第一節 漂泊的餘生
1911年10月10日，辛亥革命在武昌首先爆發，旋接湖南、陝西、山西、雲南、江西新軍起義，東南各省相繼獨立，西南華南各省光複，江浙聯軍攻克南京。1912年元旦，孫中山在南京就任臨時大總統，宣告中華民國臨時政府成立。
辛亥革命如此迅速地在全國各地發生，這是劉師培所未能想到的。即使當時的同盟會領袖，也沒有料到這麽快就取得了革命的初步勝利。1911年初夏，同盟會黨人意氣頹喪，黃興甚至說：“同盟會無事可為矣，以後再不問黨事，惟當盡個人天職，報死者於地下耳。”但革命終於大規模爆發。麵對革命形勢的節節勝利，劉師培墮入了複雜的心理糾纏之中。他眼睜睜地看到自己曾經為之奮鬥的事業蒸蒸日上，而他已經不是這一事業的參與者；相反，他還成了他所鼓吹的事業的革命對象。命運捉弄了劉師培。
辛亥革命爆發後，章太炎於10月26、28、31日檳榔嶼《光華日報》論說欄發表《誅政黨》，對康有為、蔣智由等七類抵製革命的立憲分子進行討伐。但對於劉師培，章太炎尚曲意寬容。12月1日《民國報》第二號刊登章氏《宣言》九則。其第五則雲：
今者文化陵遲，宿學凋喪，一二通博之材，如劉光漢輩，雖負小疵，不應深論。若拘執黨見，思複前仇，殺一人無益於中國，而文學自此掃地，使禹域淪為夷裔者，誰之責耶？
但章太炎當時並不知劉師培已被四川資州軍政署囚拘。1912年1月11日，《大共和報》刊出《求劉申叔通信》，他與蔡元培試圖以報紙尋詢方式取得與劉師培的聯係。其中說：
劉申叔學問淵深，通知今古，前為宵人所誤，陷入範籠。今者民國維新，所望國學深湛之士提倡素風，任持絕學。而申叔消息杳然，死生難測。如身在地方，尚望先一通信於國粹學報館，以慰同人眷念。
這封通信在報刊載多天。
1912年1月25日，資州軍政署電告南京國民政府，請示處置劉師培的辦法。29日，國民政府教育部和總統府分別致電四川都督府和資州軍政署，請將劉師培釋放。教育部電文雲：
四川都督府轉資州分府：報載劉光漢在貴處被拘。劉君雖隨端方入蜀，非其本意，大總統已電貴府釋放。請由貴府護送劉君來部，以崇碩學。教育部。宥。
總統府電文為：
四川資州軍政署鑒：劉光漢被拘，希派人委送來寧，勿苛待。總統府。宥。
劉師培的釋放，章太炎、蔡元培在其中起了重要作用。
但劉師培並沒有按照章太炎、蔡元培的意願來到南京。他接受了四川國學學校（前身為存古學堂）的邀請，來到成都，任教職。
四川存古學堂開辦於宣統二年（1910年）七月，意在保存國學，尊重蜀地碩儒。辛亥革命時，學生散佚。民國建立，重新恢複，改名國學學校，召集新舊學生近百人學習經術，旨在保存和發展傳統學術。
劉師培早在1909年就曾上書端方，建議在南京設存古學堂，書雲：
守禮即所以保邦，為學首基於植本，自外域之學輸入中土，淺識之士昧其實而震其名，既見彼學足以致富強，遂謂國學為無用，端倪雖微，隱憂實巨，道衰學弊，職是之由。
他建議在寧垣之地，設兩江存古學堂，廣延績學之士分任教師，以振興國學。劉師培現在接受成都國學學校教職，也是順理成章之事。
在四川國學學校，劉師培教授經學、小學，他試圖證明其生存的意義，因而在教學期間，他窮心竭力，將自己樹立成為經學研究的大師。他有一封信給廖平，典型地反映出他此時的心境。信中說：
某不敏，進思黃發之詢，而退懷索居之恥，常恐隕歿，犬馬齒窮，既竭吾才，仰鑽官禮，深惟大義，欲罷不能，每用悼心，坐以待旦。
如前所說，劉師培自其曾祖父劉文淇起，就以《左傳》學名家。《左傳舊注疏證》乃是劉氏世代未竟之宏業。但劉氏家學又不局限在《左傳》一經。劉毓崧研究過《周易》、《尚書》、《毛詩》的古注，劉師培的父親研究過《禮記》古注。而劉師培此時，不但要繼續完成《左傳》舊注的疏證工作，而且還考證《尚書》古經、《儀禮》古經，尤其對《周禮》下了精深的功夫。他慨然以繼承和發展揚州學派為己任，希望在學術上做出一番出人頭地的成績。他的孤心苦詣確實使他在經學研究中取得了成果，但也正是因為他要將自己打扮為揚州學派的傳人，他此時期的經學研究也具有很大的局限性。
四川成都國學院的一年多教學是劉師培餘生中值得他眷念的歲月。在這裏，他慢慢地調整了心境，提出了學術研究的一些新觀點、新看法。他還與廖平建立了誠摯的友誼，開始真正了解今文經學大師的誌業。他曾與廖平討論天人之學，並對廖平的學術作出了高度評價。1914年他為廖平諸弟子所輯師說《廖氏學案》作序，其中說：
廖氏學案者，井研廖平諸弟子所輯師說也，書凡四卷。序其耑曰：……廖氏德亞黃中，智膺天挺，綜緒曲台，聞風石室，慨洙泗之邈遠，悼禮樂之不舉，退修玄默，專心六學，即《王製》而甄三傳，援官禮而徹七觀。嗣複景跡韋編，宣靈始際，契坤乾於殷道，協雅頌之得所。覃精三紀，成書百帙，以為綿古芒昧，綱紀陵夷，九流之軫未宣，六書之明翳察。孔子推集天變，卻觀未來，爰作六經，以俟後聖。托小見大，守約知詳。始於《春秋》，終於《詩》、《易》。老墨綰其初終，皇霸樞其始極。推放準於四海，製法通於百世。……信乎蠲曆世之疑，極尊聖之軌者矣。若夫周合群籍，沙汰眾學，探綜圖緯，銳精幽讚，抗六典之崇奧，齊百家之雜語，執節掌握之間，正度胸臆之際，釋彼鉤鍵，通其流貫，各有部居……昔北海箋經，洽比周官之誼，洪休稽古，耀光魯壁之文，鹹通六藝之歸，用成一家之業，以此方之，其詣一也。……
他讚揚廖平能夠言之有據地將龐大的經學典籍條分縷析為一個有機的思想體係，認為廖平的這一才能簡直是天生的。這表明劉師培已經能夠用一個學術型的經學家的眼光來估價今文經學所取得的成就，雖然他這時期的經學研究確宗漢詁，謹守家法，但他不糾纏於經學今古文之爭。
劉師培在成都國學院一直居留到1913年夏。在離開成都國學院時，他寫了一封感動人心的《與成都國學院同人書》，其中說：
猥以寡薄，越在西土，受性暗弊，無以補益，徒以方誌，廢不尋修，顧惟闕遺，順是邦請，谘於耉長，僉惟敬同，不敢康寧，竭盡頑弊，思自厲策，得展萬一，以達二三君子之末。彭耽之業，不在片言，天若假年，庶無大過。何圖期月，迄用無成，益以邇來沈綿屙疾，誌意衰落，發白早凋，夙夜悼心，若涉淵水。常恐殞沒，犬馬齒窮，永銜罪責，入於裔土，企心東望，每用依依。一得生還，日見江海，不勝狐死首丘之情，惟留神裁察幸甚。
在這封信中他說本來想在四川國學院兢兢業業重振國學，但他力不從心，加之沉綿屙疾，發白早凋，他十分企望回到家鄉。
劉師培離開四川後，回到上海，但他並沒有停留在家鄉，而是來到了山西太原，任閻錫山的高級顧問。他住在南佩蘭家。南佩蘭係劉師培在日本期間的至交。他們在山西期間創辦了《國故鉤沈》。山西都督閻錫山又將他推薦給袁世凱。劉師培遂於1914年初來到北京，成為袁世凱的掛名參議。
來到北京的結果是劉師培費了很大力氣來稍微平息的憤懣與焦慮的心緒又一次激劇地泛濫開來。當時中華民國的形勢急劇惡化。自1912年3月10日袁世凱宣布在北京就任中華民國臨時大總統以來，一大批立憲黨人得到重用，1913年3月又發生了宋教仁案。這年7月孫中山決定發動反對袁世凱的第二次革命，9月二次革命失敗。袁世凱統一南北，獨裁統治得以加強。梁啟超、熊希齡等洋洋得意，組織所謂名流內閣（又稱第一人才內閣）。10月10日，袁世凱正式就任大總統職，11月下令解散國民黨，撤銷國民黨人議員資格。1914年5月，袁世凱正式公布獨裁專製的《中華民國約法》。而袁世凱的美國政治顧問古德諾，在1914年——1915年間先後拋出《論新憲法》、《共和與君主論》等文，公開鼓吹帝製，為袁世凱複辟帝製鳴鑼擊鼓。劉師培試圖下一賭注，依靠袁世凱複辟來改變自己的命運。
1915年8月23日，在袁世凱的授意下，楊度、嚴複、孫毓筠、胡瑛、李燮和、劉師培等人發起組織以“籌一國之治安”為目的的所謂“籌安會”。該會自稱其宗旨是“研究君主民主國體，二者何適於中國”。它標榜“專以學理之是非，與事實之利害，為討論之範圍”。討論的題目有：中國數千年，何以有君主而無民主？世界共和國家，何以有治有亂？籌安會掛出招牌僅一個禮拜，即於8月29日發表第二次宣言，說本會“全體一致主張君主立憲”。“我國撥亂之法，莫如廢民主而立君憲，求治之法，莫如廢民主專製而立君主立憲。此本會討論之結果也。”劉師培隨後發表了《君政複古論》、《聯邦駁議》等文以及《告同盟會諸同誌書》，宣稱“天生烝民，無主則亂”。說什麽“大寶之位，必屬大德之君，鬥筲之器，不經棟梁之任，藪澤之夫，弗希雲龍之軌”。他將中華民國以來的政治混亂歸結為民無定主，人人以為“神器可以力征，而天鈞可由竊執”。認為隻有君政複古，才能挽救世弊。而君政複古的最佳人選乃是袁世凱：“天祚有聖，纂作民主，懸三光於既墜，揚清風於上列，萬姓廓然、蒙慶更生，誠宜踵跡靈區，扶長中夏，顯章國家竺古之製，以拒間氣殊類之災。”他反對聯邦製，認為聯邦不符合中國曆史，“至於宰製之說，分治之規，考之古法，不應經義，稽之時宜，亦又違眾，推而行之，蠻貉之道也，何則？中夏長吏，鮮或專土，蒙古而外，惟土官耳。是以由分而合，則易土歸流，以合為分，則改流從土。宅基瓦解之餘，建極土崩之會，竊恐酋豪之政，由是而興，種落之風，緣斯而熾，既慚式古之效，徒滋入幽之惑，是非先王經國之義，亦非應俗適世之道也”。這些言論完全迎合袁世凱的口味。劉師培又一次逆曆史潮流而動。
籌安會的出籠，標誌著袁世凱帝製活動的公開化。1915年12月12日袁世凱接受“民意”，準備於1916年元旦“登極”，改民國五年為“洪憲”元年，似乎辛亥革命成果完全被抹殺。但複辟帝製的行為遭到全國人民的唾斥。1916年3月22日，袁世凱宣布取消帝製，6月6日在全國人民的唾罵聲中他一命嗚呼，結束了可恥的一生。
劉師培又一次被曆史嘲弄。袁世凱一死，北京政府下令通緝帝製禍首。南方護國軍在護國運動甫起，就已提出過一張十三人的名單，包括“六君子”和“七凶”。“六君子”指籌安會楊度、孫毓筠、嚴複、劉師培、李燮和、胡瑛六人。“七凶”指為袁氏籌備登極的朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮芳、雷震春、袁乃寬七人。劉師培、嚴複因李經羲以“人才難得”保免，故7月14日，北京政府以總統黎元洪的名義發表的懲辦帝製禍首命令中，嚴複和劉師培都從名單中剔出來了。劉師培由北京移居天津。雖然劉師培沒有被北京政府公開通緝，但這一次，他受到了比1911年辛亥革命更加嚴重的打擊。
在寓居天津期間，劉師培生活非常困難。蔡元培念及故舊之情，特聘其為北京大學教授。他又由天津遷回北京。這時的劉師培已是英雄末路，酸辛苦辣，五味俱全。他的身體狀況日益惡化，人也變得十分孤傲。整天蓬頭垢麵，不修邊幅，看上去活像一個瘋子。他當時住在北京白廟胡同大同公寓。據說有一天教育部舊同僚易某去看他，見他一邊看書，一邊咬饅頭，麵前擺著一碟醬油，卻因專心看書，把饅頭錯蘸在墨盒裏，送到嘴裏去吃，把嘴和臉都塗得漆黑一片。他重新將精力放在古文經學的沿流的研究之中，試圖在學術研究中樹立起他的尊嚴。但這種急躁的心緒更加影響了他越來越壞的身體狀況，他連北京大學的中古文學史講稿也無力大聲宣講。而他的孤傲也使得他越來越與時代脫節。1919年3月他主持出版《國故》月刊。1919年五四新文化運動爆發，劉師培與黃侃、林紓站在一起，共同反對新文化運動。
1919年11月20日（陰曆九月二十八日），劉師培的生命到了最後一刻。他派人把黃侃叫來，並吃力地對他說：“我一生應當論學而不問政，隻因早年一念之差，誤了先人清德，而今悔之已晚。”並希望黃侃將他的學術繼承下來，把它再傳給後代。是日劉師培氣絕身死，年僅36歲。
辛亥革命如此迅速地在全國各地發生，這是劉師培所未能想到的。即使當時的同盟會領袖，也沒有料到這麽快就取得了革命的初步勝利。1911年初夏，同盟會黨人意氣頹喪，黃興甚至說：“同盟會無事可為矣，以後再不問黨事，惟當盡個人天職，報死者於地下耳。”但革命終於大規模爆發。麵對革命形勢的節節勝利，劉師培墮入了複雜的心理糾纏之中。他眼睜睜地看到自己曾經為之奮鬥的事業蒸蒸日上，而他已經不是這一事業的參與者；相反，他還成了他所鼓吹的事業的革命對象。命運捉弄了劉師培。
辛亥革命爆發後，章太炎於10月26、28、31日檳榔嶼《光華日報》論說欄發表《誅政黨》，對康有為、蔣智由等七類抵製革命的立憲分子進行討伐。但對於劉師培，章太炎尚曲意寬容。12月1日《民國報》第二號刊登章氏《宣言》九則。其第五則雲：
今者文化陵遲，宿學凋喪，一二通博之材，如劉光漢輩，雖負小疵，不應深論。若拘執黨見，思複前仇，殺一人無益於中國，而文學自此掃地，使禹域淪為夷裔者，誰之責耶？
但章太炎當時並不知劉師培已被四川資州軍政署囚拘。1912年1月11日，《大共和報》刊出《求劉申叔通信》，他與蔡元培試圖以報紙尋詢方式取得與劉師培的聯係。其中說：
劉申叔學問淵深，通知今古，前為宵人所誤，陷入範籠。今者民國維新，所望國學深湛之士提倡素風，任持絕學。而申叔消息杳然，死生難測。如身在地方，尚望先一通信於國粹學報館，以慰同人眷念。
這封通信在報刊載多天。
1912年1月25日，資州軍政署電告南京國民政府，請示處置劉師培的辦法。29日，國民政府教育部和總統府分別致電四川都督府和資州軍政署，請將劉師培釋放。教育部電文雲：
四川都督府轉資州分府：報載劉光漢在貴處被拘。劉君雖隨端方入蜀，非其本意，大總統已電貴府釋放。請由貴府護送劉君來部，以崇碩學。教育部。宥。
總統府電文為：
四川資州軍政署鑒：劉光漢被拘，希派人委送來寧，勿苛待。總統府。宥。
劉師培的釋放，章太炎、蔡元培在其中起了重要作用。
但劉師培並沒有按照章太炎、蔡元培的意願來到南京。他接受了四川國學學校（前身為存古學堂）的邀請，來到成都，任教職。
四川存古學堂開辦於宣統二年（1910年）七月，意在保存國學，尊重蜀地碩儒。辛亥革命時，學生散佚。民國建立，重新恢複，改名國學學校，召集新舊學生近百人學習經術，旨在保存和發展傳統學術。
劉師培早在1909年就曾上書端方，建議在南京設存古學堂，書雲：
守禮即所以保邦，為學首基於植本，自外域之學輸入中土，淺識之士昧其實而震其名，既見彼學足以致富強，遂謂國學為無用，端倪雖微，隱憂實巨，道衰學弊，職是之由。
他建議在寧垣之地，設兩江存古學堂，廣延績學之士分任教師，以振興國學。劉師培現在接受成都國學學校教職，也是順理成章之事。
在四川國學學校，劉師培教授經學、小學，他試圖證明其生存的意義，因而在教學期間，他窮心竭力，將自己樹立成為經學研究的大師。他有一封信給廖平，典型地反映出他此時的心境。信中說：
某不敏，進思黃發之詢，而退懷索居之恥，常恐隕歿，犬馬齒窮，既竭吾才，仰鑽官禮，深惟大義，欲罷不能，每用悼心，坐以待旦。
如前所說，劉師培自其曾祖父劉文淇起，就以《左傳》學名家。《左傳舊注疏證》乃是劉氏世代未竟之宏業。但劉氏家學又不局限在《左傳》一經。劉毓崧研究過《周易》、《尚書》、《毛詩》的古注，劉師培的父親研究過《禮記》古注。而劉師培此時，不但要繼續完成《左傳》舊注的疏證工作，而且還考證《尚書》古經、《儀禮》古經，尤其對《周禮》下了精深的功夫。他慨然以繼承和發展揚州學派為己任，希望在學術上做出一番出人頭地的成績。他的孤心苦詣確實使他在經學研究中取得了成果，但也正是因為他要將自己打扮為揚州學派的傳人，他此時期的經學研究也具有很大的局限性。
四川成都國學院的一年多教學是劉師培餘生中值得他眷念的歲月。在這裏，他慢慢地調整了心境，提出了學術研究的一些新觀點、新看法。他還與廖平建立了誠摯的友誼，開始真正了解今文經學大師的誌業。他曾與廖平討論天人之學，並對廖平的學術作出了高度評價。1914年他為廖平諸弟子所輯師說《廖氏學案》作序，其中說：
廖氏學案者，井研廖平諸弟子所輯師說也，書凡四卷。序其耑曰：……廖氏德亞黃中，智膺天挺，綜緒曲台，聞風石室，慨洙泗之邈遠，悼禮樂之不舉，退修玄默，專心六學，即《王製》而甄三傳，援官禮而徹七觀。嗣複景跡韋編，宣靈始際，契坤乾於殷道，協雅頌之得所。覃精三紀，成書百帙，以為綿古芒昧，綱紀陵夷，九流之軫未宣，六書之明翳察。孔子推集天變，卻觀未來，爰作六經，以俟後聖。托小見大，守約知詳。始於《春秋》，終於《詩》、《易》。老墨綰其初終，皇霸樞其始極。推放準於四海，製法通於百世。……信乎蠲曆世之疑，極尊聖之軌者矣。若夫周合群籍，沙汰眾學，探綜圖緯，銳精幽讚，抗六典之崇奧，齊百家之雜語，執節掌握之間，正度胸臆之際，釋彼鉤鍵，通其流貫，各有部居……昔北海箋經，洽比周官之誼，洪休稽古，耀光魯壁之文，鹹通六藝之歸，用成一家之業，以此方之，其詣一也。……
他讚揚廖平能夠言之有據地將龐大的經學典籍條分縷析為一個有機的思想體係，認為廖平的這一才能簡直是天生的。這表明劉師培已經能夠用一個學術型的經學家的眼光來估價今文經學所取得的成就，雖然他這時期的經學研究確宗漢詁，謹守家法，但他不糾纏於經學今古文之爭。
劉師培在成都國學院一直居留到1913年夏。在離開成都國學院時，他寫了一封感動人心的《與成都國學院同人書》，其中說：
猥以寡薄，越在西土，受性暗弊，無以補益，徒以方誌，廢不尋修，顧惟闕遺，順是邦請，谘於耉長，僉惟敬同，不敢康寧，竭盡頑弊，思自厲策，得展萬一，以達二三君子之末。彭耽之業，不在片言，天若假年，庶無大過。何圖期月，迄用無成，益以邇來沈綿屙疾，誌意衰落，發白早凋，夙夜悼心，若涉淵水。常恐殞沒，犬馬齒窮，永銜罪責，入於裔土，企心東望，每用依依。一得生還，日見江海，不勝狐死首丘之情，惟留神裁察幸甚。
在這封信中他說本來想在四川國學院兢兢業業重振國學，但他力不從心，加之沉綿屙疾，發白早凋，他十分企望回到家鄉。
劉師培離開四川後，回到上海，但他並沒有停留在家鄉，而是來到了山西太原，任閻錫山的高級顧問。他住在南佩蘭家。南佩蘭係劉師培在日本期間的至交。他們在山西期間創辦了《國故鉤沈》。山西都督閻錫山又將他推薦給袁世凱。劉師培遂於1914年初來到北京，成為袁世凱的掛名參議。
來到北京的結果是劉師培費了很大力氣來稍微平息的憤懣與焦慮的心緒又一次激劇地泛濫開來。當時中華民國的形勢急劇惡化。自1912年3月10日袁世凱宣布在北京就任中華民國臨時大總統以來，一大批立憲黨人得到重用，1913年3月又發生了宋教仁案。這年7月孫中山決定發動反對袁世凱的第二次革命，9月二次革命失敗。袁世凱統一南北，獨裁統治得以加強。梁啟超、熊希齡等洋洋得意，組織所謂名流內閣（又稱第一人才內閣）。10月10日，袁世凱正式就任大總統職，11月下令解散國民黨，撤銷國民黨人議員資格。1914年5月，袁世凱正式公布獨裁專製的《中華民國約法》。而袁世凱的美國政治顧問古德諾，在1914年——1915年間先後拋出《論新憲法》、《共和與君主論》等文，公開鼓吹帝製，為袁世凱複辟帝製鳴鑼擊鼓。劉師培試圖下一賭注，依靠袁世凱複辟來改變自己的命運。
1915年8月23日，在袁世凱的授意下，楊度、嚴複、孫毓筠、胡瑛、李燮和、劉師培等人發起組織以“籌一國之治安”為目的的所謂“籌安會”。該會自稱其宗旨是“研究君主民主國體，二者何適於中國”。它標榜“專以學理之是非，與事實之利害，為討論之範圍”。討論的題目有：中國數千年，何以有君主而無民主？世界共和國家，何以有治有亂？籌安會掛出招牌僅一個禮拜，即於8月29日發表第二次宣言，說本會“全體一致主張君主立憲”。“我國撥亂之法，莫如廢民主而立君憲，求治之法，莫如廢民主專製而立君主立憲。此本會討論之結果也。”劉師培隨後發表了《君政複古論》、《聯邦駁議》等文以及《告同盟會諸同誌書》，宣稱“天生烝民，無主則亂”。說什麽“大寶之位，必屬大德之君，鬥筲之器，不經棟梁之任，藪澤之夫，弗希雲龍之軌”。他將中華民國以來的政治混亂歸結為民無定主，人人以為“神器可以力征，而天鈞可由竊執”。認為隻有君政複古，才能挽救世弊。而君政複古的最佳人選乃是袁世凱：“天祚有聖，纂作民主，懸三光於既墜，揚清風於上列，萬姓廓然、蒙慶更生，誠宜踵跡靈區，扶長中夏，顯章國家竺古之製，以拒間氣殊類之災。”他反對聯邦製，認為聯邦不符合中國曆史，“至於宰製之說，分治之規，考之古法，不應經義，稽之時宜，亦又違眾，推而行之，蠻貉之道也，何則？中夏長吏，鮮或專土，蒙古而外，惟土官耳。是以由分而合，則易土歸流，以合為分，則改流從土。宅基瓦解之餘，建極土崩之會，竊恐酋豪之政，由是而興，種落之風，緣斯而熾，既慚式古之效，徒滋入幽之惑，是非先王經國之義，亦非應俗適世之道也”。這些言論完全迎合袁世凱的口味。劉師培又一次逆曆史潮流而動。
籌安會的出籠，標誌著袁世凱帝製活動的公開化。1915年12月12日袁世凱接受“民意”，準備於1916年元旦“登極”，改民國五年為“洪憲”元年，似乎辛亥革命成果完全被抹殺。但複辟帝製的行為遭到全國人民的唾斥。1916年3月22日，袁世凱宣布取消帝製，6月6日在全國人民的唾罵聲中他一命嗚呼，結束了可恥的一生。
劉師培又一次被曆史嘲弄。袁世凱一死，北京政府下令通緝帝製禍首。南方護國軍在護國運動甫起，就已提出過一張十三人的名單，包括“六君子”和“七凶”。“六君子”指籌安會楊度、孫毓筠、嚴複、劉師培、李燮和、胡瑛六人。“七凶”指為袁氏籌備登極的朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮芳、雷震春、袁乃寬七人。劉師培、嚴複因李經羲以“人才難得”保免，故7月14日，北京政府以總統黎元洪的名義發表的懲辦帝製禍首命令中，嚴複和劉師培都從名單中剔出來了。劉師培由北京移居天津。雖然劉師培沒有被北京政府公開通緝，但這一次，他受到了比1911年辛亥革命更加嚴重的打擊。
在寓居天津期間，劉師培生活非常困難。蔡元培念及故舊之情，特聘其為北京大學教授。他又由天津遷回北京。這時的劉師培已是英雄末路，酸辛苦辣，五味俱全。他的身體狀況日益惡化，人也變得十分孤傲。整天蓬頭垢麵，不修邊幅，看上去活像一個瘋子。他當時住在北京白廟胡同大同公寓。據說有一天教育部舊同僚易某去看他，見他一邊看書，一邊咬饅頭，麵前擺著一碟醬油，卻因專心看書，把饅頭錯蘸在墨盒裏，送到嘴裏去吃，把嘴和臉都塗得漆黑一片。他重新將精力放在古文經學的沿流的研究之中，試圖在學術研究中樹立起他的尊嚴。但這種急躁的心緒更加影響了他越來越壞的身體狀況，他連北京大學的中古文學史講稿也無力大聲宣講。而他的孤傲也使得他越來越與時代脫節。1919年3月他主持出版《國故》月刊。1919年五四新文化運動爆發，劉師培與黃侃、林紓站在一起，共同反對新文化運動。
1919年11月20日（陰曆九月二十八日），劉師培的生命到了最後一刻。他派人把黃侃叫來，並吃力地對他說：“我一生應當論學而不問政，隻因早年一念之差，誤了先人清德，而今悔之已晚。”並希望黃侃將他的學術繼承下來，把它再傳給後代。是日劉師培氣絕身死，年僅36歲。
