英國斯圖亞特王朝複辟後,英國查理二世著手處理愛爾蘭土地問題。為了滿足天主教徒和新教徒雙方的要求,宣布愛爾蘭的全部土地上繳英王處理。凡參加愛爾蘭起義的天主教徒都作為反對英國國王的反叛者對待。1660年11月英王查理二世發布宣言,規定了第二個組織法令的全部內容。英王保證1642年的“冒險家法令”,克倫威爾頒布的組織法令必須修改,使它照顧天主教徒的利益。冒險家的土地得到確認,無辜的新教徒的地產立即得到恢複。愛爾蘭天主教徒根據有罪、無罪分成幾個等級。被遷走者恢複他們的產業。凡參加1642-1646年起義的天主教徒,隻有少數人恢複了產業,多數人則沒有得到任何恩賜。1661年5月召開愛爾蘭會議,新教徒占絕對優勢,要宣誓王權至高無上。1662年7月愛爾蘭議會通過組織法令。查理二世成立“處理土地權法庭”,由7名英國人組成。許多天主教徒恢複了產業。“處理土地權法庭”存在到1667年8月。因為它過分袒護天主教徒,引起英格蘭、愛爾蘭新教徒的不滿而使它停止工作。但第二個組織法令推行的結果,在愛爾蘭出現了新教徒占有大批土地的傾向。他們控製著議會、政府、城鎮和貿易。據統計,1672年愛爾蘭有良田1200萬畝,克倫威爾黨人殖民者就有450萬畝,天主教徒隻占有350萬畝,其餘被早期殖民者占有。在愛爾蘭總人口中天主教徒占80萬,新教徒隻占30萬。