俄羅斯在覆滅西伯利亞汗國之後，1591年西伯利亞汗古楚汗在塔拉城被塔拉城的俄羅斯將軍馬薩爾斯基擊敗，南下逃入額爾齊斯河宰桑湖衛拉特準噶爾的領地，盜走衛拉特準噶爾的馬匹，被衛拉特準噶爾跟蹤追擊，經過交戰，古楚汗差點被俘，再度逃入諾該人的領地。這樣俄羅斯和新興的準噶爾逐漸接壤。開始了近200年的戰史。
1586年俄羅斯人在西伯利亞原有的小鎮上建立秋明城，1587建立托博爾斯克城。俄羅斯在1594年修築了塔拉城。然後那些罪大惡極的罪犯，以及受到宗教迫害的虔誠的“守舊派”一批一批到達這裏。成批的波蘭人，瑞典人，立陶宛人戰俘也被弄到這裏。隨後軍士和行政人員也到來了。山巒的那一邊，是另一群狂野又虔誠，嚴謹又疏放的人。早期的準噶爾俄羅斯戰爭，是圍繞這準噶爾進攻俄羅斯的，托博爾斯克，塔拉城等展開的。當時的衛拉特準噶爾還是一個小部落聯盟，受到喀爾喀劄薩克圖汗屬下的今天蒙古國西北烏布蘇湖附近的阿勒坦烏魯斯的轄製。臣屬於這個小公國。衛拉特準噶爾經常和他們的宗主---阿勒坦烏魯斯交戰，媾和。1587年衛拉特準噶爾的盟主是和碩特的拜巴噶斯汗。
在反擊阿勒坦烏魯斯的征伐中，衛拉特準噶爾能出動的軍隊為：和碩特3萬，杜爾伯特8000.綽羅斯6000，輝特4000，土爾扈特2000人。可見和碩特在這個階段實力最強。1587年衛拉特振興，恢複了昔日的榮光。擊敗了阿勒坦烏魯斯。開始了他們振聾發聵的曆史的又一頁。此時準噶爾衛拉特出現了兩個權利中心和碩特的拜巴噶斯汗。和綽羅斯的哈喇忽剌。1596年俄羅斯從塔拉城派人偵查。此時衛拉特準噶爾在和古楚汗在伊克塞湖交戰。
準噶爾和俄羅斯的戰爭開始於17世紀早期
1604年俄羅斯修建了托木斯克堡，在向南推進的時候，遇到聲稱是向衛拉特準噶爾和阿勒坦汗進貢的“貢民”1605年衛拉特準噶爾接觸到俄羅斯。1606年9月衛拉特準噶爾告訴俄羅斯，阿拉兵韃靼是他們的貢民。俄羅斯人擊退了他們。1607年200人的俄國部隊遭遇了5000衛拉特。俄軍突圍逃脫。
俄羅斯相繼向這兩個集團派出使者。
1607年俄羅斯使者出使衛拉特，俄羅斯方麵聲稱衛拉特臣屬於俄羅斯了。也可能是準噶爾不願意四麵受敵，先穩住北邊的俄羅斯。衛拉特準噶爾也在1607年9月21日向塔拉城派出使者。此時的衛拉特遭到東邊的阿勒坦汗和哈薩克的聯合攻擊。
1608年衛拉特準噶爾在東西兩線全部獲得勝利，將阿勒坦汗驅逐到東南很遠的地方，將哈薩克的進攻部隊殲滅。
此後原先向阿勒坦汗納貢的貢民，轉向準噶爾。但是俄羅斯也向他們收取貢賦。
第一階段的戰爭是貢民爭奪戰。
1610年準噶爾和塔塔爾襲擊了塔拉城，斬獲俄羅斯殖民點居民。
1611年準噶爾控製了塔拉城的一口賴以生存的鹽水井，禁止哥薩克通過。占領了這些貢民的動物資源豐富的遊牧地，宣布俄羅斯在此地統治無效。
1612--1613年俄羅斯和準噶爾交戰，雙方互有俘獲，1614年大雪災，準噶爾牲畜死傷無數，東邊的阿勒坦汗再度回來要求準噶爾進貢。雙方締結和平。1616年俄羅斯派出使者。得知達來台吉是最大的台吉，準噶爾可出動10000士兵。
準噶爾人在和諾蓋人交戰，殺死了諾蓋人，占領了諾該人的領地。這是土爾扈特西征的前奏。
這一期間準噶爾俄羅斯雙方互有攻掠。準噶爾俘虜不少哥薩克。
1600年---1606年，剛興起的準噶爾大敗阿勒坦汗，哈薩克和吉爾吉斯。吉爾吉斯在俄羅斯，阿勒坦汗的吞並壓力下，加入了準噶爾集團。
此時的準噶爾的精力主要在對付東邊的阿勒坦汗。
哈喇忽剌時期
1619年，準噶爾在著名的哈喇忽剌領導之下，
1619年俄羅斯派出使團，要求互換戰俘，要求釋放伊西木公，釋放準噶爾在襲擊烏法時候俘虜的俄羅斯人。
1619年，衛拉特一些部落向北，向西北遷徙，據俄羅斯明秋，烏法城很近。
俄羅斯相繼下令俄羅斯禁止出售任何武器給準噶爾。
1613年，準噶爾襲擊俄羅斯，以及已經臣屬於俄羅斯的塔塔爾人。雙方一切使團貿易活動取消。
1620年俄羅斯人發現準噶爾在命令鄂畢河附近的鐵匠之族，鐵匠韃靼繳納鐵，製造火炮，火器，盔甲武器。
1620年原來向俄羅斯納貢的吉爾吉斯人轉向準噶爾，因為無論俄羅斯還是阿勒壇汗都無法提供有效的保護，接連幾年吉爾吉斯以準噶爾為後盾，攻打俄羅斯城鎮。
1623年準噶爾俄羅斯關係恢複。
1633年希瓦的使臣傳話給俄羅斯，希望和俄羅斯聯合，對占據商道的準噶爾采取聯合軍事行動。
1633年到1635年俄羅斯派出使者，恢複貿易，互換戰俘。
顯然準噶爾又要有行動了，這一期間雙方相安無事。但準噶爾卻向青海，伏爾加河下遊采取了大規模的行動，建立了土爾扈特汗國，和青海藏地的和碩特汗國。在他們采取行動的時候火槍兵以大量的被記載。1620年是準噶爾自主製造火器的最早記錄，1630年準噶爾軍大量使用火器，說明此時火器進入準噶爾的軍士序列。至於伏爾加河的土爾扈特汗國和俄羅斯的摩擦衝突，在此省略。
期間烏布蘇的阿勒坦汗多次要求和俄羅斯一起進攻衛拉特準噶爾。阿勒坦汗和衛拉特準噶爾的戰爭有時勝利有時候失敗，一些衛拉特移居到亞梅什鹽湖，這個鹽湖為俄羅斯軍民提供著食鹽。此時察哈爾的林丹汗敗亡，在進入喀爾喀和進入青海的問題上徘徊，阿勒坦汗很害怕林丹進入喀爾喀，林丹的軍隊配有弓箭和火槍。
巴圖爾洪台吉時期
1635年哈喇忽剌死後，巴圖爾洪太吉成為準噶爾領袖，準噶爾進入強盛時代。巴圖爾洪台吉召集全蒙古確立聯盟，法典。因為關注生產被稱作“羊倌王子”
巴圖爾洪台吉注重發展和喀爾喀的友好關係。打擊西部的哈薩克，中亞國家。
在1652年的戰爭中殺死了哈薩克的楊吉兒汗，巴圖爾洪台吉的對俄戰爭主要是“雙重屬民”戰爭。然後是“鹽礦”戰爭。當時俄羅斯需要的食鹽全在準噶爾手中控製。俄羅斯需要尋找食鹽，1613年俄羅斯找到亞美什鹽湖。用船裝滿食鹽，順額爾齊斯河回到俄羅斯居民點，1613---1620年俄羅斯每年的采鹽沒受到限製，1620年準噶爾占據鹽湖，有時候幫著俄羅斯采鹽，有時候會殺了這些俄羅斯人。1621,1623,1625雙方圍繞采鹽發生衝突。準噶爾控製了雙邊貿易的重要商品：食鹽。俄羅斯為保護自己生命線，鹽。想在雅美什湖修建要塞。為讓準噶爾人接受，希望把要塞修建成貿易點。同時兼顧準噶爾人的貿易需要。1634年2000準噶爾襲擊了俄羅斯的采鹽隊。並且圍困塔拉城，秋明城.巴圖爾洪台吉以食鹽為外交和貿易的重要籌碼。順了可以采，外交不順就殺。1647年巴圖爾洪台吉攻打了西伯利亞邊城，1649年攻破托木斯克，1652年巴圖爾洪台吉對俄羅斯說以後別派使者來了。
總的來說，在對西邊的伊斯蘭勢力進行戰爭的時候，想對會對俄羅斯和平些。巴圖爾洪台吉時期，鹽湖貿易搞的很好，每年都有一次重大的物資交流會，巴圖爾洪台吉控製商路，將中國的絲綢，茶葉，煙草賣到俄羅斯，也控製著中亞和俄羅斯的貿易。巴圖爾洪台吉俄俄羅斯的不和是雙重貢民問題，巴圖爾洪台吉指責俄羅斯襲擊吉爾吉斯，阿勒兵韃靼，鐵良古特，要求返還俄羅斯境內的這些人。
僧格時期
巴圖爾洪台吉1663年去世，僧格即位。
僧格時期也是索要托木斯克附近的鐵良古特人。僧格說，巴圖爾洪台吉返還了臣屬於俄羅斯的那些阿爾兵韃靼，俄羅斯理應返還臣屬於準噶爾的托木斯克的鐵良古特。但是俄羅斯不給。主要為這些屬民，僧格的衛拉特和吉爾吉斯經常襲擊托木斯克，克拉斯諾亞爾思科，庫茲涅茨克。1665年---1667年期間準噶爾和吉爾吉斯燒毀這些地區的農村，殺死農民和哥薩克，將牲畜搶掠一空。
1667年僧格圍困克拉斯諾亞爾斯克。
雙方談判，但是一直懸而未決，直到1671年僧格被謀殺。
噶爾丹時期
1671年正在拉啊薩學習的僧人噶爾丹接到哥哥的死訊，他堅持要留在拉薩學習佛法，成為一名大德高僧，但是他的老師D.Lam喇嘛勸他還俗。27歲的噶爾丹回到準噶爾，鏟除了叛亂。繼承汗位。噶爾丹一即位遇到的又是東西兩線的壓力，喀爾喀的土謝特汗野心勃勃的想吞並其他人，西邊的中亞諸城醞釀著反叛。噶爾丹取消了僧格的禁令，允許俄羅斯通過衛拉特地區進入中原貿易。但是當噶爾丹鞏固了汗位後，延續了僧格時期的曆史問題。但是在1673---1674年噶爾丹的準噶爾和吉爾吉斯襲擊了庫茲涅茨克，和托木斯克。毀掉了那些村落，公職人員，掠走牛馬。並襲擊了俄羅斯的貢民部落。為解決邊境事端。1674---1676雙方各派使者談判邊境問題。1678年噶爾丹的使者去莫斯科談判關稅，邊境問題。俄羅斯方麵很不滿噶爾丹在吉爾吉斯的軍事存在。雙方都說吉爾吉斯是自己的貢民。此時俄羅斯的收稅官由於違法亂紀導致一些原來向俄羅斯交貢的吉爾吉斯轉向準噶爾，也因為準噶爾的軍事實力。南西伯利亞的大量的實物稅貢民背叛俄羅斯轉向噶爾丹。噶爾丹此時也注意到了俄羅斯和清朝的接壤。阿穆爾地區的對峙。結果喀爾喀的土謝特汗殺死紮薩克圖汗和前去調停的噶爾丹的弟弟以及準噶爾400人這一意外。徹底撕毀了巴圖爾洪台吉1640年苦心經營的喀爾喀衛拉特聯盟。噶爾丹率軍一擊，喀爾喀土崩瓦解。清朝收留了土謝特汗。土謝特殺死紮薩克圖汗和噶爾丹的弟弟，徹底改變了準噶爾，喀爾喀，布裏亞特和俄羅斯的敵對狀態。多米諾骨牌似的帶給自己的滅亡，以及亞洲大形勢的徹底改變。噶爾丹問康熙要戰爭罪犯土謝特，康熙說保證給，等喀爾喀是在餓困的不行，提出加入我大清如何，喀爾喀的蒙奸於是和滿洲人多倫會盟。康熙口頭說保證交還戰犯，卻派2萬清軍突襲噶爾丹，在烏爾會河2萬清軍被2萬準噶爾全殲。此時康熙才知道準噶爾的戰鬥力。在烏蘭布統康熙一邊責怪阿爾倪，一邊說保證交還，保證要和平，保證要友誼，土謝特確實不是東西。一邊派10萬清軍精銳帶著能著急的全部火器，結果4天的戰鬥，10萬清軍被打的失去戰鬥力，戰不能戰，退不能退，等待援軍。康熙在阿爾巴津打成什麽德行，我不說了。但是康熙在1689年9月簽訂了《中俄尼布楚議界條約》，把大量的土地獻給俄國，勾結俄羅斯，換取俄羅斯支持清朝。而噶爾丹得知此事後，對俄羅斯沙皇說：“被割讓的那些土地是我們蒙古人的，滿洲皇帝說了不算”
1691年噶爾丹派使臣去俄羅斯但沙皇政府閉口不談任何敏感事情。因為此時俄羅斯已經收到康熙割讓的大量土地。俄羅斯使臣也和噶爾丹解釋過，他們到達喀爾喀邊境，是為了趕去年跑到這裏的牲口，俄羅斯為什麽要毀掉雅克薩要塞，以後要在遠東建立很多要塞。1692年俄羅斯正式通告清朝，他不支持準噶爾
策妄阿拉布坦時期
策妄阿拉布坦是僧格的兒子，噶爾丹的侄兒。在噶爾丹出征喀爾喀和與清軍交戰的時候，占據伊犁和博爾塔拉，斷了噶爾丹的後路。自立稱汗，並和康熙結盟對付他叔叔噶爾丹。此後因為策妄阿拉布坦的統治合法性，把噶爾丹擠出科布多，導致隻有5000戰鬥力量的噶爾丹向東遷徙，在昭莫多，噶爾丹失利，後病死，策妄阿拉布坦開始了自己對準噶爾的統治。在策妄阿拉布坦統治時期，進行改革增加鄂托克，昂吉等。1718年在藏地那曲策妄阿拉布坦取得對康熙的哈喇烏蘇戰役的重大勝利，全殲了企圖染指藏地的清軍10400---35000人。然而在北境。1710年準噶爾的屬民巴拉巴人攻打了俄羅斯邊城，俄羅斯要求嚴懲，策妄阿拉布坦說你們這些“斯克”建立在我的地盤上，要麽撤走，要麽我就拔除他們。1713年準噶爾人洗劫了巴拉巴和庫茲涅茨克。1713年彼得看到準噶爾和清朝開戰，並且得知葉兒羌有大量沙金。1715年7月帶兩團步兵，700騎兵，一支炮兵，70名工匠，2932（另一個說法是4500）人前往葉兒羌，該軍被俘其中有瑞典軍官列納特，列納特在準噶爾生活了17年，1733年回國。1716年彼得指示一定要進入雅美什湖。布赫果爾茨領命，也有可能列納特等是這次被俘的。俘虜都在準噶爾的工廠擔任技術人員。1716年2月，1萬準噶爾包圍這支軍隊。托博爾斯克俄羅斯派遣援軍，被準噶爾消滅。圍困三月，俄羅斯給臉不要臉，直接開打，該軍撤走1718年準噶爾全殲企圖染指藏地的清軍，俄羅斯看見準噶爾，清朝激戰正酣，在額爾齊斯河抓緊時間修建了鄂木斯克，烏斯季卡緬諾噶爾斯克，熱列金斯克，等要塞城堡。害的準噶爾必須調集軍隊對付俄羅斯，導致清軍吞並藏地。
1717年2月俄羅斯使者加加林被扣押5年。他被要求去問準噶爾一個說法，準噶爾殺死很多俄國兵，俘虜很多人搶劫了軍方財政，帶走了要塞所有的馬。結果被扣留。
1718年準噶爾和清朝在哈密交戰，沒有顧及北方。
1720年3月李哈羅夫帶著440人被趕走，趕走他們他們在北邊修建了兩個要塞。
策妄阿拉布坦時期之準噶爾最困難時期，經曆了策妄阿拉布坦和噶爾丹的分裂，經曆了劇烈的天花，同時和清朝和俄羅斯作戰，而且西邊的哈薩克也在不老實的進攻準噶爾，1716年雅美什湖戰役後，俄羅斯西伯利亞總督告訴彼得，利用哈薩克對付準噶爾。和俄羅斯建立反準噶爾聯盟，哈薩克受到鼓動不斷挑釁準噶爾西部，策妄阿拉布坦在1723年之後給了中亞致命一擊。臣服了大玉茲和中玉茲，哈薩克曆史上所謂的“大逃亡時期”。俄羅斯對此並不理會。在這個時期，由於在拉啊薩，中亞，西伯利亞，等廣闊的地域三線同時開戰，策妄阿拉布坦對1720年修築的城堡保持了隱忍的態度。
噶爾丹策淩時期
1729年策妄阿拉布坦去世
噶爾丹策淩即位。對待下屬親密無間，繼續延續了發展生產的策略。據說噶爾丹策零每次徙牧時, 要用上百頭駱駝馱載各種書籍跟著遷移,喜好文化知識。科學技術。此時雍正在1727年《布連奇條約》中再度送給俄羅斯大量土地。換取勾結俄羅斯。噶爾丹策零即位後，雍正依舊像敵對準噶爾，在1730年到1731年之間三次擊敗清軍，1730年嶽鍾琪的損失應該十分巨大，俄羅斯方麵記載是1萬人被殺。清朝隱瞞了這個消息，但是重懲了嶽鍾琪。1731年和通諾爾被2萬準噶爾全殲了4萬清軍後，與準噶爾劃定界限。劃定界限後，針對西邊的哈薩克采取了軍事行動。1741年哈薩克盜馬，噶爾丹策零派15000軍打擊了小玉茲。
俄羅斯奧倫堡要塞司令宣布，哈薩克的阿布萊和阿卜杜拉·莫哈默德。臣屬於俄羅斯。有問題要向俄羅斯申訴。噶爾丹策淩沒理他們，讓武力和懷柔哈薩克臣屬了自己。盡力發展一個和哈薩克的反俄羅斯同盟。此時噶爾丹策淩終於要解決策妄阿拉布坦時期的1720年，準噶爾三線開戰時期俄羅斯修築的要塞群了。1737年，1742年噶爾丹策淩派人寫信給沙皇說：你那些要塞建在我的地上，我可以驅走你的人，但還是請你下令讓他們走，否則我不讓他們活。1743年3 月17 日, 西伯利亞長官蘇哈廖夫和奧倫堡省長涅普柳耶夫就如何對付噶爾丹策零舉行會晤。雙方經過討論最後商定:( 一) 從黑盧茨卡亞鎮溯額爾齊斯河上航到塞米巴拉丁斯克一段增建一些多麵堡。從塞米巴拉丁斯克經捷米多夫斯克( 科雷萬、沃斯克列先斯克) 到捷列茨湖重建起一道防線, 使與薩彥嶺相連。為了安全起見, 在新防線上擬派一萬名正規軍駐守, 發動哈薩克人和卡拉卡爾帕克( 黑帽子) 人起來反對噶爾丹策零。17 4 4年, 西伯利亞當局又大力擴充各城市哥薩克人員的編製, 把人數增加至六千人。其中三千人被調到準噶爾邊界。金傑爾曼少將率領三個龍騎兵團和一千雅伊茨克哥薩克駐守於西伯利亞防線1744年噶爾丹策零武力討伐額爾齊斯河沿岸的堡壘，效果不大，但是準噶爾卻大量俘獲了俄羅斯人塔塔爾人，發展了克雷孚沃斯克列謝手工廠。大規模的冶煉製造提高自己的軍事實力。俄羅斯要求歸還戰俘，準噶爾要求歸還實物稅貢民。俄羅斯於是極力接近哈薩克中玉茲的蘇丹，並和霍集占的結盟。1745年霍集占占領了準噶爾手中的塔什幹，突厥斯坦。準噶爾不得不把軍事力量調集到西南，從而錯過了繼續攻打俄羅斯要塞的時機。當噶爾丹策淩集結軍隊，沙俄也加強了西伯利亞軍隊，一場大帳開戰在即的時候，噶爾丹策淩也死於天花這個盤旋在準噶爾很久的瘟神手中。期間哈薩克還有一個哈日薩赫勒的問題，噶爾丹策零的一個弟弟，軍功顯赫深受愛戴的舒努，因為反對噶爾丹策零逃到哈薩克。俄羅斯有一個巴什基爾起義領袖也逃到哈薩克。這樣哈薩克有一個哈日薩赫勒的人，蒙語黑胡子的意思，對於準噶爾他是舒努，對於俄羅斯他是巴什基爾起義軍領袖，雙方在逮捕黑胡子的問題上一致。舒努深受準噶爾人愛戴，流傳著很多他要回來了的傳說。黑胡子後來死在哈薩克
1745年9月噶爾丹策零死於天花
內戰
1745年噶爾丹策淩死於天花之後，準噶爾陷入內亂和天花的雙重打擊。
準噶爾人希望那個受人愛戴的舒努從哈薩克回來即位。不少人去哈薩克投奔了舒努。第一場內戰：1747年噶爾丹策淩14歲的兒子策妄道爾吉那木吉勒即位，其兄喇嘛道爾紮與其爭位。1750年取代了他。第二場內戰：達瓦齊和阿睦爾撒納擁立策妄達什，策妄達什被殺，達瓦齊，阿睦爾撒納逃到哈薩克。第三場內戰，喇嘛道爾紮帶軍隊討伐哈薩克，索討達瓦齊，阿睦爾撒納。阿睦爾撒納和達瓦齊逃回，組織軍隊，襲殺了喇嘛道爾紮。第四場內戰：杜爾伯特是喇嘛道爾紮的支持者，害怕被清洗，一部分逃入俄羅斯，一部分杜爾伯特的那穆赫吉日嘎拉自立為汗，和達瓦齊同時出現兩個大汗，兩部火並，實力相當，達瓦齊命令哈薩克的阿布萊派5000兵夾擊杜爾伯特，杜爾伯特戰敗。降清。第五場內戰，達瓦齊和阿睦爾撒納不和，阿睦爾撒納失敗帶2萬人出逃。1755年乾隆，阿睦爾撒納，杜爾伯特的薩拉爾，喀爾喀等討伐達瓦齊，準噶爾汗國的人以為阿睦爾撒納回來了，擁護阿睦爾撒納和杜爾伯特的人很多。沒什麽戰爭，甚至夾道歡迎阿睦爾撒納。連青海的反清領袖羅布藏丹增都歡迎了阿睦爾撒納，達瓦齊逃到哈薩克邊境，召集了3000哈薩克，不低阿睦爾撒納，被俘。達瓦齊被俘後，乾隆要分割統治準噶爾，這與阿睦爾撒納想建立朝鮮，緬甸那樣的統一的附屬國的願望差的太遠。阿睦爾撒納提出，準噶爾的領導必須有能力抵擋西部的伊斯蘭，北部的俄羅斯。乾隆不理睬，阿睦爾撒納反清。1755年阿睦爾撒納取得一些勝利，但是此時，準噶爾幾代領導建立起來的工廠早已凋零，瘟疫橫行，殘餘的人口減半，人心喪盡。阿睦爾撒納逃入哈薩克，哈薩克的阿布萊汗是他的忠實盟友，阿布萊汗認為準噶爾如果存在，將是抵擋清朝，俄羅斯的堅實的牆。1757年6月，阿睦爾撒納的2000準噶爾軍最後一次展現了驚人的戰鬥力，於十幾倍於自己的敵人交戰，17天的時間多次進攻清軍。最後剩下8個人。裝作鍘草工人，逃入俄羅斯。俄羅斯此時將堡壘延伸到準噶爾內境。1757年7月28日阿睦爾撒納進入謝米巴拉金城堡，8月後到了托博爾斯克，9月死於天花。1759年今天新疆焉耆的餘勒都斯山最後的準噶爾反清據點被攻破。準噶爾汗國滅亡。
