長期國會開會後,圍繞取消主教製問題展開了激烈的鬥爭。1640年12月11日,倫敦5萬人簽名請願書要求連根帶枝完全廢除主教製。國會內部對廢除主教製問題分歧很大。溫和派主張宗教自由,限製主教的權力。他們認為,監督宗教的權力應屬於國王,廢除主教製將使教會和政府分離。激進派則主張完全廢除主教製,一切宗教問題由國會指派的教士會議解決。教士會議采取長老會製,取消祈禱書。眾議院通過禁止主教進入貴族院的議案。在討論中亨利溫說:“主教製和教皇主義相近;主教們成為上院議員最能促進我國民政製度的不幸狀況的惡化。”“當他們留在國內時,就不能有鞏固的公民和平。”貴族院認為各院隻能有決定本院議員的資格因而否定了這項議案。眾議院則彈劾12名主教犯有叛國罪。眾院根據倫敦市民的請願書起草《根枝法》,於1641年夏勉強通過,但被上院否決。