英王查理一世於1647年12月在懷特島與蘇格蘭長老會派簽訂密約,國王承認“聖約”,三年內在英國成立長老會派統治;蘇格蘭長老會派答應以武力幫助英王恢複政權。這時長期國會又被長老會派控製,他們力圖同國王妥協。1647年12月中旬,長期國會通過給國王的建議書,其內容為:20年內剝奪國王的軍權,20年後經國會同意國王才能掌握軍權,國王必須收回反對國會的一切聲明,國會有權把開會地點遷到對自己有利的地方,降低上院的地位。查理一世拒絕這個建議書。1648年1月長期國會開會時,圍繞同國王談判問題,長老會派和獨立派鬥爭激烈。長老會派堅持與國王進行談判,獨立派則要求停止談判。克倫威爾在發言中說,不應該相信國王,因為他是個騙子手,任何談判都是徒勞無益的。他表示,與國王妥協是不可能的。他講完話把手放在劍柄上,以示動武之意。下院以94票多數通過決議,停止與國王來往。不久上院也被迫通過了這一決議。1648年4月初,長期國會通過安全委員會負責國家保衛事務。這時國內王黨勢力猖獗,南威爾士潘布洛克要塞司令波伊爾公開樹起擁護國王的旗幟。肯特郡和倫敦的王黨都發動叛亂。蘇格蘭長老會派履行同國王的密約,於1648年3月2日建立危險委員會,組建9萬軍隊,並在4月24日向長期國會送交谘文,要求取消獨立派及其他一切民作派別,接受聖約,國王回倫敦,被逐下院訴員返回下院,解散軍隊等。蘇格蘭人的幹涉也鼓動英國北部王黨起來叛亂。還有10艘軍艦站在王黨方麵,查理一世之子威爾斯親王和王侄魯波特親王成為叛亂艦隊的首領。1648年4月29日在溫莎舉行軍事會議,獨立派和平等派一致同意消滅保王黨人,審判查理一世。獨立派應允戰後實行《人民公約》。5月3日,克倫威爾率軍離開倫敦。第二次內戰爆發!