他是先生中的先生。“他是新文化運動之父，他通過改變一所大學進而改變了一個民族！”傅斯年說：“蔡元培實在代表兩種偉大的文化，一是中國傳統聖賢之修養，一是法蘭西革命中標揭自由、平等、博愛之理想。”
從晚清翰林到徹底的革命黨
毛子水在《對於蔡元培的一些回憶》中講到一件趣事。
某次，北大名流雅集，錢玄同冒失地問道：“蔡先生，前清考翰林，都要字寫得很好的才能考中，先生的字寫得這樣蹩腳，怎樣能夠考得翰林？”蔡先生不慌不忙，笑嘻嘻地回答說：“我也不知道，大概那時正風行黃山穀字體的緣故吧！”黃山穀即北宋文學家和書法家黃庭堅，他的字體不循常軌，張揚個性，如鐵幹銅枝，似高峰奇石，以剛勁奇崛著稱。蔡元培的急中生智既見出他的涵養，也見出他的幽默，滿座聞之，皆忍俊不禁。
教育家馬相伯回憶，1901年蔡元培擔任南洋公學特班總教習期間，曾與張元濟、汪康年一道拜他為師，學習拉丁文。每天早晨，蔡元培從徐家匯步行四五裏路到土山灣馬相伯家上課。由於求學心切，頭一次，蔡元培去得太早，5點多鍾，天邊剛有一絲曙色，他在樓下低聲呼喚“相伯，相伯”。馬相伯感到驚奇，大清早的，誰來喊魂？打開窗子望去，來人是蔡元培。馬相伯名士派頭足，急忙搖手，對蔡元培說：“太早了，太早了，八九點鍾再來吧！”雖然有點敗興，蔡元培並沒有感到不悅，三個鍾頭後，他又回來了。這一年，蔡元培34歲，仍有程門立雪的虔誠勁頭。
蔡元培一生的座右銘為“學不厭，教不倦”。他三度旅歐，精研西方哲學，在巴黎訪晤過居裏夫人，在德國訪晤過愛因斯坦，兩次高峰對話使他受益良多。嗣後，他提出“以美育代宗教”的主張，乃是積學深思所致，絕非異想天開。終其一生，蔡元培對學問抱持濃厚的興趣，對教育懷有熾熱的感情，雖曆經世亂，屢遭挫折，卻不曾泄氣灰心。
戊戌變法時期，王照、張元濟勸導康有為以開辦教育、培植人才為先鞭，以維新變法為後圖，康氏則認為：強敵虎視鷹瞵於外，清廷河決魚爛於內，譬若老房子著火，縱有觀音大士千手千眼為助，猶恐撲救無暇，王、張之議緩不濟急，隻好暫且作罷。無獨有偶，辛亥革命前，嚴複在英倫邂逅孫中山，嚴開出的藥方也是“為今之計，唯急從教育上著手”，孫中山略有遲疑，以“俟河之清，人壽幾何”一語作答——他認為，在清王朝舊體製的框架下，教育猶如被巨石鎮壓著的筍尖，是無法舒展身子骨的。
當初，康有為、梁啟超倡導變法維新，炙手可熱，蔡元培卻冷眼旁觀，並不睇好康、梁的“小臣架空術”。蔡元培料定康、梁所主持的四不像的變法維新和君主立憲必定一敗塗地。蔡向往民主政治，主張教育救國，放著好好的翰林不做，棄官南下，回家鄉紹興辦學堂，到上海南洋公學特班任總教習，與葉瀚等人發起成立中國教育會，組織愛國學社，創辦愛國女學。但他很快就發現此路不通，唯有以革命的手段刷新政治，才能使教育獲得一線生機。於是，他參加楊篤生領導的軍國民教育會暗殺團，與陶成章等人秘密創立光複會，出任中國同盟會上海分會會長。自唐代迄於清代，1200多年，翰林何其多，但主動參加革命黨，去革封建王朝之命的，除了蔡元培，數不出第二人。
蔡元培《我在教育界的經驗》一文中有這樣一段話：“自三十六歲以後，我已決意參加革命工作。覺得革命隻有兩途：一是暴動，一是暗殺。在愛國學社中竭力助成軍事訓練，算是預備下暴力的種子；又以暗殺於女子更為相宜，於愛國女學，預備下暗殺的種子。”然而，與同時代的革命黨人相比，蔡元培的主張無疑是相對溫和的。當民族革命被推向最高潮時，“誓殺盡韃虜，流血滿地球”的激烈言論是主旋律。鄒容的《革命軍》痛恨滿族人。蔡元培在《蘇報》上發表《釋仇滿》一文，卻給民族革命作了降調處理。他的言論更能服人，也更能安心：“滿人之血統久已與漢族混合，其語言及文字，亦已為漢語漢文所淘汰。所可為滿人標識者，惟其世襲爵位及不營實業而坐食之特權耳。苟滿人自覺，能放棄其特權，則漢人決無仇殺滿人之必要。”革命通常是流血的代名詞，革命者保持冷靜的理智，實為難上加難。
放手一搏：蔡元培決心改造北大
1912年3月，蔡元培加入民國政府唐紹儀內閣，出長教育部。他與教育部次長範源濂既是搭檔，也是朋友。關於教育，兩人的觀點可謂相反相成。範源濂認為：小學沒辦好，怎麽能有好中學？中學沒辦好，怎麽能有好大學？所以當前教育的重中之重是先整頓小學。蔡元培則認為：沒有好大學，中學師資從哪裏來？沒有好中學，小學師資從哪裏來？所以當前教育的重中之重是要整頓大學。幾番辯難之後，兩人協調了意見：從小學、中學到大學，教育部都須費大力氣下大工夫去整頓。
1916年12月，北洋政府教育部任命蔡元培為北大校長。蔡元培剛從海外歸來，風塵仆仆，到上海後，許多朋友都勸他不要率爾銜命：北大腐敗透頂，爛到流膿，他若就職，恐怕整頓不力，清譽反受其累。但也有幾位朋友鼓勵蔡元培放手一搏，用手術刀割治這個豔若桃李的爛瘡，給中國教育開創前所未有的新局，縱然敗北，盡心也可無憾。蔡元培是具有強烈使命感的人，他選擇了銳意進取，而不是臨陣脫逃。1917年1月4日，他到北大視事，著手收拾這個令人掩鼻的爛攤子。
北大的前身是京師大學堂，與其稱之為大學，還不如稱之為官僚養成所。活動能力強的學生，上乘的做法是獵官，組織同鄉會等借以接近學校當局，畢業後即穩得升官的階梯；下乘的做法是鑽營，用嫖娼、賭錢、捧名角來結交社會上的實力人物，以之為借重的資本。烏煙瘴氣和歪風邪氣很盛，唯獨研究學問的風氣蕩然無存。
蔡元培迅即發出呼籲：“大學生當以研究學術為天職，不當以大學為升官發財之階梯。”他說：“自今以後，須負極重大之責任，使大學為全國文化之中心，立千百年之大計。”為矯正學風，蔡元培從消極和積極兩方麵入手：發起組織進德會，發表《進德會旨趣書》，會員必須恪守不嫖、不賭、不納妾的基本戒條（另有“不做官吏、不做議員、不飲酒、不食肉、不吸煙”五條選認戒）；設立評議會，實行教授治校；組織各類學會、研究會，如新聞學會、戲劇討論會、書法研究會、畫法研究會等，使學生養成研究的興趣；助成消費公社、學生銀行、平民學校、平民講演團與《新潮》等雜誌。
在蔡元培的心目中，“所謂大學者，非僅為多數學生按時授課，造成一畢業生之資格而已也，實以是為共同研究學術之機關”，因此大學理應是“囊括大典，網羅眾家”的學府，遵循“萬物並育而不相害，道並行而不相悖”的自然法則。他打過一個極具說服力的譬喻：人的器官有左右，呼吸有出入，骨肉有剛柔，它們相反而相成。蔡元培決意改造北大，並非打碎另做，推倒重來，凡飽學鴻儒皆得以保留教職，更在國內延聘名師，不問派別，不問師從，但求其術有專攻，學有專長。至於不合格的教員，他堅決黜退，不管對方是什麽來頭，有什麽靠山。一名法國教員被黜退後，曾四處揚言要控告蔡元培。一位被黜退的英國教員更加神通廣大，居然搬出英國駐華公使朱爾典這尊洋菩薩來談判，蔡元培不肯妥協。事後，朱爾典怒氣衝衝地叫囂：“蔡元培是不要再做校長的了！”
學術乃天下之公器，百慮一致，殊途同歸，蔡元培不持門戶之見，唯致力將北大改造成為中國的學術淵藪。蔡元培的改革理念和舉措，最令人稱道的便是“學術自由”和“兼容並包”。以黨見和政見論，王寵惠信奉三民主義，李大釗、陳獨秀信奉共產主義，李石曾信奉無政府主義，辜鴻銘憧憬君主立憲；以文學派別論，胡適、錢玄同、吳虞等人倡導新文學，劉師培、黃侃等人堅持舊文學。特別是“性博士”張競生，被封建衛道士辱罵為“四大文妖”之一。他在北大講“美的人生觀”，在校外出版《性史》，竭力提倡“情人製”、“外婚製”和“新女性中心論”。在半封閉半蒙昧的中國，張競生的言論絕對算得上聳人聽聞，驚世駭俗，也隻有在蔡元培的保護傘下，他才不會被大眾的唾沫淹死。
當年，可以這麽說：中國有多少黨派，北大師生中就有多少黨派；有多少學派，北大師生中就有多少學派。辦大學，兼容並包其實是非常危險的，弄得好固然可以形成“酒窖”，弄不好呢？就會形成“糞沼”。蔡元培對於中西文化擇善而從，對於各類人才兼收並蓄，使之商量舊學，邃密新知，和平共存，不相妨害。他的態度絕無偏袒，他的器局皆可涵蓋，處事公平，無適無莫，大家自然心服口服。
世事無絕對，在北大，鬩牆和摩擦總還是有的，而這些響動多半與辜鴻銘和章太炎的大弟子黃侃有關。辜鴻銘對胡適很不買賬，認為胡適治哲學史，既不懂德文，又不懂拉丁文，簡直是畫虎成貓，誤人子弟。黃侃也瞧不起洋味十足的胡適，但他對章氏舊同門詆訶更多，罵他們曲學阿世。於是眾人暗地裏戲稱蔡元培為“世”，往校長室去竟謔之為“阿世去”。黃侃上課，罵師弟錢玄同有辱師門，罵得相當刺耳，兩人教室毗鄰，字字句句都聽得清清楚楚，學生不免偷笑，而錢玄同若無其事。
陳獨秀在《蔡孑民先生逝世後感言》中稱讚道：“這樣容納異己的雅量，尊重學術自由思想的卓見，在習於專製、好同惡異的東方人中實所罕有。”陳獨秀尤其應該感謝蔡元培對他的愛護和包容。這位為科學與民主鼓與呼的急先鋒，圭角畢露，鋒芒侵人。他放浪形骸，不檢細行，不拘瑣德，往往予敵對者以攻訐的口實。陳獨秀去八大胡同消遣，甚至遭到過妓女的控告，被警局傳訊，經小報大肆渲染而成為轟動社會的醜聞。盡管陳獨秀運筆如槍，但若沒有蔡元培為他屢次三番解圍，攻擊者驅逐他出北大的願望豈會落空？蔡元培是北大進德會的模範會員，“不嫖，不賭，不納妾”這三條，他絕對遵守，但他並不以道德完善的標尺去苛求他人，這非常不易。蔡元培愛護陳獨秀，因為後者是難得的人才，其言論主張值得同意和同情。
