運的在林林總總中突破成功
木有辦法 人家占了天時地利加人和
不甘啊 可也別像秋菊啊 到處討說法 沒完沒了不說 越演越升級
好好的菜就這麽滴涼拌了
加一句，那麽多的人沒有保留地站在老閆一邊，甚至阿諛奉承老閆，讓人惡心。
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阿留 發表評論於 2019-05-17 11:07:47
潤濤先生拿這個說事，一不符合科學討論的慣例（慣例是如果有質疑可以直接發篇comment給原文所在的雜誌），二有發動吃瓜群眾搞“群眾運動”之嫌疑。後者是他最不齒的太祖爺才做的事情。生在紅潮，難免其餘毒。
Justness 發表評論於 2019-05-17 09:25:55
老閻當初不質疑，拖到現在質疑，不在專業領域質疑，選擇博客非專業人群中質疑，目的可疑。
先不管時間和通訊作者的問題。 我覺得老閻應該先跟Nature私下裏溝通。 Nature不答應據算了。 如果Nature回應是正麵的，給予肯定， 那時拿到城裏曬一曬， 說看：我對小顏的工作有貢獻。 這樣大家就都服氣。
如果老Yan投的評論有足夠的幹貨，那麽Nature是可以考慮送審，並根據審稿結果決定是否發表的。這樣的事情並不罕見。一般評論是指出原文的疏漏，能不能發就看有沒有足夠重要的幹貨了。所以想發Nature Science，最簡單的途徑是糾錯，當然糾錯的文章一般引用率遠不及原創。：）
如果沒有幹貨，那麽編輯就直接打回來了，那樣也沒什麽可惜的，說明他的argument無法被學術界接受，也就不用再折騰了。
是的。在網上鬧這個真的沒有什麽意思。如果老Yan願意花時間精力寫篇comment投Nature，自然能達到向同行介紹他以前工作的目的，這對他來說也是最佳選擇——很多專業人士會讀到這篇評論，以後也自然會有人因此而提及他的貢獻。在網上吵架，搞群眾運動，結果是兩敗俱傷。
您的分析非常詳盡，讚！希望能讓一些外行吃瓜群眾的頭腦冷靜一下。
老Yan的修養如果能趕上他父親，那早就牛大了。同一套基因，這紅潮教育出來的，難比民國那一代人哪。：）
潤濤先生拿這個說事，一不符合科學討論的慣例（慣例是如果有質疑可以直接發篇comment給原文所在的雜誌），二有發動吃瓜群眾搞“群眾運動”之嫌疑。後者是他最不齒的太祖爺才做的事情。生在紅潮，難免其餘毒。當然小顏確實沒有做到厚德載物，回帖火藥味太濃。完全可以不理，等著老Yan在專業雜誌(Nature)的comment出來再說。
The Uptake of Hexose Phosphates (Uhp,磷酸己糖吸收) is a protein system found in bacteria. It is a type of two-component sensory transduction pathway which helps bacteria react to their environment.
UhpT is a transporter protein which facilitates the uptake of phosphorylated hexose(磷酸化己糖) molecules into the cell.
二者研究沒有交集。
老閻當初不質疑，拖到現在質疑，不在專業領域質疑，選擇博客非專業人群中質疑，目的可疑。