奧利佛克倫威爾4年護國主統治,造成國內危機四伏,民怨沸騰。他在生命的最後時刻,深居簡出,恐怕有被謀殺的危險。年老而且病魔纏身,1658年他又得了瘧疾。當年夏天他心愛的女兒伊麗莎白科萊烏波爾逝世了。他悲痛至極。8月中旬克倫威爾病情惡化。喬治福克斯在8月20日去看望他,說他已同死人無異了。克倫威爾臨死前深怕失去上帝的恩典。牧師回答說:“不,不能!”克倫威爾說:“這樣,我得救了!”他從此拒絕服藥,拒絕進食!他說:“我希望盡快地離開人世!”1658年9月3日,登巴爾和克塞斯特戰役紀念日,克倫威爾在午後3時與世長辭!他死前數小時指定理查克倫威爾為繼承人。他的屍體經過防腐處理,9月20日安放在索姆塞特館,11月23日舉行葬禮。他的屍體被埋在威斯敏斯特大教堂裏。1660年斯圖亞特王朝複辟後,他的屍體被挖出來,吊在倫敦死刑場的絞刑架上,腦袋掛在威斯敏斯特屋頂的旗杆上,然後在絞刑架下燒掉。有個說法,克倫威爾死前密令把他的屍體偷偷運走,火化在納斯比戰場上。