另外一種理論：日本人的祖先為雲南的少數民族

　　實際上，大和民族究竟形成於何時，先人來自於何方，在渺茫的史詩和紛紜的傳說中早已不可追尋。現在可以確定的是，早在公元前的某個時間，就開始了向日本的持續且不斷增長的移民遷徙。移民大抵是黃皮膚的蒙古人種，主要由來自西伯利亞及中國東北的通古斯人、南洋群島的馬來人、中南半島的印支人、長江下遊的吳越人，及漢人和朝鮮人混合形成。他們沿著朝鮮半島而下，渡過海峽，登上了這個位於東亞盡頭、曙光總是第一抹生起卻是火山密布的列島。
　　
　　1979年，日本大阪教育大學人類學名譽教授鳥越憲三郎最早發表新說“日本人的發源地在中國雲南省”。
　　
　　1984年2月23日，致力於社會人類文化研究的鳥越憲教授對外宣布：“對被認為是從雲南南下的泰國山嶽地帶(泰國北部)的少數民族進行了實地考察，結果發現了所有嬰兒的臀部有胎斑”。鳥越憲教授就這一發現又強調：“日本人在體質上所具有的胎斑淵源是雲南，這是一個旁證，證實這個地區是日本人的發源地。”
　　
　　1988年9月，日本電視工作者同盟抵達雲南，其任務就是拍攝《日本人的起源》。
　　
　　此後，日本學者們的推論又由“倭人起源於雲南”，進一步演繹為“倭人的祖先為雲南的少數民族”，其範圍與核心，基本圈定為彝族、哈尼族、傣族等多種說法。
　　
　　持“彝族說”的理由是，鳥越憲三郎、佐佐木高明和渡部忠世等專家到雲南考察後發現石林等地撒尼人(彝支係)的“火把節”，類似日本的“孟蘭盆節”，即在日本的紀伊半島，同一天也舉行“火把節”，而在日本南部紀伊半島的神戶、京都、大阪、奈良、和歌山等地，正是中國傳統文化在日本表現最為集中的地方……
　　
　　持“哈尼族說”的理由是，有日本人驚奇地發現，中國雲南的哈尼族與日本大和民族的信仰都具有相似的“萬物有靈”觀念，特別是在諸神中，日本族最有權威的“天照大神”和哈尼族的“阿匹梅煙”都為女性，亦同是太陽神；日本崇拜“穀神”並奉櫻花為國花，哈尼族也崇拜“穀神”，並視櫻桃樹、櫻桃花為神花……
　　
　　“傣族說”的看法仍出於鳥越憲、佐佐木和渡部等位學者。對於被認為是從雲南南下的泰國山嶽地帶的少數民族，他們曾經進行了實地考察，結果發現在所有嬰兒的臀部都有胎斑，同時，也在西雙版納傣族中發現了胎斑。所謂“胎斑”，是指在嬰兒臀部及腰、背和肩等各部分皮膚出現的青色斑紋。原因是在皮膚真皮上有黑色素細胞，它隨著年齡的增長逐漸消失。日本人恰有這一人種胎斑的類似性，而且在西日本九州、本州有許多人的血型是A型，這一點也與雲南和泰國內地相同……(《雲南日報·大觀周刊》2000年11月15日報道)
　　
　　1996年開始，中國及日本的一些學者們組成“江南人骨中日共同調查團”，對中國江蘇省發掘出來的春秋至西漢時代(即公元前六世紀至公元一世紀)的人骨，及差不多同期出土的日本北九州及山口縣繩紋至彌生時代的人骨，進行了三年的對比研究。經過DNA、檢驗分析，兩者的排列次序某部分竟然一致，證明兩者源自相同的祖先。這就是說，日本人的祖先更確定為遠不止邊陲南疆的中國人。
　　
　　中日兩國，不但同種，而且同宗。(日本《產經新聞》1999年3月19日報道)
　　
　　據民間傳說，秦始皇統一中國以後，為了尋求長生不老藥，曾派徐福率領3000名童男、童女，乘由50艘船組成的龐大船隊，東渡日本尋找長生不老藥。結果沒有找到，徐福想打道回府，有手下提醒他，你沒有完成皇上交辦的差事，回去隻有死路一條，不如幹脆留下來，徐福一行就留下了。
　　
　　這時的日本仍處在石器時代，大多數日本人蓄著長發，用繩結紮在頭頂，並用一條白布係在額頭上。直到今天，日本人還很喜歡在節日裏將白布條係在額前。他們大多為黥麵紋身的漁民，漁民們認為下海捕魚時紋身是誘惑魚的一種好辦法。女人們穿的衣服不過是一塊在頸部挖了個洞的布，就像墨西哥人的披風。人們性格平和，不會嫉妒。實行的是一夫多妻製，一般一個男人可娶四五個妻子。日本人喜歡喝酒，像馬來人、印度人那樣用手抓取食物。那時他們沒有肉吃，通常吃魚、蔬菜和大米。據說當時徐福便發現日本人長壽，可以活到80到90歲，有的甚至活到100歲。他還發現他們在種稻和捕魚之外，還特別擅長巫術、預言、占星和用泥土占卜。