轉機出現在他死後一個半世紀，也就是嘉靖十年（1531），劉基的同鄉、刑部郎中李瑜向當時的世宗朱厚熜上疏說：“（劉）基宜侑享高廟，封世爵如中山王（徐）達。”意思是說，劉基應當陪著太祖朱元璋享受祭祀，他的子孫也應該像中山王徐達的後代一樣世襲爵位。祭祀、爵位是國家大事，世宗命大臣們討論此事。結果大臣們一致讚同，說：“高帝收攬賢豪，一時佐命功臣都有巨大的功勳，而帷幄奇謀、中原大計，卻多是劉基的貢獻，所以當初太祖在未定天下時就說劉基是自己的張良，後來封劉基爵位時又將他比作諸葛亮。劉基應該配享於太廟。”在這一年，劉基的九世孫處州衛指揮劉瑜襲封為伯爵。我們知道，在明初諸將中，徐達位列第一。嘉靖朝的大臣們竟將不以赫赫武功見長的劉基與徐達並列，這究竟是為什麽呢？
讓我們把目光轉向六百多年前的明朝初年。在朱元璋的開國功臣中，有一個集團具有非常顯赫的地位，這就是淮右集團。李善長、徐達、常遇春、胡惟庸都是淮右人。劉基作為後來歸順的浙江青田的儒士，在新朝中究竟能占據多大的地位，是很值得懷疑的。劉基的謀略與功勳，盡管被朱元璋所器重、承認，但似乎終究因其地望的關係而不能享有更高的地位。從劉基先後被李善長、胡惟庸迫害的事實來看，劉基的地位決定了他在明初的曆史中不會有很深遠的影響。明代開國第一功臣的位置，是被李善長占據的，李為韓國公。劉基的爵位僅為誠意伯，而伯的爵位，列於公、侯之下。一直到十五世紀末，即明代弘治年間，劉基的聲譽才稍稍有所提高，十六世紀初期，武宗再次表彰了劉基的開國之功。當然，對於一個王朝來說，尊崇一位開國功臣乃為平常之事。
但是，嘉靖朝的大臣們以劉基與徐達並稱，驟然拔高了原本普通的劉基的地位。這對劉基來說，也許意味著一個神話的開始。傳說中的劉基，更是一個妙算陰陽的神一般的人物。其實，在功成名就的背後，真實的劉基是什麽樣的人呢？我們說，這是一個絕頂聰明但卻略帶悲劇性的人物。明末學者朱國楨論劉基，有一句精彩的概括：“劉基當初是元的進士，那時他忠於元；後來成為元的逐臣，他就隱居待時，終於輔佐朱元璋成就了事業。”劉基生平，大約也以五十歲為分界線：五十歲前效忠於元朝；五十歲後扶佐朱元璋。
劉基（1311—1375），字伯溫，浙江青田九都南田山之武陽村（今浙江文成縣南田鎮嶽梅鄉武陽村）人。青田縣在元末屬江浙行省處州路（今浙江麗水），東臨溫州路（今浙江溫州），境內多山。南田山在青田縣城南一百五十裏處。南田山的形勢，乃是“萬山之巔，獨開平壤數十裏，號南田福地”。《洞天福地記》中記載說：“古稱七十二福地，南田居其一”。既是福地，自然少不了生出一些豪傑英雄。劉基曾有詩形容家鄉南山之美景及風俗之醇厚：
我昔住在南山頭，連山下帶山清幽。
山巔出泉宜種稻，繞屋盡是良田疇。
家家種田恥商販，有足懶登縣與州。
……
東鄰西舍迭賓主，老幼合坐意綢繆。
山花野葉插巾帽，竹箸漆碗兼瓷甌。
酒酣大笑雜語話，跪拜交錯禮數稠。
豐收之後，鄉人們歡樂的宴飲圖，或許構成了劉基心目中永遠無法抹去的太平景象。宴飲過後，人們“出門不記舍前路，顛倒扶掖迷去留”、“朝陽照屋且熟睡，官府亦簡少所求”的生存狀況，是多麽寧謐而值得回憶啊。
劉基出生在一個讀書人的家庭。父親劉爚（yuè），字如晦，曾官遂昌縣學教諭。像許多士人一樣，劉基知道科舉是他通往成功的惟一途徑，因此，他認真學習儒家經典，尤其精通《春秋》。十四歲時，劉基成為處州路學的一名學生，邁出了漫長科舉路的第一步。他的聰明很快在學習中得到展現。據說，人們很少見他執經誦讀，而“默識無遺”，“習舉業，為文有奇氣”。劉基對於書籍，有過目不忘的本領。他曾經在元朝大都（今北京）的一家書店中翻閱一本天文書，翻過一遍後竟然立即能背出來，書店的主人便要將書送給他，他卻說：“書已經在我的胸中了，要書何用？”這大概是發生在他參加大都的科舉考試時的事情。
劉基在元至順三年（1332）為舉人，參加次年的會試和廷試就考中了進士，可謂一帆風順。按元朝的規定，必須到二十五歲才可以參加鄉試，可是劉基二十二歲中舉，二十三歲就是進士了，原來他在報考時虛報了三歲。雖然在年齡上作弊，但考中則是靠真才實學，所以劉基的高中在鄉間一時傳為美談。然而，與科舉的坦途相比較，劉基的仕途卻顯得坎坷得多。畢竟，科舉在某種程度上是取決於一個人的才華，而官運則更多地取決於一個人對於官僚體製的適應能力。
元統元年（1333）的進士劉基，直到至元二年（1336）才授了一個高安縣丞的官職。縣丞是協助縣令處理政務的小官，秩正八品。此後二十多年中，劉基先後出任過江西行省掾史、江浙儒學副提舉、行省考試官、行省都事、行樞密經曆、行省郎中、處州路總管府判等官職。這些官職中，儒學副提舉是從七品，行省都事是七品，處州路總管府判是正六品。二十餘年的宦途，不過一直是沉淪下僚罷了。對於自負不世奇才的劉基來說，自然極為鬱憤。不幸，劉基的性格又是“疾惡如仇，與人往往不合”。劉基後來在與明太祖朱元璋的對話中也說自己“疾惡太甚”。在賄賂公行的元末官場，劉基的性格讓他屢受打擊。根據通行說法，最嚴重的打擊分別出現在元至正十四年（1354）和元至正十六年（1356）。
元至正十三年（1353），四十三歲的江浙行省都事劉基因建議捕殺方國珍，與朝廷撫綏政策相左，次年春被羈管於紹興。當時，劉基本人“發憤慟哭，嘔血數升，欲自殺”。門人密理沙勸阻道：“如今朝廷是非混淆，豈是先生自殺的時候？況且太夫人在堂，您死了，她老人家怎麽辦？”羈管紹興，倒讓劉基真正享受了一生中難得的一段輕鬆時光。他縱情山水，寫下不少關於紹興的遊記。在《遊雲門記》中，他說：“語東南山水之美者，莫不曰會稽。豈其他無山水哉？多於山則深沉杳絕，使人憯淒而寂寥；多於水則曠漾浩瀚，使人望洋而靡漫。獨會稽為得其中，雖有層巒複岡，而無梯磴（dènɡ）攀陟之勞；大湖長溪，而無激衝漂覆之虞。於是適意遊賞者，莫不樂往而忘疲焉。”我們讀到這樣的一段文字，或可相信劉基真是會得了儒家中庸的精神。然而，紹興山水之美，並未使劉基完全忘情其中。至正十六年（1356）春，江浙行省的一紙調令激起了劉基心中的漣漪（yī）。雖然紹興風景難舍，但治國平天下的強烈願望還是使劉基馬上接受了這一調令，離開了紹興，出任江浙行省樞密院經曆，與樞密院判官石抹宜孫等同守處州。
不久，劉基升任行省郎中。與石抹宜孫同守處州這一段時間，是劉基心情最激昂的一個階段。他與石抹宜孫彼此賦詩酬唱，甚是相得。然而，劉基雖然守土功大，但朝廷僅將劉基升為處州路總管府判。這一職位變動，使劉基對朝廷失望到極點。據說，劉基收到朝廷的諭旨後，即於庭中設香案，拜敕書，稱：“臣不敢負世祖皇帝，今朝廷以此見授，無所宣力矣。”既然官職讓充滿抱負的劉基無法施展才能，於是他決計棄官歸田，隱居在南田山下。劉基之言表明，他不是有意不為朝廷效力，而是朝廷沒有重視他，給他的職位太小，讓他無法幹一番事業。
此時，天下大亂，地處偏僻的處州路也不寧靜。元將石抹宜孫鎮守著處州路，其弟石抹厚孫鎮守處州北麵的婺州路（今浙江金華）----那裏是劉基好友宋濂的家鄉。處州路東麵是占據浙東的方國珍；北麵是勢力強大的張士誠；西麵朱元璋的軍隊也開始進逼。隱居的劉基一方麵已無法再為朝廷效力，另一方麵卻從內心中瞧不上紛起的割據勢力。在劉基心中，這些占據一方的“寇”最多也就是“勾踐之業”，稱霸一方而已，不值得投奔。於是，劉基一邊組織鄉人於亂世中自保，免遭方國珍的騷擾；一邊著《鬱離子》，以寄托自己的一腔幽憤。正如《劍橋中國明代史》中所說：“（元朝末年）精英分子並沒有去搞顛覆活動，發表不同政見，或者急於公然參加反對這個受苦難的政體的叛亂。他們接受元朝的合法性，一直期望它有所改進。就是當遇到政府有不可避免的失誤時，他們也還是迫切地希望保持自己家鄉的有秩序的現狀。如果說元朝從他們這些社會的天然領袖身上得到的支持越來越少，那麽，許多反對元朝的叛亂分子……也沒有得到他們大規模的自發的合作。”劉基正是這一類精英分子中的一個典型。
在各路割據勢力中，尤以朱元璋的勢頭最猛。至正十八年（1358）十二月，他的部隊攻克了婺州路，不到一年，即第二年十一月，處州路也落入朱手，劉基的好友石抹宜孫敗走。最後一塊讓劉基容身的淨土也失去了。後來有人說：“這一年，先生因不為元用，隱居青田。如果不是這樣，勢必與胡琛、章溢等同議守備，出奇製勝。”以劉基的謀略，朱元璋的軍隊是否能順利攻陷婺州、處州，還真是難說。明代學者王世貞就說：“元朝不用劉基，等於是將劉基送給了太祖朱元璋。不使劉基與太祖角力爭鬥，反而讓劉基成為太祖的謀臣，為敵所用，真是奇特啊。”換句話說，若非被棄用於元朝，劉基也就成不了明朝的開國功臣。
劉基的出山，一半是請出去的，一半是逼出去的。劉基的出山為未來的朱明王朝立下了不少功勞。
朱元璋對於劉基，早已聞名。明代張萱《西園聞見錄》記載說，太祖朱元璋初在滁陽間，韓國公李善長舉薦浙東宋濂能知象緯，誰知宋濂卻說：依我看，我的本領不如青田劉基。但對於劉基來說，投奔朱元璋實是不得已的行為。明朝建立後，《劉基行傳》的作者為神化朱元璋、劉基君臣間之契合，就杜撰出西湖望雲和陳說天命的故事。據說，劉基在做江浙行省儒學副提舉時，曾遊西湖，見異雲起西北，光映湖水中，同遊者魯道原、宇文公諒等人都以為是慶雲，將分韻賦詩。劉基獨縱飲不顧，大聲道：“這是天子氣啊，應在金陵，十年後有王者起其下，我當輔之。”當時，杭州城還是一片繁華，同遊的人都以為劉基說狂話，嚇得紛紛避走，說： “這不是要連累我們滅族嗎？”劉基與門人沈與京痛飲而歸。十年之後，即朱元璋攻破處州時，劉基大擺筵席，向親朋好友陳說天象，說：“此天命也，豈人力能之耶？”於是與朋友葉琛、章溢應征赴金陵。其實，清人杜蔭棠曾經指出過“西湖望雲”的故事來源。他在其《明人詩品》中說，劉基在元時，有《和王文明》絕句雲：“夜涼月白西湖水，坐看三台上將星。”有好事者遂附會說劉基曾望西湖雲氣，實際上是胡說。
劉基出山，其實是不得已。早在至正十九年處州被破時，朱元璋部將繆美就強迫劉基出山，將他帶到金陵。無奈劉基確實不想留下來，朱元璋也隻好放他回去。不過，劉基這樣的人才肯定會始終惦記在朱元璋的心中。大概不久之後，朱元璋指示他的另外一個部將孫炎去勸劉基出山。孫炎此時是處州總製官。
孫炎這個人，在明史上不是很出名，今天的人也不怎麽知道他，但在當時，他可是朱元璋最為得力的幹將之一。時人夏煜描述朱元璋與孫炎之間的關係說：“我皇入金陵，一見顏色厚，高談天下計，響若洪鍾扣。”根據宋濂、汪廣洋等人的記述，孫炎這個人身高六尺餘，麵黑如鐵，有一隻腳還有點跛，不怎麽讀書，但卻喜歡賦詩，往往有奇句，又善於雄辯，一開口就是數千言，在他的麵前，人人都怕他那張嘴。孫炎還非常喜歡喝酒，喝了酒後作詩辯論，有如神助，豪情萬丈。孫炎交友廣泛，夏煜、宋濂、汪廣洋都是他的好友。可以想見，孫炎確實是一個非常有人格魅力的人。
對劉基，孫炎一開始是派使者去請。請了幾次，劉基就是不肯出山，隻是送了一柄寶劍給孫炎。孫炎將寶劍封還，作了一首《寶劍歌》，大意說這寶劍是劉郎的傳家寶，我不敢接受，還給您，希望您能夠獻給明主，這才合適，好比大旱之後換了甘霖。他的意思是要劉基出來幫朱元璋做一番事業。孫炎還附上了一封信，洋洋數千字，說的也無非是這類意思。劉基沒辦法，隻好去見孫炎。孫炎見劉基來，高興得很，擺上了酒，與劉基對飲，談論古今成敗的往事，好像大河奔騰、峽穀決堤一樣，滔滔不絕，一點也沒有阻礙。這一來，劉基佩服不已，說：“我劉基開始時以為比您強，聽了您的議論之後，我哪裏敢跟您比啊。”孫炎以其豪情與雄辯折服劉基，完成了朱元璋下達的任務。
行狀的作者雖仍堅持陳說天象之事，卻無意中記下這麽一筆：“公決計趨金陵，眾疑未決，母夫人富氏曰：‘自古衰亂之世，不輔真主，詎能獲萬全計哉！’” 無疑，處於各種勢力縱橫捭（bǎi）闔、互爭勝負之際，聲名在外的劉基想要安安穩穩地隱居幾乎是不可能的，他必須做出選擇，以“獲萬全”，而控製家鄉處州的朱元璋勢力無疑是一個最恰當的投奔對象！這時候，朱元璋正在努力爭取他。劉基也看到在當時的割據勢力中，隻有朱元璋兵精將強，最有前途，更何況也許從總製官孫炎的身上他看到了另一個自己呢。在經過一段時間猶豫後，本來不情不願的劉基也便順水推舟，來到當時朱元璋的權力中心地----集慶路，從此踏上新朝的宦途。當時，朱元璋已將此地更名為應天府（今江蘇南京）。
朱元璋對於劉基的了解，似乎局限於其“象緯之學”，即觀天象、驗讖緯的本領。所以，他征用劉基，最初的目的也許是想借助劉基的術數之學。楊啟樵先生指出，明太祖之崇尚方術，殆受當時風氣之影響。元代諸帝都喜歡方術，在曆朝皇帝中是最突出的。朱元璋生於元末，自然不能不受這種社會風氣的影響。在朱元璋身邊，術士頗多，如周顛、孟月庭、張鐵冠等人。所以，在最初朱元璋的印象中，劉基也許不過是方術之士，而未必有學問。
據說至正二十年（1360）三月劉基來到應天府時，朱元璋問的第一句話是：“能詩乎？”劉基的回答是：“詩是儒者的末事，哪有不能的。”朱元璋指手中斑竹箸（zhù,筷子），讓劉基賦詩。劉基隨口念道：“一對湘江玉並看，二妃曾灑淚痕斑。”朱元璋蹙眉道：“秀才氣味。”劉基說：“不對。漢家四百年天下，盡在留侯一借間。”留侯指張良，他是劉邦的謀臣，也是漢朝開國功臣，曾借劉邦吃飯用的筷子，用以指畫當時天下大勢，為劉邦出謀畫策。這就是“借箸”的故事。朱元璋聽完劉基的詩，大喜。一席對話，讓朱元璋對劉基的印象由一個術士變而為一個酸儒，再變為一個張良般的謀略之士。朱元璋初見劉基的情景，還有另外的說法。朱元璋見宋濂、劉基、章溢、葉琛，說：“吾以天下累四先生矣。”比較而言，後一種說法也許合乎史實。四人既然同被征召，同時召見極是自然。而且，朱元璋起事之初，還是注意尊重儒士的，似乎不可能邊吃著飯邊讓劉基對著自己的筷子賦詩。然而，初見賦詩的傳奇，卻逼真地道出了劉基的性格。劉基決不是一個單純的術士，也不是一個隻會作詩的文人，而是一個具有遠大抱負的儒生。據說，劉基當時就向朱元璋呈了《時務十八策》，隻是記錄失載，後人無法得知具體內容。
其實，劉基要真正成為朱元璋的重要謀士，自然要表現出讓人信服的能力來。據說，當時諸將多半是朱元璋在滁州、濠州剛起兵時就跟隨他的人，多年來力戰有功。何喬遠《名山藏》稱當時劉基以儒生“稱軍祭酒”，一直到龍江之戰時，朱元璋才令諸將拜其為“軍師”。沒有證據表明，“軍祭酒”是不是朱元璋設立的一種官職，而且“祭酒”一詞，雖然有“師”的意思，但似乎多少還表示劉基在軍中僅是負責一些禮儀性的事務，並沒有真正地成為軍中謀略的重要決策者。劉基真正成為“軍師”，乃在朱元璋與陳友諒於南京城外的龍江一戰之時。
至正二十年閏五月，陳友諒率軍自上遊浮江而下，攻陷太平（今安徽當塗），殺守將花雲及朱元璋義子朱文遜。隨即陳友諒殺其主徐壽輝，篡位，改國號天完為漢，率軍直逼應天府，聲勢頗大。朱元璋為此專門召集諸將，討論對策。諸將議論紛紛，有主張投降的，有主張逃跑的。劉基因是最後進來，見諸將所談，無非投降或者逃跑，便瞪大著眼睛，一言不發。朱元璋見劉基不言，遂召劉基入內間，問道：“今漢兵旦夕壓境，諸將紛紛，先生默不言，有意乎？”劉基說：“請賜臣寶劍，先斬主張投降及逃跑的人，我再說話也不遲。”朱元璋說：“我想先聽聽你的議論，再賜你寶劍。”劉基說：“陳友諒憑借奪取太平城的勝利，浩浩蕩蕩地沿江而下，而我師士氣不高，迎戰必敗。如今您剛剛在建康立足，要想圖謀天下，必須與陳友諒的漢軍決一雌雄，就看這一戰了，勝則為王，敗則為俘虜。在這樣的關鍵時刻，您怎麽能夠聽任部下的意見不統一呢？……您若打開府庫獎賞軍士來鼓舞士氣，開誠布公地征求建議來穩定軍心，那麽您的王業，正在此時可以成就啊。何況我曾經望二國氣，敵衰我旺，一定能夠活捉陳友諒。”這一番話，無疑是告訴朱元璋：兩軍交戰勇者勝，在生死決戰的關鍵時刻，不應當被將領們的不同意見所迷惑，而是應該開誠布公，整合人心，努力奮戰，爭取勝利。當然，劉基最後沒忘了將自己觀天象的本領展示展示，以進一步加強朱元璋的信心。據說，朱元璋聽後大喜，賜劉基劍，令諸將都拜他為軍師，有不服者斬之。諸將悚（sǒnɡ） 然聽命，於是有龍江之捷。《明太祖實錄》記載此次作戰的成果是：俘獲陳友諒卒二萬餘人，獲巨艦名混江龍、塞斷江、撞倒山、江海鼇者百餘艘及戰舸數百。此後，朱元璋的軍隊能浮江而上，取安慶、九江等戰略要地，都基於這次戰役的勝利。
朱元璋稱帝後，有一次在給劉基的詔書中說：“攻皖城，拔九江，撫饒郡，降洪都，取武昌，平處州，爾多力焉。”這些功績，看來是朱元璋也認定的。然而，劉基在朱元璋帝業中最大的貢獻，莫過於提出“先漢後周”的戰略。當時朱元璋政權的東麵是張士誠所建立的周，西麵是陳友諒的漢，北麵是小明王韓林兒，南麵則是福建山區，由效忠元朝的陳友定所控製。朱元璋要想成就帝業，最大的威脅來自張士誠和陳友諒。當時一般將領們的想法，是要先取張士誠，因為張士誠力量較弱，而且處於富饒的長江三角洲上。但是，劉基提出了完全不同的思路。他對朱元璋說：“我們有兩個敵國。陳友諒居其西，張士誠居其東。友諒占據饒、九、荊、襄等地，幾乎是半個天下的地盤；而士誠僅有浙西地，南不過會稽，北不過淮揚，與您勢力相當。不過，士誠內心狡猾，對元朝陽奉陰違，這是守財奴式的敵人，不會有什麽作為。陳友諒殺害他的君主，脅迫部下，人心不服。他又勇而無謀，不怕死，很容易就將他的百姓推上戰場送死，幾場戰役下來，民力損耗殆盡。有這幾點，陳友諒的漢國就很容易攻取下來。逮野獸就必須先逮凶猛的，擒拿盜賊就必須先拿下強壯的。今日之計，不如先討伐漢國。漢國地域寬廣，奪取之後，您一統天下的形勢就有了。”劉基指出：一、張士誠是守財奴式的敵人，不像陳友諒那般雄心勃勃；二、陳友諒地廣勢強，然而得位不正，數戰民疲，不得人心。因此，要開戰就得先攻陳友諒的漢國，一旦獲勝，天下基本上就到手了。應當說，這一戰略分析對於朱元璋後來取得勝利非常關鍵。從朱元璋滅張士誠時單蘇州城就圍攻了近一年這一事實看，張士誠雖然勢力較弱，但也不是能輕而易舉攻取下來的。而且，一旦朱元璋與張士誠開戰，陳友諒必然會乘隙東下，那麽朱元璋將陷入兩線作戰的境地。相反，自從張士誠的弟弟張士德被朱元璋擒殺之後，張士誠政權中基本上再無有進取心的將領。負責行政事務的幼弟張士信及女婿潘元紹不負責任，貪財好色，無心擴展張氏政權的勢力範圍。因此，劉基“先取陳友諒”的建議，基本上奠定了此後五年的用兵戰略，而此戰略的最後成功實施，也就使朱元璋取得了西起武昌、東至蘇州的廣闊土地。
當然，作為軍中的重要謀士，劉基往往對於每一次重大的戰役都會提出一些非常有效的妙計。例如，鄱陽湖之戰可以說是朱元璋與陳友諒爭霸戰中最後的一場大戰。當時，雙方都將自己的主力投入戰場，陳友諒甚至將家屬、馬匹、供給全部帶到了船上。據《明太祖實錄》記載，朱元璋投入兵力二十萬。陳友諒的軍隊據說是六十萬。一些學者考證說，各自的軍隊實際數量可能隻有一半左右。但即使是這樣，數量也很可觀。至正二十三年（1363），陳友諒圍攻洪州城（今江西南昌），拉開了這次戰役的帷幕。洪州守將朱文正是朱元璋的侄子，率領守軍頑強抵抗。八月二十九日，來援的朱元璋軍主力與陳友諒軍的主力在鄱陽湖中相遇，激戰持續了四天。四天中，陳友諒的軍隊損失非常大，陳的弟弟陳友仁、陳友貴及大將陳普略先後戰死，想來朱元璋的軍隊傷亡也決非小數。王世貞記載說：“太祖的舟師跟敵人在鄱陽湖中大戰，未決勝負，太祖當時心裏實在是憂慮害怕。”看來，真到了性命相搏的時分，連朱元璋自己也沒有必勝的信心。
這時候，劉基提出“移師湖口”之策，就是將戰艦全部移往湖口，封鎖鄱陽湖通向長江的水路通道，關門打狗。九月二日，朱元璋的戰艦尾部都升起燈籠，陸續駛向鄱陽湖湖口，鄱陽湖成為一隻紮住陳友諒軍隊的口袋。很明顯，陳友諒的巨艦在相對狹隘的湖口水麵上遠遠比不上朱元璋戰艦那樣靈活有用，所以，陳友諒始終未能攻破湖口。陳友諒的一些將領們主張棄舟從陸路回武昌。由於意見不統一，漢軍內部發生爭吵，接著發生了叛逃。更要命的是，雙方相持很久，陳友諒軍的糧食已經吃完，而五百艘搶糧的船隻也被朱文正燒了個幹淨。可以想見，缺少糧食的陳友諒軍隊最後突圍而出的窘迫。最後，陳友諒在激戰中頭中流矢，不治身亡。此戰朱元璋得勝的關鍵，正是劉基“移師湖口”這一計策的實施。
正由於劉基在朱元璋日漸擴大的創業過程中所發揮的作用，他很受朱元璋的寵信。據說，朱元璋每次召見劉基，都是屏人密語，往往一談就是一兩個小時，所談的內容“自徐達而外，人莫得聞”。然而，吳元年（1367）九月，徐達攻克蘇州，擒張士誠，明朝的立國規模已經初見。軍中一幫謀士的作用也發生了轉變。早在前一年，劉基就被授予太史令一職，主持修訂新朝的曆法。吳元年十一月，新曆法頒行。昔日的謀略不再是朱元璋所必需的，五十七歲的劉基從此隻要規規矩矩地按章辦事就行了。
落寞中的英雄：1368—1375
大凡一個王朝的開國功臣，或者韜光養晦，安享晚年，或者驕橫恣（zì）肆，最終被戮。然而，像劉基晚年進退維穀、左右為難的境地，卻還是少見。
朱元璋曾將劉基比作漢高祖劉邦的張良，於是後人便將張良與劉基作比較。王世貞說：“有人將劉基比作張良，劉基在謀略上確實無愧於張良，但說到做官或不做官的氣節，卻差得遠了。”王世貞認為劉基早年仕元，後來轉而扶助朱元璋滅元，大節有虧。這是一種比較。另外一種比較，是明人廖道南的話：漢代大封功臣，張良僅要求封為“留侯”就滿足了，然後專心於道術，明哲保身，傳說中還變成了神仙，而劉基卻沒有急流勇退，猶豫在朝，最終就像野雞投於網羅、野象因其象牙而遭殺身之禍，難道他真是一心忠於朝廷而忽略了保全自身嗎？
劉基不能安心做一個元朝遺臣，卻心甘情願地扶佐朱元璋，以儒家的“忠臣不事二主”的標準來看，確實容易招致批評。何況，他還是元朝的進士。清代史學家趙翼曾注意到元末殉難的官員多是進士，並舉出了十六人為例。劉基卻以元朝進士身份去輔佐被人視為“盜賊”的朱元璋軍隊，也許要承受更多的壓力。其實，在王世貞之前，已經有人就此批評過劉基。明人劉定之在為其鄉人王子讓的詩集作序的時候，說：“子讓是元朝的舉人，遊曆官場幾年，難以施展才能，便辭官歸隱，終身不仕。我讀他的詩文，覺得流露出一股奇氣，他的胸懷還是跟從前一樣啊。……有一個人跟子讓一樣出自元朝的科舉，輔佐石抹主帥守衛婺州和處州，他們相互詩文酬唱，氣勢萬千。後來這個人攀龍附鳳，自比劉文成（文成是劉基的諡號），可是他這時的詩文糟糕得很，昔日的豪氣一點也沒有了。”顯然，劉定之這裏所批評的人正是劉基本人。劉定之注意到了劉基詩文前後風格的變化，確是深刻。
明末降清的文人領袖錢謙益也許於劉基有“同情之理解”，對此見得更為分明。他在《列朝詩集小傳》中說：“劉基在幕府，與石抹宜孫在患難中共事，被石抹以知己相待，迫切地想要效力朝廷。他這時寫的詩歌，抑揚頓挫，豪氣非常，使人讀了躍躍欲試，就好像捋起袖子要跟他大幹一場。後來劉基遇到太祖，運籌帷幄，受封伯爵，成為開國功臣，可謂功成名就。可是，他這時期的詩文裏，卻屢屢哀歎窮病衰老，昔日的豪氣蕩然無存了。”晚年的劉基，為什麽悲窮歎老，豪氣全無？真的像人們所猜測的那樣，是劉基“變節”所帶來的負罪感嗎？然而，我們看劉基扶佐朱元璋運籌帷幄的自然，很難想像他內心真受著負罪感的煎熬。史載，劉基因母親去世，回家鄉料理喪事，常向鄉人宣講朱元璋是真命天子，而適逢處州發生叛亂，他立即不遺餘力地率軍平定了叛亂。他對於舊朝，能有多少的留戀呢？劉基晚年悲歎背後的真正原因，應該是因為他在洪武初年不斷地遭受淮右集團的排擠和朱元璋的猜忌。
廖道南批評劉基不能及時功成身退，大體是合理的。其實，在洪武元年（1368）劉基被授予禦史中丞職務的時候，他還是有點意氣風發的。中書省都事李彬犯下貪縱之罪。李彬是中書省左丞相李善長的私人，因此李善長請劉基緩治李彬之獄。劉基堅決主張查辦，並派人專程向遠在汴梁的朱元璋匯報。李善長便在朱元璋麵前搶先告了一狀，說劉基“專恣”。對於專製君主來說，臣下的專恣自是不可容忍，太祖對劉基的寵信開始打折扣了。接下來的一件事，又正趕上劉基的方術似乎也不靈驗了。八月，天大旱。劉基進言道：“陣亡士兵的妻室共有數萬之眾，居於別營，陰氣鬱結；工匠死後，屍骸未收；張士誠的降卒們都編入了軍戶。這三點有幹天和，所以發生旱災。”朱元璋采納了劉基的建議，一一妥加處理，誰料十天過後，依舊大旱。至此，劉基隻得卷鋪蓋回青田老家。
但是，劉基畢竟是開國元勳，朱元璋沒有一下子做絕。僅僅三個月之後，劉基又被召回了京城。洪武三年（1370），朱元璋大封功臣。劉基僅被封為誠意伯。微妙的是，此時的朱元璋對劉基再不是言聽計從了。例如，朱元璋對李善長不滿，想換楊憲、汪廣洋或胡惟庸為相，谘詢劉基的意見。劉基根據實情，一一指出了各人的缺點，認為三人都不宜為相。然而，朱元璋後來卻將楊憲、汪廣洋、胡惟庸先後起用為相。劉基所說的一番話，傳到三人耳朵裏，明擺著是得罪人。其中，胡惟庸是淮右集團中人；汪廣洋雖是江蘇高郵人，但其早年曾流寓太平，亦於此地遇到渡江而來的朱元璋，開始發跡。可見，劉基在明朝建國之後的生活，確實過得非常壓抑。這才是劉基悲老歎窮的真正原因。
上世紀三十年代，學者羅寶冊有論劉基的一段話，非常精彩，可謂洞見當日劉基心態：
伯溫悲歎之作，決不是無病呻吟，無因而來的；如果根據情理，設身處地一想，也很容易了悟他的難言之隱。想當年他同太祖一塊起義，老謀深計，運籌帷幄，大的方略，緊急關頭，十九是他一人擘（bò）劃、決定和打開。那時如果分道揚鑣（biāo），收納一班豪傑，自己幹去，當日的宇中，真不知是誰的天下？可恨費盡了心血，為人作嫁，好容易革命成功了，大明帝國成立了，自己得到的是什麽？不過是一個誠意伯的虛頭銜，一些金玉粟帛的零星賞賜罷了。比之明祖的富有四海，南麵而王，生殺予奪，集於一身，何嚐不是天壤之別。加之，明祖猜忌嗜殺，屢興大獄，少者牽連幾千人，多者累萬。眼看著身邊的故舊朋友，殺的殺，族的族，流的流，說不定一日就會殺到自己的頭上來！自己又是功高震主的人，走了不好，不走也不好。有時明主高興了，鍾山宸遊，禁宮夜宴，自己又不能不暗拭眼淚，強陪笑臉，侍宴吟詩，前去湊趣，湊合熱鬧。此老此際難言之痛，想來很少人能知道吧！
碰上朱元璋這樣的猜忌之主，劉基確實是“走也不好，不走也不好”。歸鄉隱居，弈棋飲酒，安享晚年，對劉基來說也成了奢望。不久，劉基由於建議在青田設立談洋巡檢司（談洋是浙、閩地界的小地方，走私鹽販往往聚集在此，多出亂民。），遭到胡惟庸的誣陷。胡惟庸對朱元璋說：“談洋這個地方有王氣，劉基想占來作自己的墓地，百姓不同意，他便請求設立巡檢司來驅趕百姓。”這一番誣陷可真是擊中朱元璋的要害，也嚇得老邁的劉基從家鄉星夜兼程來到南京，再也不敢回家。生了病，胡惟庸送來醫生診治。服過藥後，卻覺腹中鬱結，估計也是遭了胡惟庸的毒手。一直到病得實在不行，太祖朱元璋才一紙賜文，送劉基回鄉。洪武八年（1575）四月十六日，劉基卒於家中。據說，死前遺命銼（cuò）骨揚灰，恐是無稽之談，實際上他是被葬於其鄉夏山上。
在明初開國諸臣中，劉基文比不過李善長，武抵不上徐達，這是從政治上講。即使拿文采來說，除了早年跟石抹宜孫唱和諸作外，入明作品也很難勝過宋濂的典雅醇厚。劉基隻是朱元璋集團中那些傑出人才中的一人而已，很普通。翻開曆史，我們可以看到朱元璋集團中那些名字：孫炎，陶安，汪廣洋，楊憲，徐達，常遇春，章溢，胡琛……哪一個都不是平庸之輩，都跟劉基不分仲伯，所以有人說，朱元璋的敵人如果是政治上的明白人，肯定對朱元璋擁有如此壯大的人才庫嫉妒得要死。隻不過，這些人隨著歲月的流逝，因各種原因，或早死，或出了政治問題，才使得劉基突出起來。拿汪廣洋來說，在洪武三年大封功臣時他是排在劉基之前的，直到十二年八月，朱元璋在給他的敕文中還關心備至，隻不過不久汪廣洋就因事貶死，一切聲譽隨之消失。而劉基在其身後，他的鄉人為了現實的利益，一直在營造劉基的各種神話，甚至不惜歪曲事實，使得劉基的身後之譽遠遠超出了曆史的實際情形。元明史專家楊訥先生對此曾做出了詳細可信的論述。
後人有謁劉基墓詩，雲“臥龍名大終黃土”。再英武的謀略之士，終究逃不脫黃土一抔的命運，空留下曠世奇功、詩文美名和數不盡的神話傳說，供後人品味。
