1649年2月4日,當愛丁堡收到查理一世上斷頭台的消息時,蘇格蘭國會便宣布僑居荷蘭的查理一世之子為英國國王,稱查理二世。1650年查理二世與蘇格蘭長老會派在荷蘭布列達簽訂協議。查理二世同意把長老會教擴大到英格蘭、愛爾蘭,廢除同愛爾蘭簽訂的一切條約,克倫威爾蘇格蘭內政由蘇格蘭國會自行解決。1650年6月查理二世到達蘇格蘭,蘇格蘭成為王朝複辟的基地。英國國會任命克倫威爾為遠征蘇格蘭軍隊總司令,費利特伍德和藍白為副司令。克倫威爾集結1.6萬軍隊,1650年7月22日越過特維德河,進入蘇格蘭。蘇格蘭任命戴維德列斯特為總司令,軍隊2.6萬人。7月末,英軍接近蘇格蘭首府愛丁堡,愛丁堡工事堅固,英軍無力攻城。列斯特用小規模戰爭消耗英格蘭兵力。到8月末,克倫威爾隻得退兵登巴爾,隻剩1.1萬軍隊。蘇格蘭追擊英軍到登巴爾。蘇格蘭軍隊不僅占領了登巴爾丘陵,而且切斷英軍的退路。歹嘶特認為,英軍可能從海上逃跑,把軍隊從丘陵撤到平原。克倫威爾利用這個機會,於9月3日拂曉發動突然襲擊。蘇格蘭軍隊處於丘陵與河水之間,運動極不方便,很快陷於混亂狀態。蘇格蘭軍戰死3000人,被俘1萬人。英軍傷亡不到80人。登巴爾戰役是克倫威爾以少勝多的典型戰役之一。克倫威爾進軍愛丁堡。到1650年底,英軍已占領了整個蘇格蘭平原。蘇格蘭保王黨於1651年1月1日在蘇格蘭北部為查理二世加冕,宣布他是蘇格蘭國王。查理二世在蘇格蘭集結軍隊,入侵英格蘭。1651年9月3日,克倫威爾軍隊與查理二世軍隊會戰於瓦塞斯特。戰鬥持續3小時,查理二世全軍覆沒,死3000人,被俘9000人,全部軍官被俘,查理二世一人逃往法國。1651年底,蘇格蘭大多數城市投降。1654年蘇格蘭合並英格蘭,在英國國會裏保留蘇格蘭30個席位。