李自成殺人如麻，其軍隊數次參與屠城，製造無人區。

-------股事如戰場-死生之地-不可不察----------------
四月二十一日，李自成率兵六萬[24]，與駐守山海關將領吳三桂進行一片石戰役。戰至四月二十二日，吳軍漸漸不支。吳三桂乃降於清朝攝政王多爾袞，兩軍聯手擊潰李自成，主將劉宗敏受傷，急令撤退。二十六日（5月31日）李自成逃到京城，僅三萬餘人，怒殺吳三桂家大小34口。二十九日（6月3日）李自成在北京武英殿稱帝，以李繼遷為太祖，追尊七代考妣皆為帝後；立妻高氏為皇後，使牛金星代行郊天禮[25]。次日逃往西安，由山西、河南兩路徹退。臨行前火燒紫禁城和北京的部分建築。多爾袞命吳三桂不得入京城，直接追擊李自成軍，五月初二日在定州清水河（今河北省定州市），李自成再次大敗。五月初三日（6月7日）多爾袞軍入主北京城。七月李自成軍渡黃河敗歸西安，不久，棄西安，經藍田，商州，走武關。由於南明弘光帝朝廷的建立和大順軍的節節敗退，很多投降大順的原明朝將領復投南明或清朝，李自成於是疑心日盛，終於妄殺李岩等人，致使人心離散。

順治元年（1644年）十二月，清軍出擊潼關，大順軍列陣迎戰，清軍因主力及大砲尚未到達，堅守不戰。順治二年（1645年）清軍以紅衣大炮攻破潼關[26]，李自成採避戰的方式流竄，經襄陽、鄧州[27]，入湖北，“聲言欲取南京，水陸並進”，試圖與武昌的明朝總兵左良玉聯合抗清，左良玉東進南京去南明朝廷「清君側」征討馬士英病死途中。四月李自成入武昌，但被清軍一擊即潰。五月在江西再敗，後在湖北通山縣南九宮山被忠於明朝的程九伯地方武裝殺死，屍首不知何處[28][29]，自成犧牲後，大順軍悲怒交集，立即掃蕩九宮山區，對當地團練予以報複性打擊[30]。大順軍餘部稱李自成為先帝，其妻高氏為太後，李錦推舉李自成三弟李自敬為首領。

另說李自成兵敗後脫逃，在湖南省石門縣夾山寺削髮為僧，名奉天玉和尚，至康熙十三年（1674年）圓寂於該寺。又說李自成隱居到甘肅蘭州青城。