1580年,葡萄牙國王恩裏克死後無直係繼承人。西班牙國王菲利浦二世依照姻親關係出兵葡萄牙,強迫葡萄牙議會選舉他為國王。葡萄牙從此在西班牙統治下失去獨立60年。此時葡萄牙在國際上的地位日見衰微,已失去往日殖民帝國的實力。西班牙對葡萄牙人實行“巴比倫式的奴役”,在葡萄牙橫征暴斂,大大超過了它的國力所能承受的程度。西班牙統治者還準備將葡萄牙合並。當時,對西班牙實現這一計劃威脅最大的是葡萄牙的布拉甘沙公爵若奧。因為他是王室後裔,有資格繼承王位。西班牙統治者決定伺機排除這一合並道路上的障礙。1640年,西班牙國內卡塔洛尼亞發生人民起義,國王命若奧率軍隊前往鎮壓,實際上是借機將其調離葡萄牙本土。此時西班牙正陷入“三十年戰爭”,國內又發生人民起義,統治者窮於應付,一些葡萄牙上層貴族認為這是爭取獨立的好機會。1600年12月1日,他們發動了一場宮廷政變,趕走了西班牙女總督瑪加雷特,擁戴若奧為國王。政變受到人民群眾的歡迎。西班牙在葡萄牙的艦隊未作抵抗即投降。1640年12月15日,若奧被加冕為葡萄牙國王,是為若奧四世。葡萄牙實際上取得了獨立。但在名義上西班牙還是它的統治者。若奧四世開始建立自己的國家,並爭取國際上的承認。與此同時,葡萄牙開始奪回在西班牙統治下失去的一些海外殖民地,鞏固了在巴西和非洲的統治。1656年,若奧四世逝世,阿豐索六世繼位。其間,葡萄牙以重大代價恢複了與英國的同盟關係。西班牙曾試圖以武力奪回葡萄牙王位,但軍事行動的結果均以失敗告終。1663年,在卡斯特洛羅德裏戈蒙特斯克拉羅斯兩次戰役中,西軍元氣大傷,至此,再無力進攻葡萄牙。1668年,西、葡兩國在裏斯本簽訂了和平條約,西班牙正式承認葡萄牙獨立。