1333年,後醍醐天皇乘鐮倉幕府勢力衰微之機,聯合不滿幕府的武士貴族一舉推翻了鐮倉幕府。在此期間,足利尊氏實力強大,於1336年攻入京都,以其強大兵力奪取政權,自任征夷大將軍,在京都室町建立幕府。同時建立完整的幕府統治機構,在中央設管領,協助將軍總管幕府政務,其下設侍所、問注所、政所、評定眾,統管幕府行政、司法和軍務等。地方設關東管領、奧州探題、羽州探題、九州探題及守護,皆由足利一族充任。1392年,第三代將軍足利義滿時,結束了南北朝對峙局麵,經濟文化一度繁榮,形成幾十年的穩定局麵,始稱室町幕府。應仁之亂(1467-1477)後,進入戰國時代。群雄割據,戰亂不休,並接連發生農民和市民的反封建鬥爭,幕府成了京都的地方政權。1573年織田信長將第十五代將軍足利義昭從京都逐出,曆時235年的幕府被推翻。室町幕府實際上是實護大名的聯合政權,是由封建割據向中央集權製的過渡政權。在這個時代,佛教禪宗發揮了很大影響,茶道、花道等發展起來,中國宋朝的水墨畫法廣泛流行,建築風格樸素莊重。