獨自妄想
博客的理由其實是夢想
| 周耀旗: 寫好英語科技論文的訣竅 |  |
在此，呈上周教授的如何寫好科技論文的秘訣,可能會對廣大博士生都有所幫助。（黃線部分是我閱讀時加的批注，並非原文所有。）
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周耀旗教授文/寫好英語科技論文的訣竅：
主動迎合讀者期望，預先回答專家可能質疑
周耀旗
印地安那大學信息學院
印地安那大學醫學院計算生物學和生物信息中心
以此文獻給母校中國科技大學五十周年校慶
我的第一篇英語科技論文寫作是把在科大的學士畢業論文翻譯成英文。當我一九九零年從紐約州立大學博士畢業時，發表了20多篇英語論文。但是，我對怎樣寫高質量科技論文的理解仍舊處於初級階段，僅知道盡量減少語法錯誤。之所以如此，是因為大多數時間我都欣然接受我的博士指導老師Dr. George Stell和Dr. Harold Friedman的修改，而不知道為什麽要那樣改，也沒有主動去問。這種情況一直持續到我去北卡州立大學做博士後。我的博士後指導老師Dr. Carol Hall建議我到鄰近的杜克大學去參加一個為期兩天的寫作短訓班。這堂由Gopen教授主辦的短訓班真使我茅塞頓開。第一次，我知道了讀者在閱讀中有他們的期望，要想寫好科技論文，最有效方法是要迎合他們的期望。這堂寫作課幫我成功地完成了我的第一個博後基金申請，有機會進入哈佛大學Dr. Martin Karplus組。在哈佛大學的五年期間，在Karplus教授的指導下，我認識到一篇好的論文需要從深度廣度進行裏裏外外自我審查。目前，我自己當了教授，有了自己的科研組，也常常審稿。我覺得有必要讓我的博士生和博士後學好寫作。我不認為我自己是寫作專家。我的論文也常常因為這樣或那樣的原因被退稿。但是我認為和大家共享我對寫作的理解和我寫作的經驗教訓，也許大家會少走一些我走過的彎路。由於多年未用中文寫作，請大家多多指正。來信請寄： yqzhou@iupui.edu。 歡迎訪問我的網站：http://sparks.informatics.iupui.edu。
導言
通常來講，研究生和博士後從他的導師那兒得到研究方向。經過多次反複試驗，得到一些好的結果。接下來他們需要對得到的數據進行總結和分析，寫成論文。一篇精寫的論文更容易被高檔雜誌接受。而寫得不好的論文很可能被退稿。論文的數量和質量是學生和導師事業發展的敲門磚。不成文，便成仁，是學術生涯的寫照。
很多學生以為當結果到手的時候研究就結束了。他們寫的草稿，常常把原始數據放在一起，沒有對方法和數據進行詳細分析，沒有對當今論文的評述。事實上，寫作是研究不可分割的一部分。此刻是弄懂方法的成功與失敗，尋找結果的解釋及其隱含的意義，以及與其他相關研究進行比較的時候。
我們為什麽需要在寫作上如此認真努力？原因很簡單。一個研究結果隻有在被別人使用時才有意義。而想被別人使用，文章必須能引起其他科學家的興趣，而且得保證其他人能看懂並可以重複和再現你的結果。隻有可以被理解的研究才會被重複，也隻有可以被再現的工作才能導致別人的引用和跟蹤。而你的論文被引用的數量常常用來衡量研究的影響力。從某種角度看，寫作就象是把你的工作成果推銷給其他的科學家。
為了更好的推銷，科學論文必須滿足它獨特的顧客：由聰明能幹的科學家組成的尖端讀者。它必須能先說服（通常也是競爭對手的）同行們，因為他們的評審是文章在發表前的第一道關口。同時，它也必須滿足一般讀者的要求。為了達到這個目標，我們首先要理解他們需要什麽？
讀者需要什麽
你的文章的潛在讀者可能有剛進入這領域的新手，大學生和研究生，也有專家（潛在審稿人)，他們對你的領域會有不同程度的了解。因此，寫文章的時候應該力求簡單到可以被新手理解，同時深刻到可以引起專家的興趣。
所有的科學家（不論是學生還是他們的導師)往往都很忙。大量期刊雜誌使他們不可能仔細閱讀每一篇論文。他們通常希望能在最短時間內找到文章最重要的信息。典型的情況是如果文章標題不吸引人，他們或許就會跳過這篇論文，如果文章的摘要沒有包含重要的新方法或新結果，他們不會去讀這篇文章。即使已經決定要讀的論文，他們也會跳過很多段落直接去找自己最感興趣的地方。因此，保證文章的結構能使讀者很快找到所需的信息非常重要。文章的關鍵在於結構，不在於語法。語法錯誤易改，結構錯誤則往往讓人無從下手，不知所雲。我審過一些國內同行的論文，結構問題很常見。
總之，一篇文章隻有在不需太多努力就可以理解的情況下才會被廣泛地引用。文章清晰的關鍵就是使讀者能在他們想找的地方找到他們需要的東西。這也就是說，要想讓讀者不費力理解你的論文，你必須費力去滿足他們的期望.
讀者期望什麽
讀者對句子的期望
1. 讀者希望在句子的開始看到熟悉的信息。句子是文章的最小功能單元。最容易理解的句子是整句都在說讀者知道的東西。但這對科技論文是不可能的，因為隻有新的東西才會被發表。事實上科技論文通常會包含很多新術語。所以一個容易理解的句子應該從讀者熟悉的信息（或剛剛提過的）開始而以新信息結束，並在它們之間平滑地過渡。好文章的所有句子都應該這樣從舊到新地平滑過渡。幫助你寫好一句開頭的金科玉律是問問你自己：“我以前有沒有提過這個概念？”大多數文章很難讀是因為很多新概念在沒有被介紹之前就使用了。例如：
Samplesfor 2-dimensional projection of kinetic trajectories are shown inFigure 7. The coil states are loosely gathered while the native statescan form a black cluster with extreme high density in 2-dimensionalprojection plane.
這裏從第一句到第二句信息無法流動。“The coil states”不知道是從何而來的。讀者會發現下麵改動後的句子更容易明白。
Kinetictrajectories are projected onto xx and yy variables in Figure 7. Thisfigure shows two populated states. One corresponds to loosely gatheredcoil states while the other is the native state with a high density.
在這個新段裏，新插入的第二句使每句均能從舊信息出發到新信息結束。第一句與第二句之間以“Figure”相連而第二句與第三句之間以“two states”相連。而新信息“coil states”則出現在第三句的最後。整段環環相連，成為一個整體。再看一個例子：
Theaccuracy of the model structures is given by TM-score. In case of aperfect match to experimental structure, TM-score would be.
在第二個句子裏，舊信息“TM-score”被埋在中間，被新信息“a perfect match to experimental structure”打斷了。這裏建議修改如下：
Theaccuracy of the model structures is measured by TM-score, which isequal to 1 if there is a perfect match to the experimental structure.
科技寫作中的最大問題就是新舊信息順序顛倒。新信息和舊信息對作者來說可能不是很好區分，因為他非常熟悉所有的信息。 為了避免這種問題，不管什麽時候，每當你開始寫新句，你應該問問自己，這些詞前麵有沒有被提到過。一定要把提到過的放前麵，沒提過的放後麵。
2.. 讀者想在主語之後立刻看到行為動詞。對一個說明誰在做什麽的句子，讀者需要找到動詞才能理解。如果動詞和主語之間相隔太遠，閱讀就會被尋找動詞打斷。而打斷閱讀就會使句子難以理解。這裏有個例子：
Thesmallest URFs (URFA6L), a 207-nucleotide (nt) reading frame overlappingout of phase the NH2-terminal portion of the adenosinetrip hosphatase(ATPase) subinit 6 gene has been identified as the animal equivalent ofthe recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene.
同樣的句子，將動詞放在主語之後：
Thesmallest of the URFs is URFA6L, a 207-nucleotide (nt) reading frameoverlapping out of phase the NH2-terminal portion of theadenosinetriphosphatase (ATPase) subinit 6 Gene; it has been identifiedas the animal equivalent of the recently discovered yeast H+-ATPasesubunit 8 gene.
這樣新的句子就更加平衡了。盡量避免過長的主語和過短的賓語。這就像頭重腳輕的人很難站穩。短的主語緊跟著動詞加上長的賓語效果會更好。
3. 讀者期望每句隻有一個重點，這個重點通常在句尾。比較下麵兩個句子，我們可以感覺到他們著重強調不同的東西。
URFA6Lhas been identified as the animal equivalent of the recently discoveredyeast H+-ATPasesubunit 8 gene. Recently discovered yeast H+-ATPasesubunit 8 gene has a corresponding animal equivalent gene URFA6L.
很明顯，前麵的句子是關於一個最近發現的酵母基因，而第二句則著重強調了它有一個和動物一致的基因。另外一個例子：
Theenthalpy of hydrogen bond formation between the nucleoside bases2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC) has been determined bydirect measurement.
這個句看起來好像是強調“direct measurement”。 這不太像是原作者的目的。顛倒一下會使句子更加平衡。
Wehave directly measured the enthalpy of hydrogen bond formation betweenthe nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC).
新的句子更簡單而且更短，同時避免了頭重腳輕的症狀。總之，句尾是讀者對該句最後的印象。把最好的，最重要的，和想要讀者記住的東西放在句尾。
讀者對段落的期望
每一個段落都應該隻講一個故事。在一段裏表述多個觀點會使讀者很難知道該記住什麽、這段想表達什麽。一段的第一句要告訴讀者這一段是講什麽的。這樣讀者想跳過這段就可以跳過。一段的最後一句應該是這段的結論或者告訴讀者下一段是什麽。段落中的句子應該由始到終通過邏輯關係連接，實現由舊信息到新信息的流動。比如這一段：
Theenthalpy of hydrogen bond formation between the nucleoside bases2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC) has been determined bydirect measurement. dG and dC were derivatized at the 5 and 3 hydroxylswith triisopropylsilyl groups to obtain solubility of the nucleosidesin non-aqueous solvents and to prevent the ribose hydroxyls fromforming hydrogen bonds. From isoperibolic titration measurements, theenthalpy of dC:dG base pair formation is -6.650.32 kcal/mol.
很難知道作者在這段裏想表達什麽。從這段的起始和結束看來，焓(enthalpy)應該是他想表達的重點。下麵是重新組合後的段落。
Wehave directly measured the enthalpy of hydrogen bond formation betweenthe nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC). dGand dC were derivatized at the 5 and 3 hydroxyls with triisopropylsilylgroups; these groups serve both to solubilize the nucleosides innon-aqueous solvents and to prevent the ribose hydroxyls from forminghydrogen bonds. The enthalpy of dC:dG base pair formation is -6.650.32kcal/mol according to isoperibolic titration measurements,
首句描述了整段的主題。原段裏的第一句顛倒是為了1） 使新信息“dG”和“dC” 在句子最後並強調他們。 2）更好地跟下麵一句銜接。 原段裏的第二句被分成兩部分，這樣每一部分隻表達了一個觀點。最後一句時總結整段。 再看另一個例子：
Largeearthquakes along a given fault segment do not occur at randomintervals because it takes time to accumulate the strain energy for therupture. The rates at which tectonic plates move and accumulate strainat their boundaries are approximately uniform. Therefore, in firstapproximation, one may expect that large ruptures of the same faultsegment will occur at approximately constant time intervals. Ifsubsequent main shocks have different amounts of slip across the fault,then the recurrence time may vary, and the basic idea of periodic mainshocks must be modified.
在這個例子裏，前兩句共同闡明了積累張力的速度（Rate Of Strain Accumulation)。然而，第一句裏的舊信息並沒有放在第二句的開始。讀者讀到第三句的時候通常就不明白這段到底要講什麽了。更清晰的描述應該如下：
Largeearthquakes along a given fault segment do not occur at randomintervals because it takes time to accumulate the strain energy for therupture. The rates of strain accumulation at the boundaries of tectonicplates are approximately uniform. Therefore, nearly constant timeintervals (at first approximation) would be expected between largeruptures of the same fault segment. [However?], the recurrence time mayvary; the basic idea of periodic main shocks may need to be modified ifsubsequent main shocks have different amounts of slip across the fault.
新段現在著重闡明了地震的發生頻率。下劃線標明了以前描述過的舊信息。很明顯，新舊信息的連接是理解這段的關鍵。從舊信息到新信息的流動是使讀者輕鬆閱讀的最佳方式。寫文章的目的不是去測試讀者的閱讀能力，而是考驗作者的表達能力。不能怪人沒看懂，隻能怪自己沒寫清楚。常常聽到這樣的抱怨：那審稿人連這都不懂! 審稿人也可以說：連這個也寫不清楚。
讀者對表格和圖示的期望
一些沒有耐心的讀者會直接通過圖表來判斷一篇文章是否值得一讀。怎樣能使讀者不需讀正文就能理解圖表是至關重要的。
對於表來說，由於我們是從左向右閱讀的，我們熟悉的信息應該出現在左邊而新的信息出現在右邊。例如，下麵列出的表1和表2是僅僅調換了兩列。比較一下那個表格更易理解。
審稿人要什麽?
文章在發表前必須經過審稿人的評審。他們一般是相關領域的專家甚至是你的競爭者。他們會盡力尋找你文章中的毛病。有時，由於不同的觀點和競爭的需要，審稿人或許會試圖阻止你的文章發表。因此，文章必須寫得理由充足。在被別人挑剔之前，自己必須首先雞蛋裏挑骨頭，預先回答審稿人的可能質疑。
怎樣滿足審稿人？
1). 隻提出“一”個中心命題。論文裏的觀點太多，不但不好寫，問題也容易多，讀者也不易記住你要說什麽。
2). 在這個中心命題的基礎上，用一個迷人(但決不能誇張)的標題來吸引審稿人的興趣。審稿人隻審批感興趣的論文。如果你不能引起審稿人的興趣，那最好不要發表那篇文章。編輯們有時候會很鬱悶，因為找不到有興趣的審稿人。無償審稿也隻有科學界才有。
3). 合理解釋每一個參數，合理說明每一個步驟。審稿人沒時間考慮細節。程序和參數的合理化顯示出你知道你在做什麽，而不是湊數據。即使你是在湊數據，也要把湊數據的過程合理化。
4). 問問你自己是否提供了足夠重複你工作的所有細節。審稿人(或讀者)越容易再現你的工作，他就越可能接受你的文章。當然，審稿人並不會真正去重做你的工作，但你必須通過你的描述使他相信可以重做。
5). 必須有說服力！盡量做徹底而不是半成品的工作！用多方麵測試來證明你的中心命題。要使文章象律師證明無罪官司，預先回答一切可能提出的疑問。
6). 引用所有重要的研究工作，特別是經典力作。寫作的時候要再做全麵文獻檢索。為了達到這些目標，寫科學論文的時候必須遵照一定的框架結構。
文章的結構
典型的科學論文包括標題，摘要，引言，方法/實驗步驟，結果，討論，感謝，和參考文獻。這樣的結構是用來幫助讀者快速找到他們感興趣的信息。把信息放錯地方會使讀者糊塗。常犯的錯誤是混淆事實(結果)和解釋(討論)。討論是對結果的解釋及說明它的意義，而不是重複結果的描述。
一篇論文是從摘要，引言開始，這裏建議從方法和結果部分開始寫，因為你對方法和結果最熟悉，此外隻有更好地理解方法和結果，才能確定中心命題。而標題，引言和討論的寫作都需要中心命題。我們應該從最熟悉的事情開始，就像讀者從他們最熟悉的地方開始理解一樣。
方法/實驗步驟
如果文章是關於新的方法，技術，或算法，要非常詳細地寫它的新穎之處。要用有邏輯的、合理的方式來描述它。這會幫助讀者抓住新方法的要領。如果這個方法使用參數，則要把每一個參數(或參數的取值)合理化，或者是以前用過的，或者可以從物理或數學推導出來，或者通過了廣泛的測試及優化。如果無法保證它的合理性，那就必須描述改變它會造成的影響(實際的結果應該在結果部分或討論部分，方法部分僅包含影響的描述)。如果沒有測試它們的合理性，你應該解釋為什麽 (做的代價太貴了？太費時間了？或者需要延期到將來做)。參數改變造成的影響可以衡量方法是否Robust。 Robust的方法應該是在參數改變很大的時候，結果也不會太大變化。
對於新方法的發展，你同樣需要設計不同的方法來測試。讓人信服就需要做盡可能多的測試。你所能找到或設計的測試越多，你的工作就越會被其他人所接受和使用。
當完成了方法部分以後，問一問自己以下的問題：1)新的術語是不是都定義了？2)如果你是第一次讀這部分，你能否得到重複整個工作的所有信息？記住，不要隱藏任何竅門或使用的捷徑。人們如果不能重複你的結果的話就不會相信你的論文。永遠不要弄虛作假！別人不是傻子。一山更比一山高。聰明的大有人在。如果你偽造數據，心存僥幸不會被人發現。如果真的沒人發現的話，那就是沒有任何人想重複或使用你的結果，那隻能說明你的結果根本不值得發表，毫無意義。若要人不知，除非己莫為，這是千真萬確的真理。
結果部分
當你開始寫結果部分時，先考慮一下結果的意義。也就是說，你理解你的結果嗎？這些結果是不是告訴了你更深刻的東西？你能從很多不同角度來理解結果嗎？你能設計證明或者反駁你的一些解釋的新測試嗎？
如果你發現了新現象，你必須證明你的結果不是你方法製造出來的(討論部分的一個好內容)。它可以在不同的條件下重複嗎？如果你發展了一個新方法，你必須證明這個方法的重要性。它是否改進了現有的方法？你的結果部分必須用不同的角度或多重測試來支持新發現或驗證新方法的重要性。
一旦你對結果有更好的理解，你需要決定賣點，也就是說這篇文章最有意義的一個觀點是什麽？確定這篇文章的中心命題之後要組織所有的段落來證明、支持它，用數據(有必要的話再加數據)來證明它。同時也要排除其他可能性。放棄與中心命題無關的數據，即使這些數據是很辛苦得來的。
標題
當你有了中心命題之後，就該決定文章的標題了。標題可以為你的方法，你的結果或結果的隱含意義做廣告。文章的標題一般隻有一句。應該把最重要，最吸引人的信息放進標題。比如，標題 “Steric restrictions in protein folding: an alpha-helix cannot be followed by a contiguous beta-strand” 主要突出了結果。另一方麵，標題“Interpreting the folding kinetics of helical proteins” 突出了結果的含義。用標題 “Native proteins are surface-molten solids: Application of the Lindemann criterion for the solid versus liquid state” 的話，同時突出了方法和結果的含義。注意標題 “Native proteins are surface-molten solids” 是結果的解釋，而不是結果本身。用既廣泛又具體的標題，這樣才能吸引更多的讀者。
引言部分
中心命題和標題都決定了以後，就該寫引言了。第一件該做的事就是圍繞中心命題來收集所有相關文獻。搜索並研究所有最近和相關的文章(通過對中心命題關鍵字的搜索或用引用索引)。確認你有所有最新的論文。引用所有重要的文章。如果你不引用別人的文獻，別人也不會引用你的！如果你想誰引用你的工作，你要先引用他的。你引用的文章章越多，他們越可能閱讀並引用你的文章。因為人們更加關注引用他們的論文。仔細讀你所引用的文章，避免引用錯誤。在引用上，不要偷懶。
引言的第一句最難寫，因為它決定了你整個引言的走向。我的辦法是把第一句和文章的標題連起來。在第一段以最基本和常見的術語來定義標題裏用的一些術語。從這個術語，引入研究的領域和它的重要性。第二段應該對這個研究領域作一個鑒定性的論述。如果中心命題是關於解決一個問題的方法。這一段就應該指出這個當前研究中現存未解決的問題。描述解決這個問題的難度或挑戰。第三段引入你提出的辦法和它大致會帶來什麽效果。你可以大略地描述你的結果和它的含義。這裏有個子。
Assessing secondary structure assignments of protein structures by using pairwise sequence-alignment benchmarks
Thesecondary structure of a protein refers to the local conformation ofits polypeptide backbone. Knowing secondary structures of proteins isessential for their structure classification1,2, understanding foldingdynamics and mechanisms3-5, and discovering conservedstructural/functional motifs6,7. Secondary structure informxation isalso useful for sequence and multiple sequence alignment8,9, structurealignment10,11, and sequence to structure alignment (orthreading)12-15. As a result, predicting secondary structures fromprotein sequences continues to be an active field of research16-18fifty six years after Pauling and Corey19-20 first predicted that themost common regular patterns of protein backbones are the α-helix andthe β-sheet. Prediction and application of protein secondary structuresrely on prior assignment of the secondary-structure elements from agiven protein structure by human or computational methods.
Manycomputational methods have been developed to automate the assignment ofsecondary structures. Examples are DSSP,STRIDE, DEFINE, P-SEA,KAKSI,P-CURVE, XTLSSTR, SECSTR, SEGNO, and VoTAP. These methods arebased on either the hydrogen-bond pattern, geometric features, expertknowledge or their combinations. However, they often disagree on theirassignments. For example, disagreement among DSSP, P-CURVE, and DEFINEcan be as large as 25%. More beta sheet is assigned by XTLSSTR and morepi-helix by SECSTR than by DSSP. The discrepancy among differentmethods is caused by non-ideal configurations of helices and sheets. Asa result, defining the boundaries between helix, sheet, and coil isproblematical and a significant source of discrepancies betweendifferent methods.
Inconsistentassignment of secondary structures by different methods highlights theneed for a criterion or a benchmark of “standard” assignments thatcould be used to assess and compare assignment methods. One possibilityis to use the secondary structures assigned by the authors who solvedthe protein structures. STRIDE, in fact, has been optimized to achievethe highest agreement with the authors’ annotations. However, it is notclear what is the criterion used for manual or automatic assignment ofsecondary structures by different authors. Another possibility is totreat the consensus prediction by several methods as the gold standard.However, there is no obvious reason why each method should weightequally in assigning secondary structures and which method should beused in consensus. Other used criteria include helix-cappingpropensity, the deviation from ideal helical and sheet configurations,and structural accuracy produced by sequence-to-structure alignmentguided by secondary structure assignment.
Inthis paper, we propose to use sequence-alignment benchmarks forassessing secondary structure assignments. These benchmarks areproduced by 3D-structure alignment of structurally homologous proteins.Instead of assessing the accuracy of secondary-structure assignmentdirectly, which is not yet feasible, we compare the two assignments ofsecondary structures in structurally aligned positions. We assume thatthe best method should assign the same secondary-structure element tothe highest fraction of structurally aligned positions. Certainly,structurally aligned positions do not always have the same secondarystructures. Moreover, different structure-alignment methods do notalways produce the same result. Nevertheless, this criterion provides amean to locate a secondary-structure assignment method that is mostconsistent with tertiary structure alignment. We suggest that thisapproach provides an objective execuation of secondary structureassignment methods.
在這個例子裏，標題推薦了一個評估指派蛋白質二級結構的方法。第一段以二級結構的定義開始（與標題相連)。整段描述了二級結構的重要性。最後一句過渡到指派二級結構的計算方法（下一段的主題)。注意“計算方法”放在句子的最後是為了強調而且和第二段的開始連接在起來。第二段則聚焦在計算方法中存在的問題。舊信息“計算方法”逐漸的變到了“他們的不一致”。第三段的第一句把主題從“不一致”（舊信息）轉變成了“評估的辦法”（新信息)。然後，介紹了這個領域已有的工作。第四段引入新方法並討論了新方法的優點。第五段（這裏沒有給出）將會簡要地討論結果。每一個引言應該包括研究領域的介紹和意義，做這工作的具體原因，結果和隱含的意義。一般而言，讀者讀完引言，對論文的來龍去脈就應該清清楚楚了。
討論部分
現在到了你寫論文的最後一部分。很多人認為討論部分最難寫。他們常常不知道該寫什麽。學生常常不能把結果從他們的解釋，含意和結論中分離出來。此外，他們不善於思考可能存在的其他解釋。好的討論通常以得到的結果和解釋的評論開始。其它可用於討論的內容有：參數改變對結果的影響，與其他研究相比還有待解決的問題，將來或正在進行的工作（防止別人從事你顯而易見的，立刻就能實現的後續工作)。這裏有一段文章中的討論部分。
Onequestion about the complex homopolymer phase diagram presented here iswhether it is caused by the discontinuous feature of the square-wellpotential. We cannot give a direct answer because the DMD simulation isrequired to obtain well-converged results for the thermodynamics.However, the critical phenomena predicted for a fluid composed ofparticles interacting with a square-well potential are as realistic asthose predicted for a fluid composed of particles interacting with a LJpotential. Also an analogous complex phase diagram is found insimulations of LJ clusters. The present results for square-wellhomopolymers may well be found in more realistic homopolymer models andeven in real polymers.
一段探究了可供選擇的解釋。
摘要部分
整篇文章寫完了。你需要寫文章的摘要了。典型的摘要包括課題領域的重要性（回到標題)，要研究的問題，你方法的獨特性，結果的意義和影響。這裏有個例子。
Howto make an objective assignment of secondary structures based on aprotein structure is an unsolved problem. Defining the boundariesbetween helix, sheet, and coil structures is arbitrary, and commonlyaccepted standard assignments do not exist. Here, we propose acriterion that assesses secondary-structure assignment based on thesimilarity of the secondary structures assigned t structurally alignedresidues in sequence-alignment benchmarks. This criterion is used torank six secondary-structure assignment methods: STRIDE, DSSP, SECSTR,KAKSI, P-SEA, and SEGNO with three established sequence-alignmentbenchmarks (PREFAB, SABmark and SALIGN). STRIDE and KAKSI achievecomparable success rates in assigning the same secondary structureelements to structurally aligned residues in the three benchmarks.Their success rates are between 1-4% higher than those of the otherfour methods. The consensus of STRIDE, KAKSI, SECSTR, and P-SEA, calledSKSP, improves assignments over the best single method in eachbenchmark by an additional 1%. These results support the usefulness ofthe sequence alignment benchmarks as the benchmarks for secondarystructure assignment.
前兩句陳述了問題。第三句提出了解決辦法。這些句子後麵跟著結果。整個摘要以總結收尾。
總結
1. 認真對待寫作。盡你最大努力花時間寫作。它是科學研究的重要一環。文章沒寫好，沒人看，沒人用，等於沒發表。
2. 除非這個研究是全麵徹底的，而且你試了所有可以支持你結論的方法，否則不要去發表。
3. 重新思考，並合理解釋為什麽做這項工作，做了什麽，什麽是最重要的發現？為什麽用這個方法？為什麽用這些參數？什麽是以前做過的（更新文獻搜索)？不同在什麽地方？
4. 要從批判的角度來看你的工作。隻有這樣，才能找到弱點，進一步發展。我的許多論文是在反複討論中大幅度修改，許多計算經常要重做。隻有理順和理解結果，文章才會更有意義。
5. 要能回答所有合理的質疑。如果你自己有疑問，一定要搞清楚，否則別人又怎會相信。
6. 不要隱藏任何事實，不做假，不要低估其他科學家的智慧。讓你的研究可重複。把所有的材料和數據上網。
7. 從頭（標題）到尾（結論或討論）要從舊信息過渡到新信息。永遠不要在句子的開頭引入新信息。切忌在術語被定義之前使用它們。
8. 段首要有闡明整段主題的句子，在段尾要有連到下段的過渡句。從標題到結論都要連貫。句句相扣，段段相連，讓一篇論文是一個整體而不是雜亂無章地把句子堆積在一起。這樣才能使讀者享受閱讀你的文章。
9. 寫，重寫，再重寫。沒有人能第一次就寫好。不花時間，不下功夫，寫不好。我的文章一般要修改十次以上。
感謝
此文中的一些例子出自 “The Science of Scientific Writing” by G. D. Gopen and J. A. Swan, Scientific American, 78, 550-558, 1990. 我在杜克大學Gopen教授1995年年度短訓班受益非淺。我要特別感謝我的導師Martin Karplus(哈佛大學)，George Stell (紐約州州立大學－石溪校區), Harold L. Friedman (紐約州州立大學－石溪校區)和 Carol Hall (北卡羅來納州立大學)的鼓勵和指導。沒有他們，我不會有那麽多機會練習英文寫作。最後，我要感謝我的學生和博士後。他們對科學的貢獻使我可以繼續寫論文，基金申請，或評論。此文中的一部分例子來自與他們合作的文章。此文初稿是用英文寫的。由於我的中文打字速度太慢，特別感謝徐貝思幫我翻譯成中文初稿。如果有不妥的地方是我的問題，請多指教。
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